Instellingen beheren
MENU
Over deze site
In English
Home
Onderzoekers
Projecten
Organisaties
Publicaties
Infrastructuur
Contact
Research Explorer
Uw browser ondersteunt geen JavaScript of JavaScript is niet ingeschakeld. Zonder JavaScript kan sommige functionaliteit van deze webapplicatie uitgeschakeld zijn of foutmeldingen veroorzaken. Raadpleeg om JavaScript in te schakelen de handleiding van uw browser of contacteer uw systeembeheerder.
Onderzoeker
Pieter Verschaffelt
Profiel
Projecten
Publicaties
Activiteiten
Prijzen & Erkenningen
21
Resultaten
2025
Direct construction of sparse suffix arrays with Libsais
Simon Van de Vyver
Tibo Vande Moortele
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
Pieter Verschaffelt
Preprint
2025
PathwayPilot : a user-friendly tool for visualizing and navigating metabolic pathways
Tibo Vande Moortele
Pieter Verschaffelt
Qingyao Huang
Nadezhda T. Doncheva
Tanja Holstein
Caroline Jachmann
Peter Dawyndt
Lennart Martens
Bart Mesuere
Tim Van Den Bossche
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2025
The microbiologist's guide to metaproteomics
Tim Van Den Bossche
Jean Armengaud
Dirk Benndorf
Jose Alfredo Blakeley‐Ruiz
Madita Brauer
Kai Cheng
Marybeth Creskey
Daniel Figeys
Lucia Grenga
Timothy J. Griffin
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
IMETA
2025
The microbiologist’s guide to metaproteomics
Tim Van Den Bossche
Jean Armengaud
Dirk Benndorf
Jose Alfredo Blakeley-Ruiz
Madita Brauer
Kai Cheng
Marybeth Creskey
Daniel Figeys
Lucia Grenga
Timothy J Griffin
et al.
Preprint
2025
Unipept in 2024 : expanding metaproteomics analysis with support for missed cleavages and semitryptic and nontryptic peptides
Tibo Vande Moortele
Bram Devlaminck
Simon Van de Vyver
Tim Van Den Bossche
Lennart Martens
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
Pieter Verschaffelt
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2025
2024
Biodiversity analysis of metaproteomics samples with Unipept : a comprehensive tutorial
Tim Van Den Bossche
Pieter Verschaffelt
Tibo Vande Moortele
Peter Dawyndt
Lennart Martens
Bart Mesuere
Hoofdstuk in een boek
in
Protein bioinformatics
2024
The Peptonizer2000 : bringing confidence to metaproteomics
Tanja Holstein
Pieter Verschaffelt
Tim Van Den Bossche
Simon Van de Vyver
Lennart Martens
Bart Mesuere
Thilo Muth
Preprint
2024
2023
Building the Unipept Ecosystem : empowering high-throughput metaproteomics data analysis for characterizing complex microbial communities
Pieter Verschaffelt
Peter Dawyndt
Lennart Martens
Bart Mesuere
Proefschrift
2023
Unipept Desktop 2.0 : construction of targeted reference protein databases for metaproteogenomics analyses
Pieter Verschaffelt
Alessandro Tanca
Marcello Abbondio
Tim Van Den Bossche
Tibo Vande Moortele
Peter Dawyndt
Lennart Martens
Bart Mesuere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2023
2022
Pout2Prot : an efficient tool to create protein (sub)groups from Percolator Output Files
Kay Schallert
Pieter Verschaffelt
Bart Mesuere
Dirk Benndorf
Lennart Martens
Tim Van Den Bossche
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2022
UMGAP : the Unipept MetaGenomics analysis pipeline
Felix Van der Jeugt
Rien Maertens
Aranka Steyaert
Pieter Verschaffelt
Caroline De Tender
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC GENOMICS
2022
Unipept visualizations : an interactive visualization library for biological data
Pieter Verschaffelt
James Collier
Alexander Botzki
Lennart Martens
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2022
2021
Critical Assessment of MetaProteome Investigation (CAMPI) : a multi-laboratory comparison of established workflows
Tim Van Den Bossche
Benoit J. Kunath
Kay Schallert
Stephanie S. Schäpe
Paul E. Abraham
Jean Armengaud
Magnus Ø. Arntzen
Ariane Bassignani
Dirk Benndorf
Stephan Fuchs
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2021
Critical assessment of metaproteome investigation (CAMPI) : a multi-lab comparison of established workflows
Tim Van Den Bossche
Benoit J. Kunath
Kay Schallert
Stephanie S. Schäpe
Paul E. Abraham
Jean Armengaud
Magnus Ø. Arntzen
Ariane Bassignani
Dirk Benndorf
Stephan Fuchs
et al.
Preprint
2021
MegaGO : a fast yet powerful approach to assess functional gene ontology similarity across meta-omics data sets
Pieter Verschaffelt
Tim Van Den Bossche
Wassim Gabriel
Michał Burdukiewicz
Alessio Soggiu
Lennart Martens
Bernhard Y. Renard
Henning Schiebenhoefer
Bart Mesuere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2021
Pout2Prot : an efficient tool to create protein (sub)groups from Percolator output files
Tim Van Den Bossche
Kay Schallert
Pieter Verschaffelt
Bart Mesuere
Dirk Benndorf
Lennart Martens
Preprint
2021
Unipept Desktop : a faster, more powerful metaproteomics results analysis tool
Pieter Verschaffelt
Tim Van Den Bossche
Lennart Martens
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2021
2020
Connecting MetaProteomeAnalyzer and PeptideShaker to Unipept for seamless end-to-end metaproteomics data analysis
Tim Van Den Bossche
Pieter Verschaffelt
Kay Schallert
Harald Barsnes
Peter Dawyndt
Dirk Benndorf
Bernhard Y. Renard
Bart Mesuere
Lennart Martens
Thilo Muth
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2020
Proceedings of the EuBIC-MS 2020 Developers’ Meeting
Christopher Ashwood
Wout Bittremieux
Eric W. Deutsch
Nadezhda T. Doncheva
Viktoria Dorfer
Ralf Gabriels
Vladimir Gorshkov
Surya Gupta
Andrew R. Jones
Lukas Käll
et al.
A2
Artikel in een tijdschrift
in
EUPA OPEN PROTEOMICS
2020
Unipept CLI 2.0 : adding support for visualizations and functional annotations
Pieter Verschaffelt
Philippe Van Thienen
Tim Van Den Bossche
Felix Van der Jeugt
Caroline De Tender
Lennart Martens
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2020
2019
Unipept 4.0 : functional analysis of metaproteome data
Robbert Gurdeep Singh
Alessandro Tanca
Antonio Palomba
Felix Van der Jeugt
Pieter Verschaffelt
Sergio Uzzau
Lennart Martens
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2019