Instellingen beheren
MENU
Over deze site
In English
Home
Onderzoekers
Projecten
Organisaties
Publicaties
Infrastructuur
Contact
Research Explorer
Uw browser ondersteunt geen JavaScript of JavaScript is niet ingeschakeld. Zonder JavaScript kan sommige functionaliteit van deze webapplicatie uitgeschakeld zijn of foutmeldingen veroorzaken. Raadpleeg om JavaScript in te schakelen de handleiding van uw browser of contacteer uw systeembeheerder.
Onderzoeker
Michiel Stock
Profiel
Projecten
Publicaties
Activiteiten
Prijzen & Erkenningen
76
Resultaten
2024
Beyond correlations : a causal perspective on host-microbiome interactions
Steff Taelman
Wim Van Criekinge
Michiel Stock
Liesbeth Ceelen
Proefschrift
2024
DepoScope : accurate phage depolymerase annotation and domain delineation using large language models
Robby Concha-Eloko
Michiel Stock
Bernard De Baets
Yves Briers
Rafael Sanjuán
Pilar Domingo-Calap
Dimitri Boeckaerts
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY
2024
Editorial : plant sensing and computing - PlantComp 2022
Michiel Stock
Tom De Swaef
Francis wyffels
Redactioneel materiaal
2024
Engineering is evolution : a perspective on design processes to engineer biology
Simeon D. Castle
Michiel Stock
Thomas E. Gorochowski
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2024
Hyperdimensional computing : a fast, robust, and interpretable paradigm for biological data
Michiel Stock
Wim Van Criekinge
Dimitri Boeckaerts
Steff Taelman
Maxime Van Haeverbeke
Pieter Dewulf
Bernard De Baets
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY
2024
Impedimetric biofilm characterization with microelectrode arrays using equivalent electrical circuit features and ensemble classifiers
Maxime Van Haeverbeke
Charlotte Cums
Thijs Vackier
Dries Braeken
Michiel Stock
Hans Steenackers
Bernard De Baets
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CHEMOMETRICS AND INTELLIGENT LABORATORY SYSTEMS
2024
Link prediction in stagewise graphs
Pieter Dewulf
Michiel Stock
Bernard De Baets
A1
Artikel in een tijdschrift
in
IEEE TRANSACTIONS ON KNOWLEDGE AND DATA ENGINEERING
2024
Machine-learning-based prediction of disability progression in multiple sclerosis : an observational, international, multi-center study
Edward De Brouwer
Thijs Becker
Lorin Werthen-Brabants
Pieter Dewulf
Dimitrios Iliadis
Cathérine Dekeyser
Guy Laureys
Bart Van Wijmeersch
Veronica Popescu
Tom Dhaene
et al.
A2
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS DIGITAL HEALTH
2024
Microelectrode-array-based sensing of bacterial biofilm antibiotic susceptibility using impedance spectroscopy and convolutional neural networks
Maxime Van Haeverbeke
Charlotte Cums
Thijs Vackier
Dries Braeken
Michiel Stock
Hans Steenackers
Bernard De Baets
C1
Conferentie
2024
Modelling and measuring forest microclimate at high spatiotemporal resolution
Emma Van de Walle
Steven De Hertog
Félicien Meunier
Kim Calders
Pieter De Frenne
Zhizhi Yang
Yanlu Li
Michiel Stock
Francis wyffels
Louise Terryn
et al.
C3
Conferentie
2024
Multi-temporal 3D virtual forest reconstruction using terrestrial laser scanning in a temperate forest
Louise Terryn
Kim Calders
Pieter De Frenne
Bart Kuyken
Yanlu Li
Pieter Sanczuk
Michiel Stock
Emma Van de Walle
Francis wyffels
Hans Verbeeck
C3
Conferentie
2024
Open-endedness in synthetic biology : a route to continual innovation for biological design
Michiel Stock
Thomas E. Gorochowski
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENCE ADVANCES
2024
Plant science in the age of simulation intelligence
Michiel Stock
Olivier Pieters
Tom De Swaef
Francis wyffels
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FRONTIERS IN PLANT SCIENCE
2024
Prediction of Klebsiella phage-host specificity at the strain level
Dimitri Boeckaerts
Michiel Stock
Celia Ferriol-González
Jesús Oteo-Iglesias
Rafael Sanjuán
Pilar Domingo-Calap
Bernard De Baets
Yves Briers
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2024
Quantifying and modelling feedbacks between forest structure, light, microclimate and carbon cycling in temperate forests
Emma Van de Walle
Steven De Hertog
Félicien Meunier
Kim Calders
Pieter De Frenne
Zhizhi Yang
Michiel Stock
Francis wyffels
Louise Terryn
Pieter Sanczuk
et al.
