Instellingen beheren
MENU
Over deze site
In English
Home
Onderzoekers
Projecten
Organisaties
Publicaties
Infrastructuur
Contact
Research Explorer
Uw browser ondersteunt geen JavaScript of JavaScript is niet ingeschakeld. Zonder JavaScript kan sommige functionaliteit van deze webapplicatie uitgeschakeld zijn of foutmeldingen veroorzaken. Raadpleeg om JavaScript in te schakelen de handleiding van uw browser of contacteer uw systeembeheerder.
Onderzoeker
Jo Vandesompele
Profiel
Projecten
Publicaties
Activiteiten
Prijzen & Erkenningen
613
Resultaten
2025
Blood collection tube and RNA purification method recommendations for extracellular RNA transcriptome profiling
Jasper Anckaert
Francisco Avila Cobos
Anneleen Decock
Philippe Decruyenaere
Jill Deleu
Katleen De Preter
Olivier De Wever
Jilke De Wilde
Bert Dhondt
Thibaut D'huyvetter
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2025
Cellular deconstruction of the human skeletal muscle microenvironment identifies an exercise-induced histaminergic crosstalk
Thibaux Van der Stede
Alexia Van de Loock
Guillermo Turiel
Camilla Hansen
Andrea Tamariz-Ellemann
Max Ullrich
Eline Lievens
Jan Spaas
Nurten Yigit
Jasper Anckaert
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CELL METABOLISM
2025
Digital PCR-based gene expression analysis using a highly multiplexed assay with universal detection probes to study induced pluripotent stem cell differentiation into cranial neural crest cells
Gertjan Wils
Lisa Hamerlinck
Wim Trypsteen
Charlotte Van Den Eeckhaut
Jonathan Weiss
Afif Abdel Nour
Sarah Vergult
Jo Vandesompele
Hoofdstuk in een boek
in
Gene expression analysis : methods and protocols
2025
Flexible methods for uncertainty estimation of digital PCR data
Yao Chen
Ward De Spiegelaere
Matthijs Vynck
Wim Trypsteen
David Gleerup
Jo Vandesompele
Olivier Thas
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ISCIENCE
2025
Human skeletal muscle fiber heterogeneity beyond myosin heavy chains
Roger Moreno-Justicia
Thibaux Van der Stede
Ben Stocks
Jenni Laitila
Robert A. Seaborne
Alexia Van de Loock
Eline Lievens
Diana Samodova
Leyre Marín-Arraiza
Oksana Dmytriyeva
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2025
Polytect : an automatic clustering and labeling method for multicolor digital PCR data
Yao Chen
Ward De Spiegelaere
Wim Trypsteen
Jo Vandesompele
Gertjan Wils
David Gleerup
Antoon Lievens
Olivier Thas
Matthijs Vynck
A2
Artikel in een tijdschrift
in
NAR GENOMICS AND BIOINFORMATICS
2025
Sequential orthogonal assays for longitudinal and endpoint characterization of three-dimensional spheroids
Eva Blondeel
Sam Ernst
Felix De Vuyst
Ákos Diósdi
Cláudio Pinheiro
Diogo Estêvão
Pekka Rappu
Robin Boiy
Sandor Dedeyne
Ligia Craciun
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE PROTOCOLS
2025
Sequential orthogonal assays for longitudinal and endpoint characterization of three-dimensional spheroids (Apr, 10.1038/s41596-025-01150-y, 2025)
Eva Blondeel
Sam Ernst
Felix De Vuyst
Ákos Diósdi
Cláudio Pinheiro
Diogo Miguel Monteiro Estêvão
Pekka Rappu
Robin Boiy
Sandor Dedeyne
Ligia Craciun
et al.
Correctie
2025
2024
Advancing extracellular RNA research through method scrutiny, optimization, and mRNA integrity profiling
Jasper Verwilt
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
Proefschrift
2024
Benchmarking digital PCR partition classification methods with empirical and simulated duplex data
Yao Chen
Ward De Spiegelaere
Wim Trypsteen
David Gleerup
Jo Vandesompele
Antoon Lievens
Matthijs Vynck
Olivier Thas
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS
2024
Characterizing the cell-free transcriptome in a humanized diffuse large B-cell lymphoma patient-derived tumor xenograft model for RNA-based liquid biopsy in a preclinical setting
Philippe Decruyenaere
Willem Daneels
Annelien Morlion
Kimberly Verniers
Jasper Anckaert
Jan Tavernier
Fritz Offner
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES
2024
Digital PCR threshold robustness analysis and optimization using dipcensR
Matthijs Vynck
Wim Trypsteen
Olivier Thas
Jo Vandesompele
Ward De Spiegelaere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS
2024
Exploring the Cell-Free Transcriptome As Biomarker Source in IgM Gammopathies: New Insights from the Fondazione Italiana Linfomi "BIO-WM" Trial
Philippe Decruyenaere
Daniela Drandi
Kimberly Verniers
Simone Ragaini
Jasper Anckaert
Veronica Peri
Elisa Genuardi
Federica Cavallo
Luigi Marcheselli
Irene Dogliotti
et al.
U
Conferentie
2024
FUSIONprimerXL : scalable PCR primer design for fusion transcript quantification
Annelien Morlion
Marieke Vromman
Eveline Vanden Eynde
Kimberly Verniers
Jo Vandesompele
Anneleen Decock
C3
Conferentie
2024
HTSplotter : an end-to-end data processing, analysis and visualisation tool for chemical and genetic in vitro perturbation screening
Carolina de Carvalho Nunes
Jasper Anckaert
Fanny De Vloed
Jolien De Wyn
Kaat Durinck
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Vanessa Vermeirssen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2024
Identification and validation of extracellular vesicle reference genes for the normalization of RT‐qPCR data
Cláudio Pinheiro
Niké Guilbert
Lien Lippens
Quentin Roux
Robin Boiy
Suzanne Fischer
Sofie Van Dorpe
Bram De Craene
Geert Berx
Tom Boterberg
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF EXTRACELLULAR VESICLES
2024
Nationwide quality assurance of high-throughput diagnostic molecular testing during the SARS-CoV-2 pandemic : role of the Belgian National Reference Centre
Reile Janssen
Lize Cuypers
Lies Laenen
Els Keyaerts
Kurt Beuselinck
Sunita Janssenswillen
Bram Slechten
Jannes Bode
Elke Wollants
Kristel Van Laethem
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
VIROLOGY JOURNAL
2024
Nucleic acid degradation as barrier to gene delivery : a guide to understand and overcome nuclease activity
Heyang Zhang
Jo Vandesompele
Kevin Braeckmans
Stefaan De Smedt
Katrien Remaut
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CHEMICAL SOCIETY REVIEWS
2024
Subpar reporting of pre-analytical variables in RNA-focused blood plasma studies
Céleste Van Der Schueren
Philippe Decruyenaere
Francisco Avila Cobos
Johanna Bult
Jill Deleu
Lydia Dipalo
Hetty Helsmoortel
Eva Hulstaert
Annelien Morlion
Elena Ramos Varas
et al.
C3
Conferentie
2024
Subpar reporting of pre‐analytical variables in RNA‐focused blood plasma studies
Céleste Van Der Schueren
Philippe Decruyenaere
Francisco Avila Cobos
Johanna Bult
Jill Deleu
Lydia Dipalo
Hetty Helsmoortel
Eva Hulstaert
Annelien Morlion
Elena Ramos Varas
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR ONCOLOGY
2024
Therapy response monitoring in blood plasma from esophageal adenocarcinoma patients using cell-free DNA methylation profiling
Kathleen Schoofs
Maísa Renata Ferro Dos Santos
Jilke De Wilde
Sofie Roelandt
Sofie Van de Velde
Philippe Decruyenaere
Leander Meuris
Olivier Thas
Annouck Philippron
Lieven Depypere
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2024
Transcriptomic signatures of human single skeletal muscle fibers in response to high-intensity interval exercise
Thibaux Van der Stede
Alexia Van de Loock
Eline Lievens
Nurten Yigit
Jasper Anckaert
Ruud Van Thienen
Anneleen Weyns
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Wim Derave
A1
Artikel in een tijdschrift
in
AMERICAN JOURNAL OF PHYSIOLOGY-CELL PHYSIOLOGY
2024
Unveiling cancer signals in liquid biopsy cell-free RNA profiles
Annelien Morlion
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Proefschrift
2024
2023
Artifacts and biases of the reverse transcription reaction in RNA sequencing
Jasper Verwilt
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
RNA
2023
Benchmarking blood collection tubes and processing intervals for extracellular vesicle performance metrics
Bert Dhondt
Cláudio Pinheiro
Edward Geeurickx
Joeri Tulkens
Glenn Vergauwen
Edwin Van Der Pol
Rienk Nieuwland
Anneleen Decock
Ilkka Miinalainen
Pekka Rappu
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF EXTRACELLULAR VESICLES
2023
Blocking abundant RNA transcripts by high-affinity oligonucleotides during transcriptome library preparation
Celine Everaert
Jasper Verwilt
Kimberly Verniers
Niels Vandamme
Alvaro Marcos Rubio
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOLOGICAL PROCEDURES ONLINE
2023
Chasing circles : developing a toolbox for circRNA detection and validation
Marieke Vromman
Jo Vandesompele
Pieter-Jan Volders
Proefschrift
2023
Circular RNA detection pipelines yield divergent sets of circular RNAs
Marieke Vromman
Jo Vandesompele
Redactioneel materiaal
2023
Digital PCR partition classification
Matthijs Vynck
Yao Chen
David Gleerup
Jo Vandesompele
Wim Trypsteen
Antoon Lievens
Olivier Thas
Ward De Spiegelaere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CLINICAL CHEMISTRY
2023
Dramatic impact of blood collection tube and RNA purification method on extracellular RNA transcriptomes
Jasper Anckaert
Francisco Avila Cobos
Anneleen Decock
Philippe Decruyenaere
Jill Deleu
Katleen De Preter
Olivier De Wever
Jilke De Wilde
Bert Dhondt
Thibaut D'huyvetter
et al.
C3
Conferentie
2023
Exploration of neuroblastoma xenograft models for the analysis of tumoral cell-free RNA in murine blood plasma
Jill Deleu
Hanne Van Droogenbroeck
Jasper Anckaert
Jilke De Wilde
Kaat Durinck
Liselot Mus
Justine Nuytens
Muhammad Rishfi
Kathleen Schoofs
Franki Speleman
et al.
C3
Conferentie
2023
Exploration of neuroblastoma xenograft models for tumor extracellular RNA profiling in murine blood plasma
Jill Deleu
Hanne Van Droogenbroeck
Jasper Anckaert
Anneleen Decock
Jilke De Wilde
Kaat Durinck
Liselot Mus
Justine Nuytens
Muhammad Rishfi
Kathleen Schoofs
et al.
A2
Artikel in een tijdschrift
in
EXRNA
2023
Exploring the cell-free total RNA transcriptome in diffuse large B-cell lymphoma and primary mediastinal B-cell lymphoma patients as biomarker source in blood plasma liquid biopsies
Philippe Decruyenaere
Edoardo Giuili
Kimberly Verniers
Jasper Anckaert
Katrien De Grove
Malaïka Van der Linden
Dries Deeren
Jo Van Dorpe
Fritz Offner
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FRONTIERS IN ONCOLOGY
2023
Extracellular RNA in liquid biopsies : entering a new era for cancer treatment monitoring?
Jill Deleu
Bram De Wilde
Tom Van Maerken
Jo Vandesompele
Proefschrift
2023
Large-scale benchmarking of circRNA detection tools reveals large differences in sensitivity but not in precision
Marieke Vromman
Jasper Anckaert
Stefania Bortoluzzi
Alessia Buratin
Chia-Ying Chen
Qinjie Chu
Trees-Juen Chuang
Roozbeh Dehghannasiri
Christoph Dieterich
Xin Dong
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE METHODS
2023
Longitudinal evaluation of serum microRNAs as biomarkers for neuroblastoma burden and therapeutic p53 reactivation
Alan Van Goethem
Jill Deleu
Nurten Yigit
Celine Everaert
Myrthala Moreno-Smith
Sanjeev A Vasudevan
Fjoralba Zeka
Fleur Demuynck
Eveline Barbieri
Franki Speleman
et al.
A2
Artikel in een tijdschrift
in
NAR CANCER
2023
Nucleic acid biomarkers in blood from patients with esophageal adenocarcinoma : finding the needle in the haystack
Kathleen Schoofs
Katleen De Preter
Jo Vandesompele
Piet Pattyn
Proefschrift
2023
Pan-cancer blood plasma cell-free RNA profiles reveal cancer type and patient-specific changes
Annelien Morlion
Philippe Decruyenaere
Kathleen Schoofs
Jasper Anckaert
Justine Nuytens
Eveline Vanden Eynde
Kimberly Verniers
Celine Everaert
Fritz Offner
Jo Van Dorpe
et al.
C3
Conferentie
2023
Patient-specific alterations in blood plasma cfRNA profiles enable accurate classification of cancer patients and controls
Annelien Morlion
Philippe Decruyenaere
Kathleen Schoofs
Jasper Anckaert
Justine Nuytens
Eveline Vanden Eynde
Kimberly Verniers
Celine Everaert
Fritz Offner
Jo Van Dorpe
et al.
Preprint
2023
Performance evaluation of RNA purification kits and blood collection tubes in the Extracellular RNA Quality Control (exRNAQC) study
Anneleen Decock
Olivier De Wever
Celine Everaert
Hetty Helsmoortel
An Hendrix
Pieter Mestdagh
Annelien Morlion
Jo Vandesompele
Ruben Van Paemel
Francisco Avila Cobos
et al.
C3
Conferentie
2023
Performance evaluation of RNA purification kits and blood collection tubes in the Extracellular RNA Quality Control (exRNAQC) study
Anneleen Decock
Olivier De Wever
Celine Everaert
Hetty Helsmoortel
An Hendrix
Pieter Mestdagh
Annelien Morlion
Jo Vandesompele
Ruben Van Paemel
Francisco Avila Cobos
et al.
