Research Explorer

Your browser does not support JavaScript or JavaScript is not enabled. Without JavaScript some functions of this webapplication may be disabled or cause error messages. To enable JavaScript, please consult the manual of your browser or contact your system administrator.

Researcher

Karen Verboom

22 Results

2021

SOX11 as guardian of epigenetic plasticity in neuroblastoma

Bieke DecaestekerAmber LouwagieSiebe LoontiensSara De BrouwerCarolina de Carvalho NunesGeertrui DeneckerFanny De VloedLisa DepestelJuliette RoelsKaren VerboomEva D'haeneWouter Van LoockeElena AfanasyevaVolodimir OlexioukPauline DepuydtEllen SandersGivani DewynLiselot MusLucia LorenziJo Van DorpeDavid CreytensFrank WestermannRogier VersteegKaat DurinckBjörn MentenNadine Van RoyAnton HenssenJohannes SchulteTim PietersPieter Van VlierbergheSuzanne VanhauwaertChristophe Van NesteSara EkJohan van NesJan KosterKatleen De PreterFranki Speleman

2020

SOX11 as guardian of epigenetic plasticity in neuroblastoma

Bieke DecaestekerAmber LouwagieSiebe LoontiensCarolina de Carvalho NunesKaren VerboomJuliette RoelsEva D'haeneRogier VersteegKaat DurinckAnton HenssenJohannes SchulteSuzanne VanhauwaertChristophe Van NesteSara EkJan KosterJohan Van NesKatleen De PreterFranki Speleman

2019

A neuronal enhancer network upstream of MEF2C is compromised in patients with Rett-like characteristics

Eva D'haeneReut Bar-YaacovInbar BariahLies VantommeSien Van LooFrancisco Avila CobosKaren VerboomReut EshelRawan AlatawnaBjörn MentenRamon Y BirnbaumSarah Vergult

A1 Journal Article in HUMAN MOLECULAR GENETICS

Deciphering complete cancer transcriptomes from bulk to single cell level

Karen VerboomFranki SpelemanJo VandesompeleKaat Durinck

Long noncoding RNA expression profiling in cancer : challenges and opportunities

Lucia LorenziFrancisco Avila CobosAnneleen DecockCeline EveraertHetty HelsmoortelSteve LefeverKaren VerboomPieter-Jan VoldersFranki SpelemanJo VandesompelePieter Mestdagh

A1 Journal Article in GENES CHROMOSOMES & CANCER

Noncoding structural variants disrupt the regulatory architecture of Rett genes

Eva D'haeneReut Bar-YaacovInbar BariahLies VantommeSien Van LooFrancisco Avila CobosKaren VerboomReut EshelRawan AlatawnaBjörn MentenRamon BirnbaumSarah Vergult

Noncoding structural variants disrupt the regulatory architecture of Rett genes

Eva D'haeneReut Bar-YaacovInbar BariahLies VantommeSien Van LooFrancisco Avila CobosKaren VerboomReut EshelRawan AlatawnaBjörn MentenRamon BirnbaumSarah Vergult

Purification of high-quality RNA from a small number of fluorescence activated cell sorted zebrafish cells for RNA sequencing purposes

Siebe LoontiensLisa DepestelSuzanne VanhauwaertGivani DewynCharlotte GistelinckKaren VerboomWouter Van LoockeFilip MatthijssensAndy WillaertJo VandesompeleFranki SpelemanKaat Durinck

A1 Journal Article in BMC GENOMICS

SMARTer single cell total RNA sequencing

Karen VerboomCeline EveraertNathalie BolducKenneth LivakNurten YigitDries RombautJasper AnckaertMorten VenøJørgen KjemsFranki SpelemanPieter MestdaghJo Vandesompele

SMARTer single cell total RNA-sequencing

Karen VerboomCeline EveraertNathalie BolducKenneth LivakNurten YigitDries RombautJasper AnckaertSimon LeeMorten VenøJørgen KjemsFranki SpelemanPieter MestdaghJo Vandesompele

A1 Journal Article in NUCLEIC ACIDS RESEARCH

SOX11 as mediator of the adrenergic cell state in NB

Bieke DecaestekerAmber LouwagieSara De BrouwerVolodimir OlexioukGeertrui DeneckerCarolina de Carvalho NunesKaren VerboomMoritz GartlgruberWouter Van LoockeElena AfanasyevaPauline DepuydtFanny De VloedEllen SandersSuzanne VanhauwaertLiselot MusCarl HerrmannSiebe LoontiensBram De WildeGenevieve LaureysBjörn MentenNadine Van RoyJo Van DorpeDavid CreytensChristophe Van NesteJohannes SchulteKaat DurinckFrank WestermannJan KosterRogier VersteegSara EkJohan Van NesKatleen De PreterFranki Speleman

SOX11 is a key epigenetic regulator in the adrenergic MYCN amplified neuroblastoma