C3
Conferentie
2024
The role of Helicobacter suis, Fusobacterium gastrosuis, and the pars oesophageal microbiota in gastric ulceration in slaughter pigs receiving meal or pelleted feed
Emily Taillieu
Steff Taelman
Sofie De Bruyckere
Evy Goossens
Ilias Chantziaras
Christophe Van Steenkiste
Peter Yde
Steven Hanssens
Dimitri De Meyer
Wim Van Criekinge
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
VETERINARY RESEARCH
2024
2023
Advances in impedimetric modelling of electrochemical systems in engineering and the life sciences
Maxime Van Haeverbeke
Bernard De Baets
Michiel Stock
Proefschrift
2023
Biology-based machine learning to predict phage-host specificity for the clinical phage therapist
Dimitri Boeckaerts
Célia Pas
Agnieszka Łątka
Michiel Stock
Celia Ferriol-González
Rafael Sanjuan
Pilar Domingo-Calap
Lars Fieseler
Bernard De Baets
Yves Briers
C3
Conferentie
2023
Evaluating the potential of Distribution of Relaxation Times analysis for plant agriculture
Maxime Van Haeverbeke
Bernard De Baets
Michiel Stock
A1
Artikel in een tijdschrift
in
COMPUTERS AND ELECTRONICS IN AGRICULTURE
2023
Exploiting data compositionality using tensor products and hyperdimensional computing
Pieter Dewulf
Bernard De Baets
Michiel Stock
Proefschrift
2023
Plant impedance spectroscopy : a review of modeling approaches and applications
Maxime Van Haeverbeke
Bernard De Baets
Michiel Stock
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FRONTIERS IN PLANT SCIENCE
2023
Predicting and understanding phage-host interactions with machine learning tools based on phage receptor-binding proteins
Dimitri Boeckaerts
Yves Briers
Bernard De Baets
Michiel Stock
Proefschrift
2023
2022
BioCCP.jl : collecting coupons in combinatorial biotechnology
Kirsten Van Huffel
Michiel Stock
Bernard De Baets
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2022
Covering the combinatorial design space of multiplex CRISPR/Cas experiments in plants
Kirsten Van Huffel
Michiel Stock
Tom Ruttink
Bernard De Baets
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FRONTIERS IN PLANT SCIENCE
2022
Digital phagograms : predicting phage infectivity through a multilayer machine learning approach
Cédric Lood
Dimitri Boeckaerts
Michiel Stock
Bernard De Baets
Rob Lavigne
Vera van Noort
Yves Briers
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CURRENT OPINION IN VIROLOGY
2022
Equivalent electrical circuits and their use across electrochemical impedance spectroscopy application domains
Maxime Van Haeverbeke
Michiel Stock
Bernard De Baets
A1
Artikel in een tijdschrift
in
IEEE ACCESS
2022
Identification of phage receptor-binding protein sequences with hidden Markov models and an extreme gradient boosting classifier
Dimitri Boeckaerts
Michiel Stock
Bernard De Baets
Yves Briers
A1
Artikel in een tijdschrift
in
VIRUSES-BASEL
2022
Leveraging plant physiological dynamics using physical reservoir computing
Olivier Pieters
Tom De Swaef
Michiel Stock
Francis wyffels
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2022
Machine learning techniques to characterize functional traits of plankton from image data
Eric C. Orenstein
Sakina‐Dorothée Ayata
Frédéric Maps
Érica C. Becker
Fabio Benedetti
Tristan Biard
Thibault de Garidel‐Thoron
Jeffrey S. Ellen
Filippo Ferrario
Sarah L. C. Giering
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
LIMNOLOGY AND OCEANOGRAPHY
2022
Machine learning to assist in large-scale, activity-based synthetic cannabinoid receptor agonist screening of serum samples
Liesl Janssens
Dimitri Boeckaerts
Simon Hudson
Daria Morozova
Annelies Cannaert
David M. Wood
Caitlin Wolfe
Bernard De Baets
Michiel Stock
Paul, I Dargan
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CLINICAL CHEMISTRY
2022
Machine-learning-based prediction of disability progression in multiple sclerosis : an observational, international, multi-center study
Edward De Brouwer
Thijs Becker
Lorin Werthen-Brabants
Pieter Dewulf
Dimitrios Iliadis
Cathérine Dekeyser
Guy Laureys
Bart Van Wijmeersch
Veronica Popescu
Tom Dhaene
et al.