C3
Conferentie
2023
RNA extraction method impacts quality metrics and sequencing results in diffuse large B-cell lymphoma formalin-fixed paraffin-embedded tissue samples
Philippe Decruyenaere
Kimberly Verniers
Franco Alexander Poma Soto
Jo Van Dorpe
Fritz Offner
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2023
RNA extraction method impacts quality metrics and sequencing results in formalin-fixed, paraffin-embedded tissue samples
Philippe Decruyenaere
Kimberly Verniers
Franco Alexander Poma Soto
Jo Van Dorpe
Fritz Offner
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
LABORATORY INVESTIGATION
2023
Reporting of pre-analytical variables in RNA-focused blood plasma studies : a prerequisite for quality assessment and replication
Céleste Van Der Schueren
Philippe Decruyenaere
Francisco Avila Cobos
Jill Deleu
Hetty Helsmoortel
Eva Hulstaert
Annelien Morlion
Kathleen Schoofs
Eveline Vanden Eynde
Kimberly Verniers
et al.
C3
Conferentie
2023
Whole transcriptome profiling of liquid biopsies from tumour xenografted mouse models enables specific monitoring of tumour-derived extracellular RNA
Vanessa Vermeirssen
Jill Deleu
Annelien Morlion
Celine Everaert
Jilke De Wilde
Jasper Anckaert
Kaat Durinck
Justine Nuytens
Muhammad Rishfi
Franki Speleman
et al.
C3
Conferentie
2023
2022
Blocking unwanted sequences by target specific high-affinity binding oligonucleotides during transcriptome library preparation
Celine Everaert
Jasper Verwilt
Kimberly Verniers
Niels Vandamme
Alvaro Marcos Rubio
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
Preprint
2022
CIRCprimerXL : convenient and high-throughput PCR primer design for circular RNA quantification
Marieke Vromman
Jasper Anckaert
Jo Vandesompele
Pieter-Jan Volders
A2
Artikel in een tijdschrift
in
FRONTIERS IN BIOINFORMATICS
2022
CiLiQuant : quantification of RNA junction reads based on their circular or linear transcript origin
Annelien Morlion
Eva Hulstaert
Marieke Vromman
Jasper Anckaert
Celine Everaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
A2
Artikel in een tijdschrift
in
FRONTIERS IN BIOINFORMATICS
2022
Comprehensive RNA dataset of tissue and plasma from patients with esophageal cancer or precursor lesions
Kathleen Schoofs
Annouck Philippron
Francisco Avila Cobos
Jan Koster
Steve Lefever
Jasper Anckaert
Danny De Looze
Jo Vandesompele
Piet Pattyn
Katleen De Preter
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC DATA
2022
Digital PCR-based evaluation of nucleic acid extraction kit performance for the co-purification of cell-free DNA and RNA
Jill Deleu
Kathleen Schoofs
Anneleen Decock
Kimberly Verniers
Sofie Roelandt
Angie Denolf
Joke Verreth
Bram De Wilde
Tom Van Maerken
Katleen De Preter
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
HUMAN GENOMICS
2022
Evaluation of efficiency and sensitivity of 1D and 2D sample pooling strategies for SARS-CoV-2 RT-qPCR screening purposes
Jasper Verwilt
Jan Hellemans
Tom Sante
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2022
HTSplotter : an end-to-end data processing, analysis and visualisation tool for chemical and genetic in vitro perturbation screening
Carolina de Carvalho Nunes
Jasper Anckaert
Fanny De Vloed
Jolien De Wyn
Kaat Durinck
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Vanessa Vermeirssen
Preprint
2022
Large-scale benchmarking of circular RNA detection tools
Marieke Vromman
Jo Vandesompele
Pieter-Jan Volders
C3
Conferentie
2022
Nucleic acid biomarkers in Waldenstrom Macroglobulinemia and IgM-MGUS : current insights and clinical relevance
Daniela Drandi
Philippe Decruyenaere
Martina Ferrante
Fritz Offner
Jo Vandesompele
Simone Ferrero
A1
Artikel in een tijdschrift
in
DIAGNOSTICS
2022
Performance evaluation of RNA purification kits and blood collection tubes in the Extracellular RNA Quality Control (exRNAQC) study
Jasper Anckaert
Francisco Avila Cobos
Anneleen Decock
Philippe Decruyenaere
Jill Deleu
Katleen De Preter
Olivier De Wever
Jilke De Wilde
Bert Dhondt
Thibaut D'huyvetter
et al.
Preprint
2022
RNA biomarkers from proximal liquid biopsy for diagnosis of ovarian cancer
Eva Hulstaert
Keren Levanon
Annelien Morlion
Stefan Van Aelst
Anthony-Alexander Christidis
Ruben Zamar
Jasper Anckaert
Kimberly Verniers
Keren Bahar-Shany
Stav Sapoznik
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NEOPLASIA
2022
Reliable and scalable SARS-CoV-2 qPCR testing at a high sample throughput : lessons learned from the Belgian initiative
Steven Van Vooren
James Grayson
Marc Van Ranst
Elisabeth Dequeker
Lies Laenen
Reile Janssen
Laurent Gillet
Fabrice Bureau
Wouter Coppieters
Nathalie Devos
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
LIFE-BASEL
2022
The adrenergic-specific long non-coding RNA NESPR controls survival of neuroblastoma cells
Louis Delhaye
Eric de Bony de Lavergne
Dries Rombaut
Lim Fang Qi
Bieke Decaesteker
Lisa Depestel
Amber Louwagie
Eva D'haene
Pieter-Jan Volders
Nurten Yigit
et al.
C3
Conferentie
2022
The dangers of using Cq to quantify nucleic acid in biological samples : a lesson from COVID-19
Daniel Evans
Simon Cowen
Martin Kammel
Denise M O’Sullivan
Graham Stewart
Hans-Peter Grunert
Jacob Moran-Gilad
Jasper Verwilt
Jiwon In
Jo Vandesompele
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CLINICAL CHEMISTRY
2022
The long non-coding RNA SAMMSON is essential for uveal melanoma cell survival
Shanna Dewaele
Louis Delhaye
Boel De Paepe
Eric de Bony de Lavergne
Jilke De Wilde
Katrien Vanderheyden
Jasper Anckaert
Nurten Yigit
Justine Nuytens
Eveline Vanden Eynde
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOGENE
2022
The long non-coding RNA SAMMSON is essential for uveal melanoma cell survival (Sept, 10.1038/s41388-021-02006-x, 2021)
Shanna Dewaele
Louis Delhaye
Boel De Paepe
Eric James de Bony
Jilke De Wilde
Katrien Vanderheyden
Jasper Anckaert
Nurten Yigit
Justine Nuytens
Eveline Vanden Eynde
et al.
Correctie
2022
Transient nuclear lamin A/C accretion aids in recovery from vapor nanobubble-induced permeabilisation of the plasma membrane
Gaëlle Houthaeve
Gerardo García-Díaz Barriga
Stephan Stremersch
Herlinde De Keersmaecker
Juan Fraire
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
Stefaan De Smedt
Kevin Braeckmans
Winnok De Vos
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CELLULAR AND MOLECULAR LIFE SCIENCES
2022
Unraveling the therapeutic potential of SAMMSON lncRNA inhibition in uveal melanoma
Shanna Dewaele
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Proefschrift
2022
When DNA gets in the way in RNA-seq experiments, a sequel
Jasper Verwilt
Maria D. Giraldez
Wim Trypsteen
Ruben Van Paemel
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Preprint
2022
Whole transcriptome profiling of liquid biopsies from tumor xenografted mouse models enables specific monitoring of tumor-derived RNA
Vanessa Vermeirssen
Jill Deleu
Annelien Morlion
Celine Everaert
Kimberly Verniers
Tom Van Maerken
Bram De Wilde
Jo Vandesompele
Anneleen Decock
C3
Conferentie
2022
Whole transcriptome profiling of liquid biopsies from tumor xenografted mouse models enables specific monitoring of tumor-derived RNA
Vanessa Vermeirssen
Jill Deleu
Annelien Morlion
Celine Everaert
Kimberly Verniers
Tom Van Maerken
Bram De Wilde
Jo Vandesompele
Anneleen Decock
C3
Conferentie
2022
Whole transcriptome profiling of liquid biopsies from tumour xenografted mouse models enables specific monitoring of tumour-derived extracellular RNA
Vanessa Vermeirssen
Jill Deleu
Annelien Morlion
Celine Everaert
Jilke De Wilde
Jasper Anckaert
Kaat Durinck
Justine Nuytens
Muhammad Rishfi
Franki Speleman
et al.
A2
Artikel in een tijdschrift
in
NAR CANCER
2022
mRNA capture sequencing and RT-qPCR for the detection of pathognomonic, novel, and secondary fusion transcripts in FFPE tissue : a sarcoma showcase
Anneleen Decock
David Creytens
Steve Lefever
Joni Van der Meulen
Jasper Anckaert
Ariane De Ganck
Jill Deleu
Bram De Wilde
Carolina Fierro
Scott Kuersten
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR SCIENCES
2022
2021
A G316A polymorphism in the ornithine decarboxylase gene promoter modulates MYCN-driven childhood neuroblastoma
Laura D. Gamble
Stefania Purgato
Michelle J. Henderson
Simone Di Giacomo
Amanda J. Russell
Paolo Pigini
Jayne Murray
Emanuele Valli
Giorgio Milazzo
Federico M. Giorgi
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCERS
2021
Candidate RNA biomarkers in biofluids for early diagnosis of ovarian cancer : a systematic review
Eva Hulstaert
Annelien Morlion
Keren Levanon
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GYNECOLOGIC ONCOLOGY
2021
Charting regulatory RNAs in the human transcriptome using RNA-sequencing
Lucia Lorenzi
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Proefschrift
2021
Circulating RNA biomarkers in diffuse large B-cell lymphoma : a systematic review
Philippe Decruyenaere
Fritz Offner
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
EXPERIMENTAL HEMATOLOGY & ONCOLOGY
2021
Circulating bacterial vesicles : from discovery towards clinical application
Joeri Tulkens
An Hendrix
Jo Vandesompele
Proefschrift
2021
Closing the circle : current state and perspectives of circular RNA databases
Marieke Vromman
Jo Vandesompele
Pieter-Jan Volders
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS
2021
Custom long non-coding RNA capture enhances detection sensitivity in different human sample types
Annelien Morlion
Celine Everaert
Justine Nuytens
Eva Hulstaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
RNA BIOLOGY
2021
Evaluating diagnostic accuracy of saliva sampling methods for severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 reveals differential sensitivity and association with viral load
Pieter Mestdagh
Michel Gillard
Sharonjit K. Dhillon
Jean-Paul Pirnay
Jeroen Poels
Jan Hellemans
Veronik Hutse
Celine Vermeiren
Maxime Boutier
Veerle De Wever
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF MOLECULAR DIAGNOSTICS
2021
Exploring RNA signatures in human biofluids as novel liquid biopsy tool
Eva Hulstaert
Pieter Mestdagh
Lieve Brochez
Jo Vandesompele
Proefschrift
2021
Exploring the extracellular transcriptome in seminal plasma for non-invasive prostate cancer diagnosis
Eva Hulstaert
Annelien Morlion
Justine Nuytens
Giovanni Ponti
Monia Maccaferri
Susan Lau
Eleftherios Diamandis
Jarvi Keith
Ioannis Prassas
Nicolaas Lumen
et al.
Preprint
2021
Genome-wide study of the effect of blood collection tubes on the cell-free DNA methylome
Ruben Van Paemel
Andries De Koker
Christa Caggiano
Annelien Morlion
Pieter Mestdagh
Bram De Wilde
Jo Vandesompele
Katleen De Preter
A1
Artikel in een tijdschrift
in
EPIGENETICS
2021
Large-scale benchmarking of circular RNA detection tools
Marieke Vromman
Jo Vandesompele
Pieter-Jan Volders
C3
Conferentie
2021
MISpheroID : a knowledgebase and transparency tool for minimum information in spheroid identity
Arne Peirsman
Eva Blondeel
Tasdiq Ahmed
Jasper Anckaert
Dominique Audenaert
Tom Boterberg
Krisztina Buzas
Neil Carragher
Gastone Castellani
Flávia Castro
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE METHODS
2021
Messenger RNA capture sequencing of extracellular RNA from human biofluids using a comprehensive set of spike-in controls
Eva Hulstaert
Anneleen Decock
Annelien Morlion
Celine Everaert
Kimberly Verniers
Justine Nuytens
Nele Nijs
Gary P. Schroth
Scott Kuersten
Stephen M. Gross
et al.
A2
Artikel in een tijdschrift
in
STAR PROTOCOLS
2021
Minimally invasive classification of pediatric solid tumors using reduced representation bisulfite sequencing of cell-free DNA : a proof-of-principle study
Ruben Van Paemel
Andries De Koker
Charlotte Vandeputte
Lieke van Zogchel
Tim Lammens
Genevieve Laureys
Jo Vandesompele
Gudrun Schleiermacher
Mathieu Chicard
Nadine Van Roy
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
EPIGENETICS
2021
Recurrent chromosomal imbalances provide selective advantage to human embryonic stem cells under enhanced replicative stress conditions
Liselot Mus
Stéphane Van Haver
Mina Popovic
Wim Trypsteen
Steve Lefever
Nadja Zeltner
Yudelca Ogando
Eva Jacobs
Geertrui Denecker
Ellen Sanders
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENES CHROMOSOMES & CANCER
2021
Robust sequential biophysical fractionation of blood plasma to study variations in the biomolecular landscape of systemically circulating extracellular vesicles across clinical conditions
Glenn Vergauwen
Joeri Tulkens
Cláudio Pinheiro
Francisco Avila Cobos
Sandor Dedeyne
Marie-Angélique De Scheerder
Linos Vandekerckhove
Francis Impens
Ilkka Miinalainen
Geert Braems
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF EXTRACELLULAR VESICLES
2021
Selection and validation of reference genes for accurate RT-qPCR gene expression normalization in cacao beans during fermentation
Jocelyn De Wever
Tibo De Coninck
Helena Everaert
Emmanuel Ohene Afoakwa
Frauke Coppieters
Hayley Rottiers
Stephen Yaw Opoku
Samuel Lowor
Koen Dewettinck
Jo Vandesompele
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
TREE GENETICS & GENOMES
2021
Substantial performance differences among RNA purification kits and blood collection tubes in the Extracellular RNA Quality Control (exRNAQC) study
Anneleen Decock
Olivier De Wever
Celine Everaert
Hetty Helsmoortel
An Hendrix
Pieter Mestdagh
Annelien Morlion
Jo Vandesompele
Ruben Van Paemel
Francisco Avila Cobos
et al.
