Instellingen beheren
MENU
About this site
In het Nederlands
Home
Researchers
Projects
Organisations
Outputs & Impact
Infrastructure
Contact
Research Explorer
Your browser does not support JavaScript or JavaScript is not enabled. Without JavaScript some functions of this webapplication may be disabled or cause error messages. To enable JavaScript, please consult the manual of your browser or contact your system administrator.
Project
ProteinContour: de relatie tussen post-translationele modificaties, biofysische eigenschappen, interacties en sub-cellulaire locatie van eiwitten op proteoom niveau.
Information
Project Team
Organisations
Outputs & Impact
Publications & research data ( 25 )
MHCquant2 refines immunopeptidomics tumor antigen discovery
Jonas Scheid
Steffen Lemke
Naomi Hoenisch-Gravel
Anna Dengler
Timo Sachsenberg
Arthur Declercq
Ralf Gabriels
Jens Bauer
Marcel Wacker
Leon Bichmann
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME BIOLOGY
2025
Collisional cross-section prediction for multiconformational peptide ions with IM2Deep
Robbe Devreese
Alireza Nameni
Arthur Declercq
Emmy Terryn
Ralf Gabriels
Francis Impens
Kris Gevaert
Lennart Martens
Robbin Bouwmeester
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ANALYTICAL CHEMISTRY
2025
The microbiologist's guide to metaproteomics
Tim Van Den Bossche
Jean Armengaud
Dirk Benndorf
Jose Alfredo Blakeley‐Ruiz
Madita Brauer
Kai Cheng
Marybeth Creskey
Daniel Figeys
Lucia Grenga
Timothy J. Griffin
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
IMETA
2025
Maximizing immunopeptidomics-based bacterial epitope discovery by multiple search engines and rescoring
Patrick Willems
Fabien Henri Thery
Laura Van Moortel
Margaux De Meyer
An Staes
Adillah Gul
Lyudmila Kovalchuke
Arthur Declercq
Robbe Devreese
Robbin Bouwmeester
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2025
TIMS2Rescore : a data dependent acquisition-parallel accumulation and serial fragmentation-optimized data-driven rescoring pipeline based on MS2Rescore
Arthur Declercq
Robbe Devreese
Jonas Scheid
Caroline Jachmann
Tim Van Den Bossche
Annica Preikschat
David Gomez-Zepeda
Jeewan Babu Rijal
Aurelie Hirschler
Jonathan R. Krieger
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2025
PathwayPilot : a user-friendly tool for visualizing and navigating metabolic pathways
Tibo Vande Moortele
Pieter Verschaffelt
Qingyao Huang
Nadezhda T. Doncheva
Tanja Holstein
Caroline Jachmann
Peter Dawyndt
Lennart Martens
Bart Mesuere
Tim Van Den Bossche
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2025
PTMVision : an interactive visualization webserver for post-translational modifications of proteins
Simon Hackl
Caroline Jachmann
Mathias Witte Paz
Theresa Anisja Harbig
Lennart Martens
Kay Nieselt
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2025
Unipept in 2024 : expanding metaproteomics analysis with support for missed cleavages and semitryptic and nontryptic peptides
Tibo Vande Moortele
Bram Devlaminck
Simon Van de Vyver
Tim Van Den Bossche
Lennart Martens
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
Pieter Verschaffelt
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2025
Intensity and retention time prediction improves the rescoring of protein‐nucleic acid cross‐links
Arslan Siraj
Robbin Bouwmeester
Arthur Declercq
Luisa Welp
Aleksandar Chernev
Alexander Wulf
Henning Urlaub
Lennart Martens
Sven Degroeve
Oliver Kohlbacher
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PROTEOMICS
2024
Brain exposure to SARS-CoV-2 virions perturbs synaptic homeostasis
Emma Partiot
Aurélie Hirschler
Sophie Colomb
Willy Lutz
Tine Claeys
François Delalande
Maika S. Deffieu
Yonis Bare
Judith R. E. Roels
Barbara Gorda
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE MICROBIOLOGY
2024
MS²Rescore 3.0 is a modular, flexible, and user-friendly platform to boost peptide identifications, as showcased with MS Amanda 3.0
Louise M. Buur
Arthur Declercq
Marina Strobl
Robbin Bouwmeester
Sven Degroeve
Lennart Martens
