Rett-syndroom is een ernstige neurologische aandoening. Bij meer dan 90% van de patiënten, MECP2
veranderingen zijn aanwezig. Bij het atypische Rett-syndroom kan echter alleen een MECP2-wijziging worden gevonden
in 50-70% van de gevallen. Veranderingen in MEF2C en FOXG1 zijn ook betrokken bij typische en
atypisch Rett-syndroom. Beide genen zijn aanwezig met een specifiek spatiotemporaal expressiepatroon. Deze
strikte regulering suggereert een belangrijke rol voor regulerende sequenties op deze loci.
Interessant is dat verschillende deleties evenals translocaties 5 'naar MEF2C zijn gerapporteerd bij patiënten
met Rett-achtige manifestaties. Hetzelfde geldt voor FOXG1, waar verschillende verwijderingen 3 'naar FOXG1
zijn beschreven bij patiënten met (een) typisch Rett-syndroom. Omdat deze aberraties alleen van invloed zijn
niet-coderende regio's, is dit indicatief voor deletie / translocatie van een cruciaal regulerend element.
Met behulp van 4C-seq hebben we al 11 mogelijke regulerende regio's geïdentificeerd voor MEF2C (6) en FOXG1 (5). De
doel van dit project is om deze elementen verder te valideren. Om dit te doen, zullen we zowel de in vivo &
in vitro activiteitspatroon van de vermoedelijke regulerende sequenties en bepalen of deze regio's
worden getranscribeerd als enhancer-RNA's (eRNA's). Dit geeft ons waardevolle informatie over de verordening
van deze genen. Dit project past in een breder, allesomvattend project waarin de regelgeving
landschap van beide genen is volledig bestudeerd, ook met behulp van andere state-of-the-art technieken zoals 4C-seq
& CRISPR-Cas9 genoom engineering.