C3
Conferentie
2021
Substantial performance differences among RNA purification kits and blood collection tubes in the Extracellular RNA Quality Control (exRNAQC) study
Anneleen Decock
Olivier De Wever
Celine Everaert
Hetty Helsmoortel
An Hendrix
Pieter Mestdagh
Annelien Morlion
Jo Vandesompele
Ruben Van Paemel
Francisco Avila Cobos
et al.
C3
Conferentie
2021
Targeted therapy of TERT-rearranged neuroblastoma with BET bromodomain inhibitor and proteasome inhibitor combination therapy
Jingwei Chen
Christopher Nelson
Matthew Wong
Andrew E. Tee
Pei Y. Liu
Ting La
Jamie I. Fletcher
Alvin Kamili
Chelsea Mayoh
Christoph Bartenhagen
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CLINICAL CANCER RESEARCH
2021
The MicroRNA landscape of acute beta cell destruction in type 1 diabetic recipients of intraportal islet grafts
Geert Martens
Geert Stangé
Lorenzo Piemonti
Jasper Anckaert
Zhidong Ling
Daniel G. Pipeleers
Frans K. Gorus
Pieter Mestdagh
Dieter De Smet
Jo Vandesompele
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CELLS
2021
The RNA Atlas expands the catalog of human non-coding RNAs
Lucia Lorenzi
Hua-Sheng Chiu
Francisco Avila Cobos
Stephen Gross
Pieter-Jan Volders
Robrecht Cannoodt
Justine Nuytens
Katrien Vanderheyden
Jasper Anckaert
Steve Lefever
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE BIOTECHNOLOGY
2021
The RNA Atlas expands the catalog of human non-coding RNAs (June, 10.1038/s41587-021-00936-1, 2021)
Lucia Lorenzi
Hua-Sheng Chiu
Francisco Avila Cobos
Stephen Gross
Pieter-Jan Volders
Robrecht Cannoodt
Justine Nuytens
Katrien Vanderheyden
Jasper Anckaert
Steve Lefever
et al.
Correctie
2021
Validation of circular RNAs using RT‐qPCR after effective removal of linear RNAs by ribonuclease R
Marieke Vromman
Nurten Yigit
Kimberly Verniers
Steve Lefever
Jo Vandesompele
Pieter-Jan Volders
A2
Artikel in een tijdschrift
in
CURRENT PROTOCOLS
2021
Whole transcriptome profiling of liquid biopsies from tumor xenografted mouse models enables specific monitoring of tumor-derived RNA
Vanessa Vermeirssen
Jill Deleu
Celine Everaert
Annelien Morlion
Kimberly Verniers
Jasper Anckaert
Jo Vandesompele
Tom Van Maerken
Anneleen Decock
Bram De Wilde
C3
Conferentie
2021
Whole transcriptome profiling of liquid biopsies from tumor xenografted mouse models enables specific monitoring of tumor-derived RNA
Vanessa Vermeirssen
Jill Deleu
Annelien Morlion
Celine Everaert
Kimberly Verniers
Tom Van Maerken
Bram De Wilde
Jo Vandesompele
Anneleen Decock
C3
Conferentie
2021
2020
Cautionary note on contamination of reagents used for molecular detection of SARS-CoV-2
J. F. Huggett
V. Benes
S. A. Bustin
J. A. Garson
K. Harris
M. Kammel
M. Kubista
T. D. McHugh
J. Moran-Gilad
T. Nolan
et al.
Redactioneel materiaal
2020
Charting extracellular transcriptomes in the human biofluid RNA atlas
Eva Hulstaert
Annelien Morlion
Francisco Avila Cobos
Kimberly Verniers
Justine Nuytens
Eveline Vanden Eynde
Nurten Yigit
Jasper Anckaert
Anja Geerts
Pieter Hindryckx
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CELL REPORTS
2020
Development of extracellular RNA sequencing technologies and applications for cancer diagnosis and monitoring
Celine Everaert
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Proefschrift
2020
Distinct Notch1 and BCL11B requirements mediate human γδ/αβ T cell development
Anne-Catherine Dolens
Kaat Durinck
Marieke Lavaert
Joni Van der Meulen
Imke Velghe
Jelle De Medts
Karin Weening
Juliette Roels
Katrien De Mulder
Pieter-Jan Volders
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
EMBO REPORTS
2020
Increased levels of systemic LPS-positive bacterial extracellular vesicles in patients with intestinal barrier dysfunction
Joeri Tulkens
Glenn Vergauwen
Jan Van Deun
Edward Geeurickx
Bert Dhondt
Lien Lippens
Marie-Angélique De Scheerder
Ilkka Miinalainen
Pekka Rappu
Bruno De Geest
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GUT
2020
Localization and expression of nuclear factor of activated T-cells 5 in myoblasts exposed to pro-inflammatory cytokines or hyperosmolar stress and in biopsies from myositis patients
Sandrine Herbelet
Elly De Vlieghere
Amanda Gonçalves
Boel De Paepe
Karsten Schmidt
Eline Nys
Laurens Weynants
Joachim Weis
Gert Van Peer
Jo Vandesompele
et al.
Hoofdstuk in een boek
in
Myokines, adipokines, cytokines in muscle pathophysiology
2020
Minimally invasive classification of pediatric solid tumors using reduced representation bisulfite sequencing of cell-free DNA
Ruben Van Paemel
Andries De Koker
Charlotte Vandeputte
Lieke Van Zogchel
Tim Lammens
Genevieve Laureys
Jo Vandesompele
Gudrun Schleiermacher
Matthieu Chicard
Nadine Van Roy
et al.
C3
Conferentie
2020
On the utility of RNA sample pooling to optimize cost and statistical power in RNA sequencing experiments
Alemu Takele Assefa
Jo Vandesompele
Olivier Thas
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC GENOMICS
2020
Performance assessment of total RNA sequencing of human biofluids and extracellular vesicles
Celine Everaert
Hetty Helsmoortel
Anneleen Decock
Eva Hulstaert
Ruben Van Paemel
Kimberly Verniers
Justine Nuytens
Jasper Anckaert
Nele Nijs
Joeri Tulkens
et al.
C3
Conferentie
2020
SPsimSeq : semi-parametric simulation of bulk and single-cell RNA-sequencing data
Alemu Takele Assefa
Jo Vandesompele
Olivier Thas
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2020
Statistical methods for testing differential gene expression in bulk and single-cell RNA sequencing data
Alemu Takele Assefa
Olivier Thas
Jo Vandesompele
Proefschrift
2020
Substantial performance differences among RNA purification kits and blood collection tubes in the Extracellular RNA Quality Control study-important considerations for liquid biopsies
Anneleen Decock
Jasper Anckaert
Celine Everaert
Justine Nuytens
Scott Kuersten
An Hendrix
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
Bert Dhondt
Ruben Van Paemel
et al.
C3
Conferentie
2020
The digital MIQE guidelines update : minimum information for publication of quantitative digital PCR experiments for 2020
Jim F. Huggett
Alexandra S. Whale
Ward De Spiegelaere
Wim Trypsteen
Afif Abdel Nour
Young-Kyung Bae
Vladimir Benes
Daniel Burke
Megan Cleveland
Philippe Corbisier
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CLINICAL CHEMISTRY
2020
Vapor nanobubble is the more reliable photothermal mechanism for inducing endosomal escape of siRNA without disturbing cell homeostasis
Juan Fraire
Gaëlle Houthaeve
Jing Liu
Laurens Raes
Lotte Vermeulen
Stephan Stremersch
Toon Brans
Gerardo Garcia-Diaz Barriga
Sarah De Keulenaer
Filip Van Nieuwerburgh
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF CONTROLLED RELEASE
2020
When DNA gets in the way : a cautionary note for DNA contamination in extracellular RNA-seq studies
Jasper Verwilt
Wim Trypsteen
Ruben Van Paemel
Katleen De Preter
MD Giraldez
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
2020
Whole transcriptome profiling of liquid biopsies from tumor xenografted mouse models enables specific monitoring of tumor-derived RNA
Jill Deleu
Vanessa Vermeirssen
Celine Everaert
Annelien Morlion
Kimberly Verniers
Jasper Anckaert
Jo Vandesompele
Tom Van Maerken
Anneleen Decock
Bram De Wilde
C3
Conferentie
2020
2019
Benchmarking the impact of data transformation, pre-processing and choice of method in the computational deconvolution of transcriptomics data
Francisco Avila Cobos
José Alquicira-Hernandez
Jo Vandesompele
Joseph Powell
Pieter Mestdagh
Katleen De Preter
C3
Conferentie
2019
Cost-effective and robust genotyping using double-mismatch allele-specific quantitative PCR
Steve Lefever
Ali Rihani
Joni Van der Meulen
Filip Pattyn
Tom Van Maerken
Jo Van Dorpe
Jan Hellemans
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2019
Deciphering complete cancer transcriptomes from bulk to single cell level
Karen Verboom
Franki Speleman
Jo Vandesompele
Kaat Durinck
Proefschrift
2019
Discovery and validation of a serum microRNA signature to characterize oligo- and polymetastatic prostate cancer : not ready for prime time
Bert Dhondt
Elise De Bleser
Tom Claeys
Sarah Buelens
Nicolaas Lumen
Jo Vandesompele
Anneleen Beckers
Valerie Fonteyne
Kim Van der Eecken
Aurélie De Bruycker
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
WORLD JOURNAL OF UROLOGY
2019
Dramatic differences in RNA purification kit performance in the extracellular RNA quality control study : important considerations for liquid biopsies
Annelien Morlion
Jasper Anckaert
Francisco Avila Cobos
Anneleen Decock
Olivier De Wever
Bert Dhondt
Celine Everaert
Carolina Fierro
Hetty Helsmoortel
An Hendrix
et al.
C3
Conferentie
2019
Dramatic differences in RNA purification kit performance in the extracellular RNA quality control study : important considerations for liquid biopsies
Annelien Morlion
Jasper Anckaert
Francisco Avila Cobos
Anneleen Decock
Olivier De Wever
Bert Dhondt
Celine Everaert
Carolina Fierro
Hetty Helsmoortel
An Hendrix
et al.
C3
Conferentie
2019
Effect of methylprednisolone on NFAT5 in Duchenne muscular dystrophy fibroblasts
Sandrine Herbelet
Amanda Gonçalves
Jo Vandesompele
Jan De Bleecker
C3
Conferentie
2019
Evaluating the applicability of mouse SINEs as an alternative normalization approach for RT-qPCR in brain tissue of the APP23 model for Alzheimer’s disease
Jana Janssens
René Crans
Kathleen Van Craenenbroeck
Jo Vandesompele
Christophe Stove
Debby Van Dam
Peter P. De Deyn
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF NEUROSCIENCE METHODS
2019
Evaluating the impact of RNA purification kit and blood collection tube in the extracellular RNA quality control study : important considerations for liquid biopsies
Annelien Morlion
Jasper Anckaert
Francisco Avila Cobos
Anneleen Decock
Jill Deleu
Olivier De Wever
Bert Dhondt
Celine Everaert
Carolina Fierro
Hetty Helsmoortel
et al.
C3
Conferentie
2019
Integrative analysis identifies lincRNAs up- and downstream of neuroblastoma driver genes
Dries Rombaut
Hua-Sheng Chiu
Bieke Decaesteker
Celine Everaert
Nurten Yigit
Agathe Pelthier
Isabelle Janoueix
Christophe Bartenhagen
Matthias Fischer
Stephen Roberts
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2019
LNCipedia 5 : towards a reference set of human long non-coding RNAs
Pieter-Jan Volders
Jasper Anckaert
Kenneth Verheggen
Justine Nuytens
Lennart Martens
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2019
Lack of adequate reporting of pre-analytical variables in RNA based liquid biopsies studies hampers quality assessment and replication
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Céleste Van Der Schueren
Anneleen Decock
Hetty Helsmoortel
Eva Hulstaert
C3
Conferentie
2019
Long noncoding RNA expression profiling in cancer : challenges and opportunities
Lucia Lorenzi
Francisco Avila Cobos
Anneleen Decock
Celine Everaert
Hetty Helsmoortel
Steve Lefever
Karen Verboom
Pieter-Jan Volders
Franki Speleman
Jo Vandesompele
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENES CHROMOSOMES & CANCER
2019
Minimally invasive classification of pediatric solid tumors using reduced representation bisulfite sequencing of cell-free DNA : a proof-of-principle study
Ruben Van Paemel
Andries De Koker
Charlotte Vandeputte
Lieke van Zogchel
Tim Lammens
Genevieve Laureys
Jo Vandesompele
Gudrun Schleiermacher
Mathieu Chicard
Nadine Van Roy
et al.
Preprint
2019
Non-invasive classification of pediatric tumor types using reduced representation bisulfite sequencing of cell-free DNA : a proof-of-principle study
Ruben Van Paemel
A. De Koker
Charlotte Vandeputte
L. M. J. van Zogchel
M. Chicard
Tim Lammens
Jo Vandesompele
Nadine Van Roy
G. Schleiermacher
G. A. M. Tytgat
et al.