Viktoria Dorfer
Ralf Gabriels
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2024
msqrob2PTM : differential abundance and differential usage analysis of MS-based proteomics data at the post-translational modification and peptidoform level
Nina Demeulemeester
Marie Gébelin
Lucas Caldi Gomes
Paul Lingor
Christine Carapito
Lennart Martens
Lieven Clement
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2024
Conformational dynamics of α‐1 acid glycoprotein (AGP) in cancer : a comparative study of glycosylated and unglycosylated AGP
Bhawna Dixit
Wim Vranken
An Ghysels
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PROTEINS-STRUCTURE FUNCTION AND BIOINFORMATICS
2024
PepGM : a probabilistic graphical model for taxonomic inference of viral proteome samples with associated confidence scores
Tanja Holstein
Franziska Kistner
Lennart Martens
Thilo Muth
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2023
Ionmob : a Python package for prediction of peptide collisional cross-section values
David Teschner
David Gomez-Zepeda
Arthur Declercq
Mateusz K Łącki
Seymen Avci
Konstantin Bob
Ute Distler
Thomas Michna
Lennart Martens
Stefan Tenzer
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2023
Updated MS²PIP web server supports cutting-edge proteomics applications
Arthur Declercq
Robbin Bouwmeester
Cristina Chiva
Eduard Sabido
Aurelie Hirschler
Christine Carapito
Lennart Martens
Sven Degroeve
Ralf Gabriels
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2023
lesSDRF is more : maximizing the value of proteomics data through streamlined metadata annotation
Tine Claeys
Tim Van Den Bossche
Yasset Perez-Riverol
Kris Gevaert
Juan Antonio Vizcaíno
Lennart Martens
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2023
Quality control for the target decoy approach for peptide identification
Elke Debrie
Milan Malfait
Ralf Gabriels
Arthur Declercq
Adriaan Sticker
Lennart Martens
Lieven Clement
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2023
Machine learning on large-scale proteomics data identifies tissue and cell-type specific proteins
Tine Claeys
Maxime Menu
Robbin Bouwmeester
Kris Gevaert
Lennart Martens
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2023
Challenges in describing the conformation and dynamics of proteins with ambiguous behavior
Joel Roca-Martinez
Tamas Lazar
Jose Gavalda-Garcia
David Bickel
Rita Pancsa
Bhawna Dixit
Konstantina Tzavella
Pathmanaban Ramasamy
Maite Sanchez-Fornaris
Isel Grau
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FRONTIERS IN MOLECULAR BIOSCIENCES
2022
psm_utils : a high-level python API for parsing and handling peptide-spectrum matches and proteomics search results
Ralf Gabriels
Arthur Declercq
Robbin Bouwmeester
Sven Degroeve
Lennart Martens
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2022
An interactive mass spectrometry atlas of histone posttranslational modifications in T-cell acute leukemia
Lien Provez
Bart Van Puyvelde
Laura Corveleyn
Nina Demeulemeester
Sigrid Verhelst
Beatrice Lintermans
Simon Daled
Juliette Roels
Lieven Clement
Lennart Martens
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC DATA
2022
Sensitive and specific spectral library searching with CompOmics Spectral library Searching tool and Percolator
Genet Abay Shiferaw
Ralf Gabriels
Robbin Bouwmeester
Tim Van Den Bossche
Elien Vandermarliere
Lennart Martens
Pieter-Jan Volders
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2022
MS2Rescore : data-driven rescoring dramatically boosts immunopeptide identification rates
Arthur Declercq
Robbin Bouwmeester
Aurélie Hirschler
Christine Carapito
Sven Degroeve
Lennart Martens
Ralf Gabriels
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2022
DeepLC can predict retention times for peptides that carry as-yet unseen modifications
Robbin Bouwmeester
Ralf Gabriels
Niels Hulstaert
Lennart Martens
Sven Degroeve
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE METHODS
2021
Activities ( 0 )
Results
Impact narratives ( 0 )
Patents ( 0 )