FlexWare beoogt efficiënter hardware-ontwerp voor algoritmes met extensief laagniveauparallellisme. Het is gericht op bioinformaticatoepassingen, maar algoritmes uit andere domeinen zullen gebruikt worden ter evaluatie. Verschillende parallelle en herconfigureerbare platformen zullen onderzocht worden met het oog op de ontwikkeling van automatische ondersteuning voor platformselectie, extractie van applicatieparallellisme en afbeelding hiervan op het gekozen platform.