C3
Conferentie
2019
PCR based target enrichment for variant confirmation, gene panels and multiplex PCR sample tracking in a whole exome sequencing workflow
Frauke Coppieters
Thalia Van Laethem
Matthias De Smet
Paul Coucke
Elfride De Baere
Kathleen Claes
Björn Menten
Jo Vandesompele
Steve Lefever
C3
Conferentie
2019
Performance assessment of total RNA sequencing of human biofluids and extracellular vesicles
Celine Everaert
Hetty Helsmoortel
Anneleen Decock
Eva Hulstaert
Ruben Van Paemel
Kimberly Verniers
Justine Nuytens
Jasper Anckaert
Nele Nijs
Joeri Tulkens
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2019
Purification of high-quality RNA from a small number of fluorescence activated cell sorted zebrafish cells for RNA sequencing purposes
Siebe Loontiens
Lisa Depestel
Suzanne Vanhauwaert
Givani Dewyn
Charlotte Gistelinck
Karen Verboom
Wouter Van Loocke
Filip Matthijssens
Andy Willaert
Jo Vandesompele
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC GENOMICS
2019
RNA-based liquid biopsies for better clinical management of Barrett’s esophagus and esophageal adenocarcinoma
Kathleen Schoofs
Annouck Philippron
Philippe Nafteux
Lieven Depypere
Piet Pattyn
Jo Vandesompele
Katleen De Preter
C3
Conferentie
2019
RNAcentral : a hub of information for non-coding RNA sequences
Blake A Sweeney
Anton I Petrov
Boris Burkov
Robert D Finn
Alex Bateman
Maciej Szymanski
Wojciech M Karlowski
Jan Gorodkin
Stefan E Seemann
Jamie J Cannone
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2019
SMARTer single cell total RNA sequencing
Karen Verboom
Celine Everaert
Nathalie Bolduc
Kenneth Livak
Nurten Yigit
Dries Rombaut
Jasper Anckaert
Morten Venø
Jørgen Kjems
Franki Speleman
et al.
C3
Conferentie
2019
SMARTer single cell total RNA-sequencing
Karen Verboom
Celine Everaert
Nathalie Bolduc
Kenneth Livak
Nurten Yigit
Dries Rombaut
Jasper Anckaert
Simon Lee
Morten Venø
Jørgen Kjems
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2019
Searching for liquid RNA biomarkers for esophageal adenocarcinoma
Kathleen Schoofs
Annouck Philippron
Philippe Nafteux
Lieven Depypere
Piet Pattyn
Jo Vandesompele
Katleen De Preter
C3
Conferentie
2019
The RNA Atlas, a single nucleotide resolution map of the human transcriptome
Lucia Lorenzi
Hua-Sheng Chiu
Francisco Avila Cobos
Stephen Gross
Pieter-Jan Volders
Robrecht Cannoodt
Justine Nuytens
Katrien Vanderheyden
Jasper Anckaert
Steve Lefever
et al.
Preprint
2019
The generation and use of recombinant extracellular vesicles as biological reference material
Edward Geeurickx
Joeri Tulkens
Bert Dhondt
Jan Van Deun
Lien Lippens
Glenn Vergauwen
Elisa Heyrman
Delphine De Sutter
Kris Gevaert
Francis Impens
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2019
The human biofluid RNA atlas : expanding the liquid biopsy field beyond the blood stream
Eva Hulstaert
Kimberly Verniers
Justine Nuytens
Eveline Vanden Eynde
Nurten Yigit
Jasper Anckaert
Anja Geerts
Peggy Jacques
Guy Brusselle
THIERRY DERVEAUX
et al.
C3
Conferentie
2019
The long noncoding RNA lncNB1 promotes tumorigenesis by interacting with ribosomal protein RPL35
Pei Y Liu
Andrew E Tee
Giorgio Milazzo
Katherine M Hannan
Jesper Maag
Sujanna Mondal
Bernard Atmadibrata
Nenad Bartonicek
Hui Peng
Nicholas Ho
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2019
The proliferation of Duchenne muscular dystrophy fibroblasts cultured under inflammatory conditions is reduced by methylprednisolone through modulation of NFAT5 localization in the cell
Sandrine Herbelet
Amanda Gonçalves
Jo Vandesompele
Jan De Bleecker
C3
Conferentie
2019
Therapeutic applications of SAMMSON lncRNA inhibition in uveal melanoma
Shanna Dewaele
Katrien Vanderheyden
Boel De Paepe
Louis Delhaye
Fariba Nemati
Didier Decaudin
Sven Eyckerman
Rudy Van Coster
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2019
Therapeutic applications of SAMMSON lncRNA inhibition in uveal melanoma
Shanna Dewaele
Katrien Vanderheyden
Boel De Paepe
Louis Delhaye
Fariba Nemati
Didier Decaudin
Sven Eyckerman
Rudy Van Coster
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2019
Therapeutic applications of SAMMSON lncRNA inhibition in uveal melanoma
Shanna Dewaele
Katrien Vanderheyden
Boel De Paepe
Louis Delhaye
Fariba Nemati
Didier Decaudin
Sven Eyckerman
Rudy Van Coster
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2019
Variant calling and fusion gene detection in formalin-fixed paraffin-embedded tumor tissue using RNA capture sequencing
Anneleen Decock
David Creytens
Joni Van der Meulen
Sandra Steyaert
Carolina Fierro
Manuel Luypaert
Steve Lefever
Eveline Vanden Eynde
Katrien Vanderheyden
Kimberly Verniers
et al.
C3
Conferentie
2019
Whole transcriptome profiling of liquid biopsies from patient-derived xenograft (PDX) models
Vanessa Vermeirssen
Anneleen Decock
Kimberly Verniers
Celine Everaert
Annelien Morlion
Jill Deleu
Tom Van Maerken
Bram De Wilde
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2019
2018
A comprehensive inventory of TLX1 controlled long non-coding RNAs in T-cell acute lymphoblastic leukemia through polyA+ and total RNA sequencing
Karen Verboom
Wouter Van Loocke
Pieter-Jan Volders
Bieke Decaesteker
Francisco Avila Cobos
Simon Bornschein
Charles E de Bock
Zeynep Kalender Atak
Emmanuelle Clappier
Stein Aerts
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
HAEMATOLOGICA
2018
A high-throughput 3’ UTR reporter screening identifies microRNA interactomes of cancer genes
Gert Van Peer
Evelien Mets
Shana Claeys
Ines De Punt
Steve Lefever
Maté Ongenaert
Pieter Rondou
Franki Speleman
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2018
A mechanistic classification of clinical phenotypes in neuroblastoma
S Ackermann
M Cartolano
B Hero
A Roderwieser
C Bartenhagen
C Rosswog
F Hertwig
T Simon
A Eggert
Franki Speleman
et al.
C3
Conferentie
2018
A mechanistic classification of clinical phenotypes in neuroblastoma
S Ackermann
M Cartolano
B Hero
A Roderwieser
C Bartenhagen
C Rosswog
F Hertwig
T Simon
A Eggert
Franki Speleman
et al.
C3
Conferentie
2018
A mechanistic classification of clinical phenotypes in neuroblastoma.
Sandra Ackermann
Maria Cartolano
Barbara Hero
Anne Welte
Yvonne Kahlert
Andrea Roderwieser
Christoph Bartenhagen
Esther Walter
Judith Gecht
Laura Kerschke
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENCE
2018
Assessing the biological signal of different RNA fractions for computational deconvolution of healthy tissues
Francisco Avila Cobos
Lucia Lorenzi
Jo Vandesompele
Gary Schroth
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2018
Assessment of risk refinement strategies for improved clinical outcome of neuroblastoma patients
Fjoralba Zeka
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
Proefschrift
2018
Circulating microRNA biomarkers for metastatic disease in neuroblastoma patients
Fjoralba Zeka
Anneleen Decock
Alan Van Goethem
Katrien Vanderheyden
Fleur Demuynck
Tim Lammens
Hetty Helsmoortel
Joëlle Vermeulen
Rosa Noguera
Ana P. Berbegall
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JCI INSIGHT
2018
Circulating microRNA biomarkers for metastatic neuroblastoma
Fjoralba Zeka
Alan Van Goethem
Tim Lammens
Anneleen Decock
Hetty Helsmoortel
Genevieve Laureys
Michael Hogarty
Eveline Barbieri
Jason Shohet
Frank Berthold
et al.
C3
Conferentie
2018
Comparative analysis of naive, primed and ground state pluripotency in mouse embryonic stem cells originating from the same genetic background
Sabitri Ghimire
Margot Van der Jeught
Jitesh Neupane
Matthias S Roost
Jasper Anckaert
Mina Popovic
Filip Van Nieuwerburgh
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Dieter Deforce
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2018
Computational deconvolution of transcriptomics data from mixed cell populations
Francisco Avila Cobos
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
Katleen De Preter
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2018
Cross-cohort analysis identifies a TEAD4-MYCN positive-feedback loop as the core regulatory element of high-risk neuroblastoma
Presha Rajbhandari
Gonzalo Lopez
Claudia Capdevila
Beatrice Salvatori
Jiyang Yu
Ruth Rodriguez-Barrueco
Daniel Martinez
Mark Yarmarkovich
Nina Weichert-Leahey
Brian J Abraham
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCER DISCOVERY
2018
Data analysis methods for digital PCR quantification
Matthijs Vynck
Olivier Thas
Jo Vandesompele
Proefschrift
2018
Detecting long non-coding RNA biomarkers in prostate cancer liquid biopsies : hype or hope?
Hetty Helsmoortel
Celine Everaert
Nicolaas Lumen
Piet Ost
Jo Vandesompele
A2
Artikel in een tijdschrift
in
NON-CODING RNA RESEARCH
2018
Differential gene expression analysis of RNA-sequencing data : evaluation of DGE tools for long non-coding RNA-sequencing data
Alemu Takele Assefa
Jo Vandesompele
Olivier Thas
C3
Conferentie
2018
Differential gene expression analysis tools exhibit substandard performance for long non-coding RNA-sequencing data
Alemu Takele Assefa
Katrijn De Paepe
Celine Everaert
Pieter Mestdagh
Olivier Thas
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME BIOLOGY
2018
Expressed repetitive elements are broadly applicable reference targets for normalization of reverse transcription-qPCR data in mice
Marjolijn Renard
Suzanne Vanhauwaert
Marine Vanhomwegen
Ali Rihani
Niels Vandamme
Steven Goossens
Geert Berx
Pieter Van Vlierberghe
Jody J Haigh
Bieke Decaesteker
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2018
Fusion gene detection and variant calling in formalin-fixed paraffin-embedded tumor tissue using mRNA capture sequencing
Anneleen Decock
David Creytens
Joni Van der Meulen
Sandra Steyaert
Kimberly Verniers
Katrien Vanderheyden
Manuel Luypaert
Thibaut D’huyvetter
Isabelle Rottiers
Jo Van Dorpe
et al.
C3
Conferentie
2018
In silico discovery of a FOXM1 driven embryonal signaling pathway in therapy resistant neuroblastoma tumors
Suzanne Vanhauwaert
Bieke Decaesteker
Sara De Brouwer
Carina Leonelli
Kaat Durinck
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Karen Sermon
Geertrui Denecker
Christophe Van Neste
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2018
Isolation of high-quality RNA from fluorescent activated cell sorted (FACS) zebrafish cells for RNA sequencing purposes
Siebe Loontiens
Suzanne Vanhauwaert
Lisa Depestel
Givani Dewyn
Charlotte Gistelinck
Karen Verboom
Els Janssens
Filip Matthijssens
Andy Willaert
Jo Vandesompele
et al.
C3
Conferentie
2018
Localization and expression of nuclear factor of activated T-cells 5 in myoblasts exposed to pro-inflammatory cytokines or hyperosmolar stress and in biopsies from myositis patients
Sandrine Herbelet
Elly De Vlieghere
Amanda Gonçalves
Boel De Paepe
Karsten Schmidt
Eline Nys
Laurens Weynants
Joachim Weis
Gert Van Peer
Jo Vandesompele
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FRONTIERS IN PHYSIOLOGY
2018
Longitudinal evaluation of murine serum microRNAs as biomarkers for neuroblastoma burden and therapeutic TP53 reactivation
Alan Van Goethem
Nurten Yigit
Celine Everaert
Myrthala Moreno-Smith
Sanjeev A Vasudevan
Fjoralba Zeka
Fleur Demunck
Eveline Barbieri
Franki Speleman
Pieter Mestdagh
et al.
C3
Conferentie
2018
Non-invasive differential diagnosis of neuroblastoma with other paediatric solid tumors using methylation profiling of circulating cell-free DNA
Ruben Van Paemel
Anneleen Decock
Charlotte Vandeputte
Tim Lammens
Genevieve Laureys
Franki Speleman
Wim Van Criekinge
Nadine Van Roy
Jo Vandesompele
Katleen De Preter
et al.
C3
Conferentie
2018
Non-invasive differential diagnosis of neuroblastoma with other paediatric solid tumors using methylation profiling of circulating cell-free DNA
Ruben Van Paemel
Anneleen Decock
Charlotte Vandeputte
Tim Lammens
Genevieve Laureys
Franki Speleman
Wim Van Criekinge
Nadine Van Roy
Jo Vandesompele
Katleen De Preter
et al.
C3
Conferentie
2018
Non-invasive differential diagnosis of neuroblastoma with other paediatric solid tumors using methylation profiling of circulating cell-free DNA
Ruben Van Paemel
Anneleen Decock
Charlotte Vandeputte
Tim Lammens
Genevieve Laureys
Franki Speleman
Wim Van Criekinge
Nadine Van Roy
Jo Vandesompele
Katleen De Preter
et al.