Amber LouwagieBieke DecaestekerCarolina de Carvalho NunesGeertrui DeneckerVolodimir OlexioukKaren VerboomMoritz GartlgruberWouter Van LoockeElena AfanasyevaPauline DepuydtFanny De VloedEllen SandersLiselot MusSiebe LoontiensLucia LorenziCarl HerrmannJo Van DorpeDavid CreytensFrank WestermanRogier VersteegBjörn MentenNadine Van RoyKaat DurinckSuzanne VanhauwaertChristophe Van NesteSara EkJohan Van NesJan KosterKatleen De PreterFranki Speleman

SOX11 is a key epigenetic regulator in the adrenergic MYCN amplified neuroblastoma

Amber LouwagieBieke DecaestekerSara De BrouwerGeertrui DeneckerCarolina de Carvalho NunesVolodimir OlexioukKaren VerboomMoritz GartlgruberWouter Van LoockeElena AfanasyevaPauline DepuydtFanny De VloedEllen SandersSuzanne VanhauwaertLiselot MusCarl HerrmannSiebe LoontiensGeneviève LaureysBjörn MentenNadine Van RoyJo VandorpeDavid CreytensChristophe Van NesteKaat DurinckFrank WestermanRogier VersteegJohan Van NesJan KosterSara EkKatleen De PreterFranki Speleman

2018

A comprehensive inventory of TLX1 controlled long non-coding RNAs in T-cell acute lymphoblastic leukemia through polyA+ and total RNA sequencing

Karen VerboomWouter Van LoockePieter-Jan VoldersBieke DecaestekerFrancisco Avila CobosSimon BornscheinCharles E de BockZeynep Kalender AtakEmmanuelle ClappierStein AertsJan CoolsJean SoulierTom TaghonPieter Van VlierbergheJo VandesompeleFranki SpelemanKaat Durinck

A1 Journal Article in HAEMATOLOGICA

A neuronal enhancer network upstream of MEF2C is compromised in patients with Rett-like characteristics

Eva D'haeneReut Bar-YaacovInbar BariahLies VantommeSien Van LooFrancisco Avila CobosKaren VerboomReut EshelRawan AlatawnaBjörn MentenRamon BirnbaumSarah Vergult

Isolation of high-quality RNA from fluorescent activated cell sorted (FACS) zebrafish cells for RNA sequencing purposes

Siebe LoontiensSuzanne VanhauwaertLisa DepestelGivani DewynCharlotte GistelinckKaren VerboomEls JanssensFilip MatthijssensAndy WillaertJo VandesompeleFranki SpelemanKaat Durinck

TBX2 is a neuroblastoma core regulatory circuitry component enhancing MYCN/FOXM1 reactivation of DREAM targets

Bieke DecaestekerGeertrui DeneckerChristophe Van NesteEmmy M DolmanWouter Van LoockeMoritz GartlgruberCarolina de Carvalho NunesFanny De VloedPauline DepuydtKaren VerboomDries RombautSiebe LoontiensJolien De WynWaleed M KholosyBianca KoopmansAnke HW EssingCarl HerrmannDaniel DreidaxKaat DurinckDieter DeforceFilip Van NieuwerburghAnton HenssenRogier VersteegValentina BoevaGudrun SchleiermacherJohan van NesPieter MestdaghSuzanne VanhauwaertJohannes H SchulteFrank WestermannJan J MolenaarKatleen De PreterFranki Speleman

A1 Journal Article in NATURE COMMUNICATIONS

TLX1 controlled long non-coding RNAs in T-cell acute lymphoblastic leukemia

Karen VerboomWouter Van LoockeJo VandesompeleNiels VandammeGeert BerxLiesbet MartensYvan SaeysPieter Van VlierbergheFranki SpelemanKaat Durinck

The TLX1 oncogene modules the enhancer RNA landscape in T-ALL

Karen VerboomWouter Van LoockeJo VandesompeleNiels VandammeGeert BerxYvan SaeysLiesbet MartensPieter Van VlierbergheFranki SpelemanKaat Durinck

2017

The TLX1 oncogene modulates the enhancer RNA landscape in T-ALL

Karen VerboomKaat DurinckMatthias De DeckerWouter Van LoockeFilip MatthijssensJean-Jacques SoulierWouter De LaatTom TaghonPieter Van VlierbergheFranki Speleman

2016

Dissecting the NOTCH1 driven transcriptional landscape in T-cell acute lymphoblastic leukemia at single cell level

Karen VerboomKaat DurinckCeline EveraertRobrecht CannoodtPieter Van VlierbergheJo VandesompeleFranki Speleman

The T-ALL oncogene TLX1 controls enhancer lncRNA expression

Karen VerboomKaat DurinckWouter Van LoockeFilip MatthijssensInge Van de WalleAnnelynn WallaertPieter-Jan VoldersNadine Van RoyYves BenoitBruce PoppePieter RondouPieter MestdaghJo VandesompeleWouter De LaatJean-Jacques SoulierTom TaghonPieter Van VlierbergheFranki Speleman