Preprint
2022
On the pivotal role of water potential to model plant physiological processes
Tom De Swaef
Olivier Pieters
Simon Appeltans
Irene Borra-Serrano
Willem Coudron
Valentin Couvreur
Sarah Garré
Peter Lootens
Bart Nicolaï
Leroi Pols
et al.
A2
Artikel in een tijdschrift
in
IN SILICO PLANTS
2022
Optimising predictive models to prioritise viral discovery in zoonotic reservoirs
Daniel J Becker
Gregory F Albery
Anna R Sjodin
Timothee Poisot
Laura M Bergner
Binqi Chen
Lily E Cohen
Tad A Dallas
Evan A Eskew
Anna C Fagre
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
LANCET MICROBE
2022
ProD : a tool for predictive design of tailored promoters in Escherichia coli
Friederike Mey
Jim Clauwaert
Maarten Van Brempt
Michiel Stock
Jo Maertens
Willem Waegeman
Marjan De Mey
Hoofdstuk in een boek
in
Prokaryotic gene regulation : methods and protocols
2022
Rapid and high-throughput evaluation of diverse configura-tions of engineered lysins using the VersaTile technique
Lisa Duyvejonck
Hans Gerstmans
Michiel Stock
Dennis Grimon
Rob Lavigne
Yves Briers
C3
Conferentie
2022
Reservoir computing with plants
Olivier Pieters
Francis wyffels
Tom De Swaef
Michiel Stock
Proefschrift
2022
Two novel approaches to identify phage receptor-binding protein sequences
Dimitri Boeckaerts
Michiel Stock
Bernard De Baets
Yves Briers
C3
Conferentie
2022
2021
Cold-start problems in data-driven prediction of drug-drug interaction effects
Pieter Dewulf
Michiel Stock
Bernard De Baets
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PHARMACEUTICALS
2021
Crowdsourced mapping of unexplored target space of kinase inhibitors
Anna Cichonska
Balaguru Ravikumar
Robert J. Allaway
Fangping Wan
Sungjoon Park
Olexandr Isayev
Shuya Li
Michael Mason
Andrew Lamb
Ziaurrehman Tanoli
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2021
Disentangling the information in species interaction networks
Michiel Stock
Laura Hoebeke
Bernard De Baets
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ENTROPY
2021
Optimal transportation theory for species interaction networks
Michiel Stock
Timothee Poisot
Bernard, de Baets
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ECOLOGY AND EVOLUTION
2021
Otolith identification using a deep hierarchical classification model
Michiel Stock
Bac Nguyen Cong
Wouter Courtens
Hilbran Verstraete
Eric Stienen
Bernard De Baets
A1
Artikel in een tijdschrift
in
COMPUTERS AND ELECTRONICS IN AGRICULTURE
2021
Pairwise learning for predicting pollination interactions based on traits and phylogeny
Michiel Stock
Niels Piot
Sarah Vanbesien
Joris Meys
Guy Smagghe
Bernard De Baets
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ECOLOGICAL MODELLING
2021
PhaLP : a database for the study of phage lytic proteins and their evolution
Bjorn Criel
Steff Taelman
Wim Van Criekinge
Michiel Stock
Yves Briers
A1
Artikel in een tijdschrift
in
VIRUSES-BASEL
2021
Practical equivalent electrical circuit identification for electrochemical impedance spectroscopy analysis with gene expression programming
Maxime Van Haeverbeke
Michiel Stock
Bernard De Baets
A1
Artikel in een tijdschrift
in
IEEE TRANSACTIONS ON INSTRUMENTATION AND MEASUREMENT
2021
Predicting bacteriophage hosts based on sequences of annotated receptor-binding proteins
Dimitri Boeckaerts
Michiel Stock
Bjorn Criel
Hans Gerstmans
Bernard De Baets
Yves Briers
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2021
Rapid and high-throughput evaluation of diverse configurations of engineered lysins using the VersaTile technique