C3
Conferentie
2018
On determining the power of digital PCR experiments
Matthijs Vynck
Jo Vandesompele
Olivier Thas
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ANALYTICAL AND BIOANALYTICAL CHEMISTRY
2018
Pharmacological restoration of tumour suppressor protein p53 in neuroblastoma : seeking synergy and non-invasive biomarkers
Alan Van Goethem
Jo Vandesompele
Tom Van Maerken
A2
Artikel in een tijdschrift
in
BELGIAN JOURNAL OF MEDICAL ONCOLOGY
2018
Prognostic and therapeutic implications of circulating androgen receptor gene copy number in prostate cancer patients using droplet digital polymerase chain reaction
Sarah Buelens
Tom Claeys
Bert Dhondt
Filip Poelaert
Matthijs Vynck
Nurten Yigit
Olivier Thas
Piet Ost
Jo Vandesompele
Nicolaas Lumen
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CLINICAL GENITOURINARY CANCER
2018
Recombinant extracellular vesicles : biological reference material to standardize extracellular vesicle research
Edward Geeurickx
Elisa Heyrman
Jan Van Deun
Lien Lippens
Joeri Tulkens
Bert Dhondt
Glenn Vergauwen
Kris Gevaert
Francis Impens
Ilkka Miinalainen
et al.
C3
Conferentie
2018
Recombinant extracellular vesicles : biological reference material to standardize extracellular vesicle research
Edward Geeurickx
Elisa Heyrman
Jan Van Deun
Lien Lippens
Joeri Tulkens
Bert Dhondt
Glenn Vergauwen
Kris Gevaert
Francis Impens
Ilkka Miinalainen
et al.
C3
Conferentie
2018
TLX1 controlled long non-coding RNAs in T-cell acute lymphoblastic leukemia
Karen Verboom
Wouter Van Loocke
Jo Vandesompele
Niels Vandamme
Geert Berx
Liesbet Martens
Yvan Saeys
Pieter Van Vlierberghe
Franki Speleman
Kaat Durinck
C3
Conferentie
2018
Targeted genomic screen reveals focal long non-coding RNA copy number alterations in cancer cell lines
Pieter-Jan Volders
Steve Lefever
Shalina Baute
Justine Nuytens
Katrien Vanderheyden
Björn Menten
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
A2
Artikel in een tijdschrift
in
NON-CODING RNA
2018
The TLX1 oncogene modules the enhancer RNA landscape in T-ALL
Karen Verboom
Wouter Van Loocke
Jo Vandesompele
Niels Vandamme
Geert Berx
Yvan Saeys
Liesbet Martens
Pieter Van Vlierberghe
Franki Speleman
Kaat Durinck
C3
Conferentie
2018
The cancer-associated microprotein CASIMO1 controls cell proliferation and interacts with squalene epoxidase modulating lipid droplet formation
Maria Polycarpou-Schwarz
Matthias Groß
Pieter Mestdagh
Johanna Schott
Stefanie E Grund
Catherina Hildenbrand
Joachim Rom
Sebastian Aulmann
Hans-Peter Sinn
Jo Vandesompele
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOGENE
2018
The extracellular RNA quality control (exRNAQC) study : controlling pre-analytical variables of RNA sequencing in blood-based precision medicine
Francisco Avila Cobos
Anneleen Decock
Katleen De Preter
Bert Dhondt
Olivier De Wever
Bram De Wilde
Celine Everaert
Carolina Fierro
Hetty Helsmoortel
An Hendrix
et al.
C3
Conferentie
2018
The extracellular RNA quality control (exRNAQC) study : controlling pre-analytical variables of RNA sequencing in blood-based precision medicine
Francisco Avila Cobos
Anneleen Decock
Katleen De Preter
Olivier De Wever
Bram De Wilde
Bert Dhondt
Celine Everaert
Carolina Fierro
Hetty Helsmoortel
An Hendrix
et al.
C3
Conferentie
2018
The mutational landscape of MYCN, Lin28b and ALKF1174L driven murine neuroblastoma mimics human disease
Bram De Wilde
Anneleen Beckers
Sven Lindner
Kristina Althoff
Katleen De Preter
Pauline Depuydt
Pieter Mestdagh
Tom Sante
Steve Lefever
Falk Hertwig
et al.
A2
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOTARGET
2018
The neuroblastoma-specific lncRNA NESPR activates PHOX2B expression and is essential for neuroblastoma cell survival
Dries Rombaut
Tiago França Brazao
Louis Delhaye
Eva D'haene
Giorgio Milazzo
Roberto Ciaccio
Nurten Yigit
Celine Everaert
Matthias Fischer
Thorsten Simon
et al.
C3
Conferentie
2018
The ornithine decarboxylase G316A promoter polymorphism impacts neuroblastoma clinical outcome and may identify patients particularly susceptible to polyamine inhibition
Laura Gamble
Stefania Purgato
Simone Di Giacomo
Amanda Russell
Paolo Pigini
Emanuele Valli
Lesley Ashton
Tom Van Maerken
Jo Vandesompele
Rogier Versteeg
et al.
C3
Conferentie
2018
The potential of methylome sequencing in the diagnostic work : up of pediatric solid tumors
Ruben Van Paemel
Charlotte Vandeputte
Bram De Wilde
Katleen De Preter
Nadine Van Roy
Jo Vandesompele
Tim Lammens
Wim Van Criekinge
P. Ultz
Nico Callewaert
et al.
C3
Conferentie
2018
Therapeutic applications of SAMMSON lncRNA inhibition in uveal melanoma
Shanna Dewaele
Katrien Vanderheyden
Boel De Paepe
Fariba Nemati
Sergio Roman Roman
Rudy Van Coster
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2018
Therapeutic applications of SAMMSON lncRNA inhibition in uveal melanoma
Shanna Dewaele
Katrien Vanderheyden
Boel De Paepe
Fariba Nemati
Sergio Roman Roman
Rudy Van Coster
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2018
Zipper plot : visualizing transcriptional activity of genomic regions
Francisco Avila Cobos
Jasper Anckaert
Pieter-Jan Volders
Celine Everaert
Dries Rombaut
Jo Vandesompele
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2018
2017
A unified censored normal regression model for qPCR differential gene expression analysis
Peter Pipelers
Lieven Clement
Matthijs Vynck
Jan Hellemans
Jo Vandesompele
Olivier Thas
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2017
Androgen receptor gene copy number detection using droplet digital PCR and its therapeutic consequences in prostate cancer patients
Sarah Buelens
Tom Claeys
Candy Kumps
Bert Dhondt
Filip Poelaert
Nurten Yigit
Matthijs Vynck
Olivier Thas
Piet Ost
Jo Vandesompele
et al.
C3
Conferentie
2017
Differential expression of lncRNAs during the HIV replication cycle: an underestimated layer in the HIV-host interplay (vol 6, 36111, 2016)
Wim Trypsteen
Pejman Mohammadi
Clarissa Van Hecke
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Yvan Saeys
Pieter De Bleser
Jo Vandesompele
Angela Ciuffi
Linos Vandekerckhove
et al.
Correctie
2017
Direct comparison of distinct naive pluripotent states in human embryonic stem cells
Sharat Warrier
Margot Van der Jeught
Galbha Duggal
Laurentijn Tilleman
Ella Sutherland
Jasin Taelman
Mina Popovic
Sylvie Lierman
Susana Marina Chuva de Sousa Lopes
Ann Van Soom
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2017
Direct detection of circulating microRNAs unveiled the absence of microRNA-218-5p in smoker subjects : reply
Griet Conickx
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Guy Brusselle
Ken Bracke
A1
Artikel in een tijdschrift
in
AMERICAN JOURNAL OF RESPIRATORY AND CRITICAL CARE MEDICINE
2017
Dual targeting of MDM2 and BCL2 as a therapeutic strategy in neuroblastoma
Alan Van Goethem
Nurten Yigit
Myrthala Moreno-Smith
Sanjeev A Vasudevan
Eveline Barbieri
Franki Speleman
Jason Shohet
Jo Vandesompele
Tom Van Maerken
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOTARGET
2017
EV-TRACK : transparent reporting and centralizing knowledge in extracellular vesicle research
Jan Van Deun
Pieter Mestdagh
Patrizia Agostinis
Özden Akay
Sushma Anand
Jasper Anckaert
Zoraida Andreu Martinez
Tine Baetens
Els Beghein
Laurence Bertier
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE METHODS
2017
Evaluation of relative quantification of alternatively spliced transcripts using droplet digital PCR
Mattias Van Heetvelde
Wouter Van Loocke
Wim Trypsteen
Annelot Baert
Katrien Vanderheyden
Brecht Crombez
Jo Vandesompele
Kim De Leeneer
Kathleen Claes
A2
Artikel in een tijdschrift
in
BIOMOLECULAR DETECTION AND QUANTIFICATION
2017
High-throughput PCR assay design for targeted resequencing using primerXL
Steve Lefever
Filip Pattyn
Bram De Wilde
Frauke Coppieters
Sarah De Keulenaer
Jan Hellemans
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC BIOINFORMATICS
2017
Influence of microRNAs and long non-coding RNAs in cancer chemoresistance
Duncan Ayers
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENES
2017
Long non-coding RNAs in cutaneous melanoma : clinical perspectives
Eva Hulstaert
Lieve Brochez
Pieter-Jan Volders
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOTARGET
2017
MicroRNA expression analysis using small RNA sequencing discovery and RT-qPCR-based validation
Alan Van Goethem
Pieter Mestdagh
Tom Van Maerken
Jo Vandesompele
Hoofdstuk in een boek
in
Functional genomics : methods and protocols
2017
MicroRNA profiling reveals a role for microRNA-218-5p in the pathogenesis of chronic obstructive pulmonary disease
Griet Conickx
Pieter Mestdagh
Francisco Avila Cobos
Fien Verhamme
Tania Maes
Bart M Vanaudenaerde
Leen Seys
Lies Lahousse
Richard Y Kim
Alan C Hsu
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
AMERICAN JOURNAL OF RESPIRATORY AND CRITICAL CARE MEDICINE
2017
MicroRNA-184 is a downstream effector of albuminuria driving renal fibrosis in rats with diabetic nephropathy
Cristina Zanchi
Daniela Macconi
Piera Trionfini
Susanna Tomasoni
Daniela Rottoli
Monica Locatelli
Michael Rudnicki
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
Giuseppe Remuzzi
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
DIABETOLOGIA
2017
Model-based classification for digital PCR : your Umbrella for rain
Bart Jacobs
Els Goetghebeur
Jo Vandesompele
Ariane De Ganck
Nele Nijs
Anneleen Beckers
Nina Papazova
Nancy H Roosens
Lieven Clement
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ANALYTICAL CHEMISTRY
2017
Noncoding after all : biases in proteomics data do not explain observed absence of lncRNA translation products
Kenneth Verheggen
Pieter-Jan Volders
Pieter Mestdagh
Gerben Menschaert
Petra Van Damme
Kris Gevaert
Lennart Martens
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2017
Nonparametric simulation to evaluate the performance of statistical methods for differential gene expression analysis of long non-coding RNA-seq data in cancer studies
Alemu Takele Assefa
Olivier Thas
Jo Vandesompele
Katrijn De Paepe
C3
Conferentie
2017
PAN-cancer identification of ncRNAs with a high therapeutic and diagnostic potential
Celine Everaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2017
Pancreatic cancer : hope to improve prognosis through thorough analysis of DNA and RNA biomarkers for detection and therapy monitoring in liquid biopsies
Greet Wieme
Frederik Berrevoet
Aude Vanlander
Marc De Man
Karen Geboes
Jo Van Dorpe
Anne Hoorens
Malaïka Van der Linden
Jurgen van Limmen
ANN DE BRUYNE
et al.
C3
Conferentie
2017
Quality control of digital PCR assays and platforms
Matthijs Vynck
Jo Vandesompele
Olivier Thas
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ANALYTICAL AND BIOANALYTICAL CHEMISTRY
2017
Restoration of p53 in neuroblastoma : seeking synergy and non-invasive biomakers
Alan Van Goethem
Tom Van Maerken
Jo Vandesompele
Proefschrift
2017
Second hit landscape in BRCA-associated breast cancer
Mattias Van Heetvelde
Mieke Van Bockstal
Trees Lepez
Steve Lefever
Leen Pieters
Kathleen Lambein
Marleen Praet
Ivo Van Den Berghe
Frauke Coppieters
Nadine Van Roy
et al.
C3
Conferentie
2017
Secretome analysis of breast cancer-associated adipose tissue to identify paracrine regulators of breast cancer growth
Lore Lapeire
An Hendrix
Evelyne Lecoutere
Mieke Van Bockstal
Jo Vandesompele
Dawn Maynard
Geert Braems
Rudy Van den Broecke
Cathérine Müller
Marc Bracke
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOTARGET
2017
Stage 4S neuroblastoma tumors show a characteristic DNA methylation portrait
Anneleen Decock
Maté Ongenaert
Bram De Wilde
Bénédicte Brichard
Rosa Noguera
Franki Speleman
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2017
The extracellular RNA quality control (exRNAQC) study : testing and controlling pre-analytical variables of RNA sequencing on liquid biopsies
Anneleen Decock
Olivier De Wever
Bert Dhondt
Thibaut D'huyvetter
Hetty Helsmoortel
An Hendrix
Annouck Philippron
Kimberly Verniers
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2017
The occurrence and therapeutic consequences of androgen receptor copy number gain in prostate cancer patients using Droplet Digital PCR
Sarah Buelens
Tom Claeys
Candy Kumps
Bert Dhondt
Filip Poelaert
Y Nurten
Matthijs Vynck
Olivier Thas
Piet Ost
Jo Vandesompele
et al.
