Het orale microbioom is een zeer diverse microbiële gemeenschap die sterk varieert tussen individuen. Het speelt een centrale rol in de mondgezondheid, waar het de gastheer kan beschermen tegen ziekten. Onder bepaalde omstandigheden kan een gezond microbioom echter zo verstoord raken dat het resulteert in dysbiose en mogelijke ontwikkeling van ziekte. De meest voorkomende orale ziekten zijn cariës en parodontale ziekten. Beiden worden geassocieerd met een status van dysbiose van de orale microbiota. Paradontale ziekten worden vaak behandeld met antimicrobiële middelen, terwijl antimicrobiële middelen met fluoride vooral gebruikt worden ter preventie van cariës. Hoewel antimicrobiële middelen effectief zijn bij het verlichten van klinische manifestaties van deze orale ziekten, kunnen ze het orale microbioom verder uit balans brengen. Kennis over hoe interindividuele verschillen in het orale microbioom de respons op antimicrobiële behandeling kunnen beïnvloeden, is onvoldoende en vereist verder onderzoek. Naast het beoordelen van de samenstelling van de microbiële gemeenschap, is het ook belangrijk om het fenotype van de gemeenschap te overwegen, omdat dit de functionaliteit ervan weerspiegelt en aanwijzingen kan geven over de respons op behandeling. Flow cytometrie is een uitstekende techniek voor het bestuderen van fenotypische heterogeniteit in microbiële populaties en werd al eerder toegepast om het orale microbioom te bestuderen. Daarom vormt flow cytometrie een interessant platform om te verkennen voor onderzoek in orale microbiologie.