Flow cytometrie wordt reeds gebruikt voor opvolging van microbiële systemen in milieu en industriële context. Dit onderzoek tracht toepassingen voor microbiële flow cytometrie binnen de medische context te ontwikkelen, met een focus op het orale microbioom. Meer specifiek worden toepassingen voor mechanistisch onderzoek en toepassingen voor diagnose en personalisatie van behandeling bij patiënten ontwikkeld.