C3
Conferentie
2017
The transcriptome of lung tumor-infiltrating dendritic cells reveals a tumor-supporting phenotype and a microRNA signature with negative impact on clinical outcome
Lotte Pyfferoen
Elisabeth Brabants
Celine Everaert
Nancy De Cabooter
Kelly Heyns
Kim Deswarte
Manon Vanheerswynghels
Sofie De Prijck
Glenn Waegemans
Melissa Dullaers
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOIMMUNOLOGY
2017
Therapeutic applications of SAMMSON lncRNA inhibition in uveal melanoma
Shanna Dewaele
Katrien Vanderheyden
Boel De Paepe
Fariba Nemati
Sergio Roman Roman
Rudy Van Coster
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2017
Therapeutic applications of SAMMSON lncRNA inhibition in uveal melanoma
Shanna Dewaele
Katrien Vanderheyden
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2017
Thermodynamic framework to assess low abundance DNA mutation detection by hybridization
Hanny Willems
An Jacobs
Wahyu Wijaya Hadiwikarta
Tom Venken
Dirk Valkenborg
Nadine Van Roy
Jo Vandesompele
Jef Hooyberghs
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2017
Zipper plot : visualizing transcriptional activity of genomic regions
Francisco Avila Cobos
Jasper Anckaert
Pieter-Jan Volders
Celine Everaert
Dries Rombaut
Jo Vandesompele
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC BIOINFORMATICS
2017
decodeRNA-predicting non-coding RNA functions using guilt-by-association
Steve Lefever
Jasper Anckaert
Pieter-Jan Volders
Manuel Luypaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION
2017
lncRNA discovery in the HIV replication cycle adds new layer in HIV-host interplay
Wim Trypsteen
Mohammadi Pejman
Clarissa Van Hecke
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Pieter De Bleser
Jo Vandesompele
Angela Ciuffi
Ward De Spiegelaere
Linos Vandekerckhove
C3
Conferentie
2017
mRNA capture sequencing enabled liquid biopsy screening
Anneleen Decock
Olivier De Wever
Bert Dhondt
Carolina Fierro
An Hendrix
Hetty Helsmoortel
Scott Kuersten
Pieter Mestdagh
Nele Nijs
Piet Ost
et al.
C3
Conferentie
2017
mRNA capture sequencing enabled liquid biopsy screening
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2017
miSTAR : miRNA target prediction through modeling quantitative and qualitative miRNA binding site information in a stacked model structure
Gert Van Peer
Ayla De Paepe
Michiel Stock
Jasper Anckaert
Pieter-Jan Volders
Jo Vandesompele
Bernard De Baets
Willem Waegeman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2017
2016
An embryonic stem cell activated FOXM1 transcriptional program marks ultra-high-risk primary neuroblastoma patients for FDI-6 small molecule inhibition
Suzanne Vanhauwaert
Carina Leonelli
Sara De Brouwer
Jolien De Wyn
Anneleen Beckers
Karen Sermon
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Katleen De Preter
C3
Conferentie
2016
Asthma inflammatory phenotypes show differential microRNA expression in sputum
Tania Maes
Francisco Avila Cobos
Florence Schleich
Valentina Sorbello
Monique Henket
Katleen De Preter
Ken Bracke
Griet Conickx
Claire Mesnil
Jo Vandesompele
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF ALLERGY AND CLINICAL IMMUNOLOGY
2016
Benchmarking of RNA-sequencing analysis workflows using whole-transcriptome RT-qPCR expression data
Celine Everaert
Ariane De Ganck
Jan Hellemans
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2016
DNA methylation profiling of primary neuroblastoma tumors using methyl-CpG-binding domain sequencing
Anneleen Decock
Maté Ongenaert
Wim Van Criekinge
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC DATA
2016
Decoding cancer transcriptomes using public RNA sequencing data
Celine Everaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2016
Decoding cancer transcriptomes using public RNA sequencing data
Celine Everaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2016
Decoding cancer transcriptomes using public RNA sequencing data
Celine Everaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2016
Depletion of tRNA-halves enables effective small RNA sequencing of low-input murine serum samples
Alan Van Goethem
Nurten Yigit
Celine Everaert
Myrthala Moreno-Smith
Liselot Mus
Eveline Barbieri
Franki Speleman
Pieter Mestdagh
Jason Shohet
Tom Van Maerken
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2016
Differential expression of lncRNAs during the HIV replication cycle : an underestimated layer in the HIV-host interplay
Wim Trypsteen
Pejman Mohammadi
Clarissa Van Hecke
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Yvan Saeys
Pieter De Bleser
Jo Vandesompele
Angela Ciuffi
Linos Vandekerckhove
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2016
Dissecting the NOTCH1 driven transcriptional landscape in T-cell acute lymphoblastic leukemia at single cell level
Karen Verboom
Kaat Durinck
Celine Everaert
Robrecht Cannoodt
Pieter Van Vlierberghe
Jo Vandesompele
Franki Speleman
C3
Conferentie
2016
EV-TRAQ: tracking transparent reporting and quality to boost standardized extracellular vesicle research
Jan Van Deun
Pieter Mestdagh
Jasper Anckaert
Jo Vandesompele
Olivier De Wever
An Hendrix
C3
Conferentie
2016
Endogenous controls for miRNA analysis in renal cells and tissue
Michael Rudnicki
Ninella Schweibert
Anneleen Beckers
Stefan Schneeberger
Alfred Koenigsrainer
Georg Boehmig
Jo Vandesompele
Gert Mayer
Johannes Leierer
C3
Conferentie
2016
Eradication of neuroblastoma by suppressing the expression of a single long noncoding RNA
Pei Y Liu
Andrew E Tee
Bernard Atmadibrata
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Marcel Dinger
Tao Liu
C3
Conferentie
2016
Expanding the TLX1 regulome in T-cell acute lymphoblastic leukemia towards long noncoding RNAs
Kaat Durinck
Wouter Van Loocke
Inge Van de Walle
Joni Van der Meulen
Pieter-Jan Volders
Nadine Van Roy
Yves Benoit
Bruce Poppe
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
et al.
C3
Conferentie
2016
Exploring the neuroblastoma DNA methylome: from biology to biomarker
Anneleen Decock
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Maté Ongenaert
Proefschrift
2016
Flexible analysis of digital PCR experiments using generalized linear mixed models
Matthijs Vynck
Jo Vandesompele
Nele Nijs
Björn Menten
Ariane De Ganck
Olivier Thas
A2
Artikel in een tijdschrift
in
BIOMOLECULAR DETECTION AND QUANTIFICATION
2016
Identification of non-invasive biomarkers for treatment response in neuroblastoma by circulating miRNA profiling
Alan Van Goethem
Nurten Yigit
Mythala Moreno-Smith
Celine Everaert
Olivier Delattre
Pieter Mestdagh
Saurabh Agarwal
Eveline Barbieri
Isabelle Janoueix-Lerosey
Jason Shohet
et al.
C3
Conferentie
2016
LncRNAs in the context of Chronic Obstructive Pulmonary Disease (COPD) are associated to immune response and metabolism of xenobiotics
Francisco Avila Cobos
Ken Bracke
Jo Vandesompele
Kimberly Verniers
Guy Joos
Katleen De Preter
Guy Brusselle
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2016
Long non-coding RNA expression profiling in the NCI60 cancer cell line panel using high-throughput RT-qPCR
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Pieter-Jan Volders
Stefaan Derveaux
Jan Hellemans
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC DATA
2016
Long non-coding RNAs as novel components in the TP53 pathway
Dries Rombaut
Steve Lefever
Jan Koster
Johannes Schulte
Rogier Versteeg
Peter van Sluis
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2016
Long non-coding RNAs as novel components in the TP53 pathway
Dries Rombaut
Steve Lefever
Jan Koster
Sven Lindner
Johannes Schulte
Rogier Versteeg
Peter van Sluis
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2016
Long noncoding RNA signatures define oncogenic subtypes in T-cell acute lymphoblastic leukemia
Annelynn Wallaert
Kaat Durinck
Wouter Van Loocke
Inge Van de Walle
Filip Matthijssens
Pieter-Jan Volders
Francisco Avila Cobos
Dries Rombaut
Pieter Rondou
Pieter Mestdagh
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
LEUKEMIA
2016
Mapping the methodological diversity of EV isolation and characterization
Jan Van Deun
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Olivier De Wever
An Hendrix
C3
Conferentie
2016
Melanoma addiction to the long non-coding RNA SAMMSON
Eleonora Leucci
Roberto Vendramin
Marco Spinazzi
Patrick Laurette
Mark Fiers
Jasper Wouters
Enrico Radaelli
Sven Eyckerman
Carina Leonelli
Katrien Vanderheyden
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE
2016
Methyl-CpG-binding domain sequencing reveals a prognostic methylation signature in neuroblastoma
Anneleen Decock
Maté Ongenaert
Robrecht Cannoodt
Kimberly Verniers
Bram De Wilde
Genevieve Laureys
Nadine Van Roy
Ana Pilar Berbegall
Julie Bienertova-Vasku
Nick Bown
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOTARGET
2016
Methyl-CpG-binding domain sequencing reveals a prognostic methylation signature in neuroblastoma
Anneleen Decock
Maté Ongenaert
Robrecht Cannoodt
Kimberly Verniers
Bram De Wilde
Genevieve Laureys
Nadine Van Roy
Ana Pilar Berbegall
Julie Bienertova-Vasku
Nick Bown
et al.
C3
Conferentie
2016
Microrna-218-5p is implicated in the pathogenesis of chronic obstructive pulmonary disease
Griet Conickx
Pieter Mestdagh
Francisco Avila Cobos
Fien Verhamme
Tania Maes
BM Vanaudenaerde
Lies Lahousse
Guy Joos
Jo Vandesompele
Ken Bracke
et al.
C3
Conferentie
2016
NFAT5 in Duchenne muscular dystrophy cultured myoblasts after exposure to hyperosmolar salt conditions
Sandrine Herbelet
Amanda Gonçalves
Elly De Vlieghere
Gert Van Peer
Boel De Paepe
Chris Guerin
Jo Vandesompele
Olivier De Wever
Jan De Bleecker
C3
Conferentie
2016
PAN-cancer identification of ncRNAs with a high therapeutic and diagnostic potential
Celine Everaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2016
PAN-cancer identification of ncRNAs with a high therapeutic and diagnostic potential
Celine Everaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2016
PAN-cancer therapeutic target identification by omics data integration
Celine Everaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2016
Quantitative and functional requirements for bioluminescent cancer models
Lynn Feys
Benedicte Descamps
Christian Vanhove
Stefan Vermeulen
Jo Vandesompele
Katrien Vanderheyden
Kathy Messens
marc bracke
Olivier De Wever
A1
Artikel in een tijdschrift
in
IN VIVO
2016
RT-qPCR gene expression analysis in zebrafish : preanalytical precautions and use of expressed repetitive elements for normalization
Suzanne Vanhauwaert
Steve Lefever
Paul Coucke
Franki Speleman
Anne De Paepe
Jo Vandesompele
Andy Willaert
A1
Artikel in een tijdschrift
in
Methods in Cell Biology
2016
Rol van microRNA in neutrofiel astma
Tania Maes
Francisco Avila Cobos
Florence Schleich
Valentina Sorbello
Monique Henket
Katleen De Preter
Ken Bracke
Griet Conickx
Claire Mesnil
Jo Vandesompele
et al.
A4
Artikel in een tijdschrift
in
BLOEDVATEN HART LONGEN
2016
Selective cross-cohort discovery of transcriptional mechanisms presiding over high-risk neuroblastoma subtype state maintenance
Presha Rajbhandari
Gonzalo Lopez
Jiyang Yu
Ruth Rodriguez-Barrueco
Mariano Alvarez
Daniel Martinez
Mark Yarmarkovich
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
Jose M Silva
et al.
C3
Conferentie
2016
Stage 4S neuroblastoma tumors show a characteristic DNA methylation portrait
Anneleen Decock
Maté Ongenaert
Bram De Wilde
Bénédicte Brichard
Rosa Noguera
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
EPIGENETICS
2016
Straightforward and sensitive RT-qPCR based gene expression analysis of FFPE samples
Fjoralba Zeka
Katrien Vanderheyden
Els De Smet
Claude Cuvelier
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2016
Targeted resequencing and variant validation using pxlence PCR assays
Frauke Coppieters
Kimberly Verniers
Kim De Leeneer
Jo Vandesompele
Steve Lefever
A2
Artikel in een tijdschrift
in
BIOMOLECULAR DETECTION AND QUANTIFICATION
2016
The T-ALL oncogene TLX1 controls enhancer lncRNA expression
Karen Verboom
Kaat Durinck
Wouter Van Loocke
Filip Matthijssens
Inge Van de Walle
Annelynn Wallaert
Pieter-Jan Volders
Nadine Van Roy
Yves Benoit
Bruce Poppe
et al.
C3
Conferentie
2016
The core protein to myogenesis NFAT5 forms aggresomes in normal and Duchenne muscular dystrophy myotubes exposed to cell stressors
Sandrine Herbelet
Elly De Vlieghere
Gert Van Peer
Boel De Paepe
Eline Nys
Laurens Weynants
Jo Vandesompele
Olivier De Wever
Jens Schmidt
Jan De Bleecker
C3
Conferentie
2016
Thorough second hit analysis in BRCA1/2 associated breast cancer
Mattias Van Heetvelde
Trees Lepez
Leen Pieters
Steve Lefever
Jo Van Dorpe
Kathleen Lambein
Marleen Praet
ivo Van Den Berghe
Frauke Coppieters
Jo Vandesompele
et al.
C3
Conferentie
2016
Thorough second-hit analysis in BRCA1/2-associated breast cancer
Mattias Van Heetvelde
Trees Lepez
Leen Pieters
Steve Lefever
Jo Van Dorpe
Kathleen Lambein
Marleen Praet
Ivo Van Den Berghe
Frauke Coppieters
Jo Vandesompele
et al.
