-
Natural sciences
- Analytical biochemistry
- Proteins
- Posttranslational modifications
- Proteomics
Vooral bij hogere eukaryoten kunnen eiwitten tijdens en na hun synthese op zeer diverse manieren gemodificeerd worden. Een zeer vaak voorkomende eiwitmodificatie is de acetylering van het amino-uiteinde van een eiwit (het N-uiteinde). Hoewel deze modificatie de biofysische parameters van de N-terminus van het eiwit verandert, is er verrassend weinig bekend over de eventuele functionele gevolgen van deze modificatie voor de overgrote meerderheid van de aldus geacetyleerde eiwitten. Recente studies wezen op de mogelijkheid dat een N-terminale acetylgroep eiwitvouwing en dus eiwitconformatie kan beïnvloeden. In dit project zullen we een op massaspectrometrie gebaseerde methode verbeteren voor het mappen van eiwitconformaties op een cellulaire schaal. Deze methode zal vervolgens toegepast worden voor de analyses van proteomen van menselijke cellijnen die dienen als modellen voor menselijke ziekten. Geselecteerde eiwitten met een veranderde conformatie zullen verder worden gevalideerd met behulp van andere moleculaire technologieën waarmee we hopen meer inzicht te krijgen in onder meer eiwitvouwingziekten. Ons doel is dus om de afwezigheid of vermindering van N-terminale acetylering op de conformatie van een proteoom te evalueren.