Lisa Duyvejonck
Hans Gerstmans
Michiel Stock
Dennis Grimon
Rob Lavigne
Yves Briers
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ANTIBIOTICS-BASEL
2021
2020
A general-purpose toolbox for efficient Kronecker-based learning
Michiel Stock
Tapio Pahikkala
Antti Airola
Bernard De Baets
C1
Conferentie
2020
Algebraic shortcuts for leave-one-out cross-validation in supervised network inference
Michiel Stock
Tapio Pahikkala
Antti Airola
Willem Waegeman
Bernard De Baets
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS
2020
Gloxinia—an open-source sensing platform to monitor the dynamic responses of plants
Olivier Pieters
Tom De Swaef
Peter Lootens
Michiel Stock
Isabel Roldán-Ruiz
Francis wyffels
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SENSORS
2020
Information content in pollination network reveals missing interactions
Michiel Stock
Niels Piot
Sarah Vanbesien
Bernard Vaissière
Clémentine Coiffait-Gombault
Guy Smagghe
Bernard De Baets
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ECOLOGICAL MODELLING
2020
Limitations of snapshot hyperspectral cameras to monitor plant response dynamics in stress-free conditions
Olivier Pieters
Tom De Swaef
Peter Lootens
Michiel Stock
Isabel Roldán-Ruiz
Francis wyffels
A1
Artikel in een tijdschrift
in
COMPUTERS AND ELECTRONICS IN AGRICULTURE
2020
Predicting pharmaceutical particle size distributions using kernel mean embedding
Daan Van Hauwermeiren
Michiel Stock
Thomas De Beer
Ingmar Nopens
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PHARMACEUTICS
2020
Predictive design of sigma factor-specific promoters
Maarten Van Brempt
Jim Clauwaert
Friederike Mey
Michiel Stock
Jo Maertens
Willem Waegeman
Marjan De Mey
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2020
2019
EcologicalNetworks.jl : analysing ecological networks of species interactions
Timothee Poisot
Zachary Belisle
Laura Hoebeke
Michiel Stock
Piotr Szefer
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ECOGRAPHY
2019
Guiding mineralization co-culture discovery using Bayesian optimization
Aisling Daly
Michiel Stock
Jan Baetens
Bernard De Baets
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ENVIRONMENTAL SCIENCE & TECHNOLOGY
2019
Kernel mean embedding of distributions : a new data-driven model approach for modelling a continuous pharmaceutical twin-screw granulation process
Daan Van Hauwermeiren
Michiel Stock
Thomas De Beer
Ingmar Nopens
C3
Conferentie
2019
X-ray microtomography and linear discriminant analysis enable detection of embolism-related acoustic emissions
Niels De Baerdemaeker
Michiel Stock
Jan Van den Bulcke
Bernard De Baets
Luc Van Hoorebeke
Kathy Steppe
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLANT METHODS
2019
2018
A comparative study of pairwise learning methods based on kernel ridge regression
Michiel Stock
Tapio Pahikkala
Antti Airola
Bernard De Baets
Willem Waegeman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NEURAL COMPUTATION
2018
Liquid-to-solid ratio control as an advanced process control solution for continuous twin-screw wet granulation
Niels Nicolaï
Fien De Leersnyder
Dana Copot
Michiel Stock
Clara-Mihaela Ionescu
Krist V Gernaey
Ingmar Nopens
Thomas De Beer
A1
Artikel in een tijdschrift
in
AICHE JOURNAL
2018
2017
Exact and efficient algorithms for pairwise learning
Michiel Stock
Bernard De Baets
Willem Waegeman
Proefschrift
2017
Linear filtering reveals false negatives in species interaction data