C3
Conferentie
2016
2015
Alternative routes to induce naive pluripotency in human embryonic stem cells
Galbha Duggal
Sharat Warrier
Sabitri Ghimire
Dorien Broekaert
Margot Van der Jeught
Sylvie Lierman
Tom Deroo
Luc Peelman
Ann Van Soom
Maria Cornelissen
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
STEM CELLS
2015
An embryonic stem cell activated FOXM1 transcriptional program marks ultra-high-risk primary neuroblastoma patients for FDI-6 small molecule inhibition
Suzanne Vanhauwaert
Carina Leonelli
Sara De Brouwer
Jolien De Wyn
Anneleen Beckers
Neuroblastoma Research consortium
Jo Vandesompele
Karen Sermon
Franki Speleman
Katleen De Preter
C3
Conferentie
2015
An update on LNCipedia : a database for annotated human lncRNA sequences
Pieter-Jan Volders
Kenneth Verheggen
Gerben Menschaert
Klaas Vandepoele
Lennart Martens
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2015
Best-in-class PCR based target enrichment for NGS panels and Sanger variant confirmation
Steve Lefever
Frauke Coppieters
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2015
Comparison of RNA-seq and microarray-based models for clinical endpoint prediction
Wenqian Zhang
Ying Yu
Falk Hertwig
Jean Thierry-Mieg
Wenwei Zhang
Danielle Thierry-Mieg
Jian Wang
Cesare Furlanello
Viswanath Devanarayan
Jie Cheng
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME BIOLOGY
2015
Data analysis of droplet digital PCR with generalized linear mixed models
Olivier Thas
Matthijs Vynck
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2015
Exploring lncRNAs in cancer : tools for discovery and characterization of cancer associated lncRNAs
Pieter-Jan Volders
Jo Vandesompele
Kris Gevaert
Proefschrift
2015
Flexible, scalable, and efficient targeted resequencing on a benchtop sequencer for variant detection in clinical practice
Kim De Leeneer
Jan Hellemans
Wouter Steyaert
Steve Lefever
Inge Vereecke
Eveline Debals
Brecht Crombez
Machteld Baetens
Mattias Van Heetvelde
Frauke Coppieters
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
HUMAN MUTATION
2015
GLMMs for nucleic acid concentration estimation in digital droplet PCR
Matthijs Vynck
Jo Vandesompele
Olivier Thas
C3
Conferentie
2015
Genome wide expression profiling of p53 regulated miRNAs in neuroblastoma
Ali Rihani
Alan Van Goethem
Maté Ongenaert
Sara De Brouwer
Pieter-Jan Volders
Saurabh Agarwal
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
Jason Shohet
Franki Speleman
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2015
Identification of miRNAs contributing to neuroblastoma chemoresistance
Duncan Ayers
Pieter Mestdagh
Tom Van Maerken
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
COMPUTATIONAL AND STRUCTURAL BIOTECHNOLOGY JOURNAL
2015
Improving accuracy and precision of dPCR experiments by relying on multiple reference genes
Matthijs Vynck
Jo Vandesompele
Olivier Thas
C3
Conferentie
2015
Individual patient risk stratification of high-risk neuroblastomas using a two-gene score suited for clinical use
Kristoffer von Stedingk
Katleen De Preter
Jo Vandesompele
Rosa Noguera
Ingrid Øra
Jan Koster
Rogier Versteeg
Sven Påhlman
David Lindgren
Håkan Axelson
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER
2015
Inhibition of CDK4/6 as a novel therapeutic option for neuroblastoma
Ali Rihani
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Tom Van Maerken
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCER CELL INTERNATIONAL
2015
Integrated and cross-species omics analyses identify the DNA damage response pathway as an important vulnerable pathway in aggressive neuroblastoma tumors
Katleen De Preter
Anneleen Beckers
Suzanne Vanhauwaert
Annelies Fieuw
Sara De Brouwer
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Franki Speleman
C3
Conferentie
2015
Long non-coding RNAs as upstream regulators and downstream effectors of TP53 activity in neuroblastoma
Dries Rombaut
Steve Lefever
Jan Koster
Johannes Schulte
Rogier Versteeg
Peter van Sluis
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2015
MYCN-driven regulatory mechanisms controlling LIN28B in neuroblastoma
Anneleen Beckers
Gert Van Peer
Daniel R Carter
Moritz Gartlgruber
Carl Herrmann
Saurabh Agarwal
Hetty Helsmoortel
Kristina Althoff
Jan J Molenaar
Belamy B Cheung
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCER LETTERS
2015
MYCN-targeting miRNAs are predominantly downregulated during MYCN-driven neuroblastoma tumor formation
Anneleen Beckers
Gert Van Peer
Daniel R Carter
Kristina Althoff
Belamy B Cheung
Johannes H Schulte
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Glenn M Marshall
Katleen De Preter
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOTARGET
2015
Massively parallel sequencing technologies in neuroblastoma research
Bram De Wilde
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Proefschrift
2015
Methyl-CpG-binding domain sequencing reveals a prognostic methylation signature in neuroblastoma
Anneleen Decock
Maté Ongenaert
Robrecht Cannoodt
Kimberly Verniers
Bram De Wilde
Genevieve Laureys
Nadine Van Roy
Ana Pilar Berbegall
Julie Bienertova-Vasku
Nick Bown
et al.
C3
Conferentie
2015
MiR-34a deficiency accelerates medulloblastoma formation in vivo
Theresa Thor
Annette Künkele
Kristian W Pajtler
Annika K Wefers
Harald Stephan
Pieter Mestdagh
Lukas Heukamp
Wolfgang Hartmann
Jo Vandesompele
Natalie Sadowski
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER
2015
MicroRNA-193b-3p acts as a tumor suppressor by targeting the MYB oncogene in T-cell acute lymphoblastic leukemia
Evelien Mets
Joni Van der Meulen
Gert Van Peer
Michael Boice
Pieter Mestdagh
Inge Van de Walle
Tim Lammens
Steven Goossens
Barbara De Moerloose
Yves Benoit
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
LEUKEMIA
2015
Non-coding RNAs and respiratory disease
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Guy Brusselle
Karim Vermaelen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
THORAX
2015
Non-coding RNAs in the pathogenesis of COPD
Elise De Smet
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Guy Brusselle
Ken Bracke
A1
Artikel in een tijdschrift
in
THORAX
2015
Oncogenic dysregulations in neuroblastoma are associated with distal large chromosomal aberrations
Gonzalo Lopez
Mariano Alvarez
James Chen
Presha Rajbhandari
Kristina A Cole
Edward F Attiyeh
Sharon Diskin
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
John M Maris
et al.
C3
Conferentie
2015
RDML-Ninja and RDMLdb for standardized exchange of qPCR data
Jan M Ruijter
Steve Lefever
Jasper Anckaert
Jan Hellemans
Michael W Pfaffl
Vladimir Benes
Stephen A Bustin
Jo Vandesompele
Andreas Untergasser
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC BIOINFORMATICS
2015
RNA expression signatures and posttranscriptional regulation in diabetic nephropathy
Michael Rudnicki
Anneleen Beckers
Hannes Neuwirt
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NEPHROLOGY DIALYSIS TRANSPLANTATION
2015
RT-qPCR-based quantification of small non-coding RNAs
Fjoralba Zeka
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Hoofdstuk in een boek
in
Small non-coding RNAs : methods and protocols
2015
Renal microRNA- and RNA-profiles in progressive chronic kidney disease
Michael Rudnicki
Paul Perco
Barbara D′haene
Johannes Leierer
Andreas Heinzel
Irmgard Mühlberger
Ninella Schweibert
Judith Sunzenauer
Heinz Regele
Andreas Kronbichler
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
EUROPEAN JOURNAL OF CLINICAL INVESTIGATION
2015
Revised risk estimation and treatment stratification of low- and intermediate-risk neuroblastoma patients by integrating clinical and molecular prognostic markers
André Oberthuer
Dilafruz Juraeva
Barbara Hero
Ruth Volland
Carolina Sterz
Rene Schmidt
Andreas Faldum
Yvonne Kahlert
Anne Engesser
Shahab Asgharzadeh
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CLINICAL CANCER RESEARCH
2015
lncRNAs as upstream regulators and downstream effectors of TP53 in neuroblastoma
Dries Rombaut
Steve Lefever
Pieter-Jan Volders
Jan Koster
Sven Lindner
Johannes Schulte
Alan Van Goethem
Rogier Versteeg
Peter van Sluis
Jo Vandesompele
et al.
C3
Conferentie
2015
miR-542-3p exerts tumor suppressive functions in neuroblastoma by downregulating Survivin
Kristina Althoff
Sven Lindner
Andrea Odersky
Pieter Mestdagh
Anneleen Beckers
Sarah Karczewski
Jan J Molenaar
Anna Bohrer
Shirley Knauer
Franki Speleman
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER
2015
miRNome-wide high-throughput microRNA target identification
Gert Van Peer
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
Proefschrift
2015
2014
A comprehensive assessment of RNA-seq accuracy, reproducibility and information content by the Sequencing Quality Control Consortium
Zhenqiang Su
Pawel P Labaj
Sheng Li
Jean Thierry-Mieg
Danielle Thierry-Mieg
Wei Shi
Charles Wang
Gary P Schroth
Robert A Setterquist
John F Thompson
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE BIOTECHNOLOGY
2014
CASP8 SNP D302H (rs1045485) is associated with worse survival in MYCN-amplified neuroblastoma patients
Ali Rihani
Bram De Wilde
Fjorabla Zeka
Genevieve Laureys
Nadine Francotte
Gian Paolo Tonini
Simona Coco
Rogier Versteeg
Rosa Noguera
Johannes H Schulte
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2014
CASP8 SNP D302H (rs1045485) is associated with worse survival in MYCN-amplified neuroblastoma patients
Ali Rihani
Bram De Wilde
Fjoralba Zeka
Genevieve Laureys
Nadine Francotte
Gian Paolo Tonini
Simona Coco
Rogier Versteeg
Rosa Noguera
Johannes Schulte
et al.
C3
Conferentie
2014
CASP8 SNP D302H (rs1045485) is associated with worse survival in MYCN-amplified neuroblastoma patients
Ali Rihani
Bram De Wilde
Fjoralba Zeka
Genevieve Laureys
Nadine Francotte
Gian Paolo Tonini
Simona Coco
Rogier Versteeg
Rosa Noguera
Johannes Schulte
et al.
C3
Conferentie
2014
Cancer-associated adipose tissue promotes breast cancer progression by paracrine Oncostatin M and JAK3/STAT3 signaling
Lore Lapeire
An Hendrix
Kathleen Lambein
Mieke Van Bockstal
Geert Braems
Rudy Van den Broecke
Ridha Limame
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Christian Vanhove
et al.
C3
Conferentie
2014
Cancer-associated adipose tissue promotes breast cancer progression by paracrine Oncostatin M and Jak/STAT3 signaling
Lore Lapeire
An Hendrix
Kathleen Lambein
Mieke Van Bockstal
Geert Braems
Rudy Van den Broecke
RIDHA LIMAME
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Christian Vanhove
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCER RESEARCH
2014
Characterization of the p53 network and new therapeutic opportunities in neuroblastoma
Ali Rihani
Jo Vandesompele
Tom Van Maerken
Proefschrift
2014
Early targets of miR-34a in neuroblastoma
Pasqualino De Antonellis
Marianeve Carotenuto
Jonathan Vandenbussche
Gennaro De Vita
Veronica Ferrucci
Chiara Medaglia
Iolanda Boffa
Alessandra Galiero
Sarah Di Somma
Daniela Magliulo
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2014
Ectopic microRNA-150-5p transcription sensitizes glucocorticoid therapy response in MM1S multiple myeloma cells but fails to overcome hormone therapy resistance in MM1R cells
Ajay Palagani
Ken Op de Beeck
Stefan Naulaerts
Jolien Diddens
Chandra Sekhar Chirumamilla
Guy Van Camp
Kris Laukens
Karen Heyninck
Sarah Gerlo
Pieter Mestdagh
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2014
Evaluation of quantitative miRNA expression platforms in the microRNA quality control (miRQC) study
Pieter Mestdagh
Nicole Hartmann
Lukas Baeriswy
Ditte Andreasen
Nathalie Bernard
Caifu Chen
David Cheo
Petula D'Andrade
Mike DeMayo
Lucas Dennis
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE METHODS
2014
Evaluation of targeted drugs in combination with the MDM2 antagonist RG7388 in neuroblastoma
Alan Van Goethem
Gwen Nichols
Franki Speleman
Jo Vandesompele
Tom Van Maerken
C3
Conferentie
2014
Evaluation of targeted drugs in combination with the MDM2 antagonist RG7388 in neuroblastoma
Alan Van Goethem
Gwen Nichols
Franki Speleman
Jo Vandesompele
Tom Van Maerken
C3
Conferentie
2014
Evaluation of targeted drugs in combination with the MDM2 antagonist RG7388 in neuroblastoma
Alan Van Goethem
Gwen Nichols
Franki Speleman
Jo Vandesompele
Tom Van Maerken
C3
Conferentie
2014
Evaluation of targeted drugs in combination with the MDM2 antagonist RG7388 in neuroblastoma
Alan Van Goethem
Gwen Nichols
Franki Speleman
Jo Vandesompele
Tom Van Maerken
C3
Conferentie
2014
Expressed repeat elements improve RT-qPCR normalization across a wide range of zebrafish gene expression studies
Suzanne Vanhauwaert
Gert Van Peer
Ali Rihani
Els Janssens
Pieter Rondou
Steve Lefever
Anne De Paepe
Paul Coucke
Franki Speleman
Jo Vandesompele
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2014
Genetisch geïnspireerde toekomstperspectieven voor de therapie van het neuroblastoom
Bram De Wilde
Tom Van Maerken
Katleen De Preter
Nadine Van Roy
Genevieve Laureys
Jo Vandesompele
Franki Speleman
A2
Artikel in een tijdschrift
in
TIJDSCHRIFT VOOR GENEESKUNDE
2014
Genome-wide methylation analysis unravels differential DNA methylation patterns between (prognostic) neuroblastoma patient subgroups
Anneleen Decock
Maté Ongenaert
Ana Berbegall
Rosa Noguera
Jayne Murray
Michele Haber
Raymond L Stallings
Johannes H Schulte
Valérie Combaret
Gudrun Schleiermacher
et al.
C3
Conferentie
2014
Illumina sequencing of 15 deafness genes using fragmented amplicons
Filip Van Nieuwerburgh
Sarah De Keulenaer
Joachim De Schrijver
Jo Vandesompele
Wim Van Criekinge
Paul Coucke
Dieter Deforce
A2
Artikel in een tijdschrift
in
BMC RESEARCH NOTES
2014
Integrative analysis of the NOTCH1 regulatory network identifies key downstream lncRNAs in acute T-cell lymphoblastic leukemia and normal T-cell development
Annelynn Wallaert
Kaat Durinck
Pieter Rondou
Inge Van de Walle
Wouter Van Loocke
Pieter-Jan Volders
Maté Ongenaert
Nadine Van Roy
Bruce Poppe
Yves Benoit
et al.