Michiel Stock
Timothée Poisot
Willem Waegeman
Bernard De Baets
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2017
The use of shallow convolutional neural networks in predicting promotor strength in Eschericha coli
Jim Clauwaert
Michiel Stock
Marjan De Mey
Willem Waegeman
C3
Conferentie
2017
miSTAR : miRNA target prediction through modeling quantitative and qualitative miRNA binding site information in a stacked model structure
Gert Van Peer
Ayla De Paepe
Michiel Stock
Jasper Anckaert
Pieter-Jan Volders
Jo Vandesompele
Bernard De Baets
Willem Waegeman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2017
2016
Data-driven recipe completion using machine learning methods
Marlies De Clercq
Michiel Stock
Bernard De Baets
Willem Waegeman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
TRENDS IN FOOD SCIENCE & TECHNOLOGY
2016
Exact and efficient top-K inference for multi-target prediction by querying separable linear relational models
Michiel Stock
Krzysztof Dembczynski
Bernard De Baets
Willem Waegeman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
DATA MINING AND KNOWLEDGE DISCOVERY
2016
2015
A decoy-free approach to the identification of peptides
Giulia Gonnelli
Michiel Stock
Jan Verwaeren
Davy Maddelein
Bernard De Baets
Lennart Martens
Sven Degroeve
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2015
Recipe completion using machine learning techniques
Marlies De Clercq
Michiel Stock
Bernard De Baets
Willem Waegeman
C1
Conferentie
2015
2014
A community effort to assess and improve drug sensitivity prediction algorithms
James C Costello
Laura M Heiser
Elisabeth Georgii
Mehmet Gönen
Michael P Menden
Nicholas J Wang
Mukesh Bansal
Muhammad Ammad-ud-din
Petteri Hintsanen
Suleiman A Khan
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE BIOTECHNOLOGY
2014
A two-step learning approach for solving full and almost full cold start problems in dyadic prediction
Tapio Pahikkala
Michiel Stock
Antti Airola
Tero Aittokallio
Bernard De Baets
Willem Waegeman
C1
Conferentie
2014
Identification of functionally related enzymes by learning-to-rank methods
Michiel Stock
Thomas Fober
Eyke Hüllermeier
Serghei Glinca
Gerhard Klebe
Tapio Pahikkala
Antti Airola
Bernard De Baets
Willem Waegeman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS
2014
2013
Efficient regularized least-squares algorithms for conditional ranking on relational data
Tapio Pahikkala
Antti Airola
Michiel Stock
Bernard De Baets
Willem Waegeman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MACHINE LEARNING
2013
Exploration and prediction of interactions between methanotrophs and heterotrophs
Michiel Stock
Sven Hoefman
Frederiek-Maarten Kerckhof
Nico Boon
Paul De Vos
Bernard De Baets
Kim Heylen
Willem Waegeman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
RESEARCH IN MICROBIOLOGY
2013
2012
A kernel-based framework for learning graded relations from data
Willem Waegeman
Tapio Pahikkala
Antti Airola
Tapio Salakoski
Michiel Stock
Bernard De Baets
A1
Artikel in een tijdschrift
in
IEEE TRANSACTIONS ON FUZZY SYSTEMS
2012
Conditional ranking algorithms for efficient object retrieval and object querying on relational data
Willem Waegeman
Michiel Stock
Bernard De Baets
Tapio Pahikkala
Antti Airola
Tapio Salakoski
C3
Conferentie
2012
Learning monadic and dyadic relations : three case studies in systems biology
Michiel Stock
Tapio Pahikkala
Antti Airola
Tapio Salakoski
Bernard De Baets
Willem Waegeman
C1
Conferentie
2012