C3
Conferentie
2014
Lack of association between MDM2 promoter SNP309 and clinical outcome in patients with neuroblastoma
Ali Rihani
Tom Van Maerken
Bram De Wilde
Fjoralba Zeka
Genevieve Laureys
Koen Norga
Gian Paolo Tonini
Simona Coco
Rogier Versteeg
Rosa Noguera
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PEDIATRIC BLOOD & CANCER
2014
LncRNA profiling in T-cell acute lymphoblastic leukemia predicts a functional connection between lncRNAs and the major T-ALL genetic subgroups
Annelynn Wallaert
Kaat Durinck
Wouter Van Loocke
Pieter-Jan Volders
Yves Benoit
Bruce Poppe
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Jean Soulier
Jan Cools
et al.
C3
Conferentie
2014
Lung tumours reprogram pulmonary dendritic cell immunogenicity at the microRNA level
Lotte Pyfferoen
Pieter Mestdagh
Karl Vergote
Nancy De Cabooter
Jo Vandesompele
Bart Lambrecht
Karim Vermaelen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER
2014
MYCN safeguards its upregulated expression through negatively controlling its upstream miRNAs
Anneleen Beckers
Gert Van Peer
Daniel Carter
Belamy Cheung
Jo Vandesompele
Glenn Marshall
Katleen De Preter
Franki Speleman
C3
Conferentie
2014
MicroRNA-128-3p is a novel oncomiR targeting PHF6 in T-cell acute lymphoblastic leukemia
Evelien Mets
Gert Van Peer
Joni Van der Meulen
Michael Boice
Tom Taghon
Steven Goossens
Pieter Mestdagh
Yves Benoit
Barbara De Moerloose
Nadine Van Roy
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
HAEMATOLOGICA
2014
Pharmacologic activation of wild-type p53 by nutlin therapy in childhood cancer
Tom Van Maerken
Ali Rihani
Alan Van Goethem
Anne De Paepe
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCER LETTERS
2014
Promoter DNA-methylation in the TH-MYCN neuroblastoma mouse model
Anneleen Beckers
Wouter Van Loocke
Anneleen Decock
Maté Ongenaert
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Katleen De Preter
C3
Conferentie
2014
Reduced DICER1 functionality in neuroblastoma through reduced expression levels or somatic mutations
Bram De Wilde
Johannes H Schulte
Anneleen Beckers
Alexander Schramm
Annelies Fieuw
Daniel Carter
Belamy Cheung
Glenn Marshall
Angelika Eggert
Katleen De Preter
et al.
C3
Conferentie
2014
Selecting potent antisense oligonucleotides for lncRNA knockdown using generalized additive models
Pieter-Jan Volders
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2014
Selecting potent antisense oligonucleotides for lncRNA silencing in vitro using thermodynamic properties and target RNA structure
Pieter-Jan Volders
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2014
Selection of reliable reference genes for RT-qPCR analysis
Jan Hellemans
Jo Vandesompele
Hoofdstuk in een boek
in
Qualntitative real-time PCR : methods and protocols
2014
Some cautionary notes on the petite 'Holy Grail' of molecular diagnostics
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
Redactioneel materiaal
2014
Target enrichment using parallel nanoliter quantitative PCR amplification
Bram De Wilde
Steve Lefever
Wes Dong
Jude Dunne
Syed Husain
Stefaan Derveaux
Jan Hellemans
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC GENOMICS
2014
Targeted analysis of TP53 pathway SNPs in neuroblastoma patients
Ali Rihani
Bram De Wilde
Fjoralba Zeka
Genevieve Laureys
Nadine Francotte
Gian Paolo Tonini
Simona Coco
Rogier Versteeg
Rosa Noguera
Johannes Schulte
et al.
C3
Conferentie
2014
The MYCN/miR-26a-5p/LIN28B regulatory axis controls MYCN-driven LIN28B upregulation in neuroblastoma
Anneleen Beckers
Andrew Ludwig
Gert Van Peer
Daniel Carter
Belamy Cheung
Sara De Brouwer
Jo Vandesompele
Katleen De Preter
Jason Shohet
Franki Speleman
C3
Conferentie
2014
The MYCN/miR-26a-5p/LIN28B regulatory axis explains MYCN driven LIN28B upregulation during mouse neuroblastoma development
Anneleen Beckers
Daniel Carter
Andrew Ludwig
Gert Van Peer
Belamy Cheung
Jo Vandesompele
Glenn Marshall
Jason Shohet
Katleen De Preter
Franki Speleman
C3
Conferentie
2014
The NOTCH1 driven long non-coding RNA repertoire in T-cell acute lymphoblastic leukemia
Annelynn Wallaert
Kaat Durinck
Pieter Rondou
Inge Van de Walle
Wouter Vanloocke
Pieter-Jan Volders
Suzanne Vanhauwaert
Ellen Geerdens
Maté Ongenaert
Nadine Van Roy
et al.
C3
Conferentie
2014
The Notch driven long non-coding RNA repertoire in T-cell acute lymphoblastic leukemia
Kaat Durinck
Annelynn Wallaert
Inge Van de Walle
Wouter Van Loocke
Pieter-Jan Volders
Suzanne Vanhauwaert
Ellen Geerdens
Yves Benoit
Nadine Van Roy
Bruce Poppe
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
HAEMATOLOGICA
2014
The first lncRNA landscape of major genetic T-ALL subsets and guilt-by-association analysis for ETP-ALL specific lncRNAs
Annelynn Wallaert
Kaat Durinck
Wouter Van Loocke
Pieter-Jan Volders
Inge Van de Walle
Yves Benoit
Bruce Poppe
Jo Vandesompele
Tom Taghon
Jean Soulier
et al.
C3
Conferentie
2014
The impact of disparate isolation methods for extracellular vesicles on downstream RNA profiling
Jan Van Deun
Pieter Mestdagh
Raija Sormunen
Lotte Pyfferoen
Karim Vermaelen
Veronique Cocquyt
Jo Vandesompele
Marc Bracke
Olivier De Wever
An Hendrix
C3
Conferentie
2014
The impact of disparate isolation methods for extracellular vesicles on downstream RNA profiling
Jan Van Deun
Pieter Mestdagh
Raija Sormunen
Veronique Cocquyt
Karim Vermaelen
Jo Vandesompele
Marc Bracke
Olivier De Wever
An Hendrix
A2
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF EXTRACELLULAR VESICLES
2014
Time-resolved transcriptome analysis of TH-MYCN driven hyperplastic ganglia and tumors marks BRD3 as a novel candidate oncogene
Anneleen Beckers
Daniel Carter
Cheung Belamy
Jo Vandesompele
Glen Marshall
Katleen De Preter
Franki Speleman
C3
Conferentie
2014
Unique lncRNA signatures mark the major T-ALL genetic subgroups
Annelynn Wallaert
Kaat Durinck
Wouter Van Loocke
Pieter-Jan Volders
Yves Benoit
Bruce Poppe
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Jean Soulier
Jan Cools
et al.
C3
Conferentie
2014
miRBase Tracker : keeping track of microRNA annotation changes
Gert Van Peer
Steve Lefever
Jasper Anckaert
Anneleen Beckers
Ali Rihani
Alan Van Goethem
Pieter-Jan Volders
Fjoralba Zeka
Maté Ongenaert
Pieter Mestdagh
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
DATABASE-THE JOURNAL OF BIOLOGICAL DATABASES AND CURATION
2014
2013
A bioinformatics analysis of renal miRNA- and mRNA-expression signatures in progressive chronic kidney disease
Michael Rudnicki
Paul Perco
Barbara D'haene
Johannes Leierer
Judith Sunzenauer
Raul Fechete
Andreas Heinzel
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Bernd Mayer
et al.
C3
Conferentie
2013
CLL cells respond to B-cell receptor stimulation with a microRNA/mRNA signature associated with MYC activation and cell cycle progression
Valerie Pede
Ans Rombout
JOLIEN VERMEIRE
Evelien Naessens
Pieter Mestdagh
Nore Robberecht
Hanne Vanderstraeten
Nadine Van Roy
Jo Vandesompele
Franki Speleman
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2013
DNA methylation silences miR-132 in prostate cancer
A Formosa
AM Lena
EK Markert
S Cortelli
R Miano
A Mauriello
N Croce
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
E Finazzi-Agrò
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOGENE
2013
Dynamic regulation of miRNAs implicated in the MYCN-EZH2 regulatory axis during neuroblastoma tumor initiation and progression in a MYCN mouse model
Anneleen Beckers
Katleen De Preter
Belamy Cheung
Daniel Carter
Gert Van Peer
Sara De Brouwer
Pieter Mestdagh
Genevieve Laureys
Jo Vandesompele
Glenn Marshall
et al.
C3
Conferentie
2013
Effective Alu repeat based RT-qPCR normalization in cancer cell perturbation experiments
Ali Rihani
Tom Van Maerken
Filip Pattyn
Gert Van Peer
Anneleen Beckers
Sara De Brouwer
Candy Kumps
Evelien Mets
Joni Van der Meulen
Pieter Rondou
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2013
Evaluation of qPCR curve analysis methods for reliable biomarker discovery: bias, resolution, precision, and implications
Jan M Ruijter
Michael W Pfaffl
Sheng Zhao
Andrej N Spiess
Gregory Boggy
Jochen Blom
Robert G Rutledge
Davide Sisti
Antoon Lievens
Katleen De Preter
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
METHODS
2013
Expanding the TLX1 regulate in T-cell acute lymphoblastic leukemia towards long non-coding RNAs
Kaat Durinck
Joni Van der Meulen
Maté Ongenaert
Pieter-Jan Volders
Annelynn Wallaert
Nadine Van Roy
Yves Benoit
Bruce Poppe
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
et al.
C3
Conferentie
2013
Expanding the TLX1-regulome in T cell acute lymphoblastic leukemia towards long non-coding RNAs
Kaat Durinck
Joni Van der Meulen
Maté Ongenaert
Pieter-Jan Volders
Annelynn Wallaert
Nadine Van Roy
Yves Benoit
Bruce Poppe
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
et al.
C3
Conferentie
2013
Focal DNA copy number changes in neuroblastoma target MYCN regulated genes
Candy Kumps
Annelies Fieuw
Pieter Mestdagh
Björn Menten
Steve Lefever
Filip Pattyn
Sara De Brouwer
Tom Sante
Johannes Hubertus Schulte
Alexander Schramm
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2013
Genome wide expression, mutation and methylation analysis validates three new mouse models for neuroblastoma targeting MYCN, ALK and LIN28B for pre-clinical studies
Anneleen Beckers
Bram De Wilde
Maté Ongenaert
Candy Kumps
Johannes H Schulte
Jo Vandesompele
Katleen De Preter
Franki Speleman
C3
Conferentie
2013
Genome-wide promoter methylation analysis in neuroblastoma identifies prognostic methylation biomarkers
Anneleen Decock
Maté Ongenaert
Jasmien Hoebeeck
Katleen De Preter
Gert Van Peer
Wim Van Criekinge
Ruth Ladenstein
Johannes H. Schulte
Rosa Noguera
Raymond L. Stallings
et al.
C3
Conferentie
2013
Genome-wide promoter methylation analysis in neuroblastoma identifies prognostic methylation biomarkers
Anneleen Decock
Maté Ongenaert
Jasmien Hoebeeck
Katleen De Preter
Gert Van Peer
Wim Van Criekinge
Ruth Ladenstein
Johannes H Schulte
Rosa Noguera
Raymond L Stallings
et al.
C3
Conferentie
2013
Genome-wide promoter methylation analysis in neuroblastoma identifies prognostic methylation biomarkers
Anneleen Decock
Maté Ongenaert
Jasmien Hoebeeck
Katleen De Preter
Gert Van Peer
Wim Van Criekinge
Ruth Ladenstein
Johannes H Schulte
Rosa Noguera
Raymond L Stallings
et al.
C3
Conferentie
2013
High-throughput lncRNA expression profiling identifies candidate cancer lncRNAs
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Kristina Althoff
Carina Leonelli
Jan Hellemans
Jean-Christophe Marine
Johannes Schulte
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2013
Identification and functional characterization of lncRNAs in cancer
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Kristina Althoff
Carina Leonelli
Jan Hellemans
Jean-Christophe Marine
Johannes Schulte
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2013
Identification of miR-145 as a key regulator of the pigmentary process
Peter Dynoodt
Pieter Mestdagh
Gert Van Peer
Jo Vandesompele
Karen Goossens
Luc Peelman
Barbara Geusens
Reinhart Speeckaert
Jo Lambert
Mireille Van Gele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF INVESTIGATIVE DERMATOLOGY
2013
Identification of miRNAs implicated in neuroblastoma tumor initiation and progression through cross-species integrated genomic analysis
Anneleen Beckers
Katleen De Preter
Belamy Cheung
Sara De Brouwer
Gert Van Peer
Pieter Mestdagh
Genevieve Laureys
Jo Vandesompele
Glenn Marshall
Franki Speleman
C3
Conferentie
2013
Identifying and validating DNA methylation biomarkers: the example of neuroblastoma
Anneleen Decock
Maté Ongenaert
Jasmien Hoebeeck
Katleen De Preter
Gert Van Peer
Wim Van Criekinge
Ruth Ladenstein
Johannes H Schulte
Rosa Noguera
Raymond L Stallings
et al.
C3
Conferentie
2013
Improved outcome prediction of children with neuroblastoma using an integrated miRNA and DNA methylation signature
Anneleen Decock
Fjoralba Zeka
Katleen De Preter
Franki Speleman
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2013
LNCipedia 2.0: a database for annotated human lncRNA transcript sequences and structures
Pieter-Jan Volders
Kenny Helsens
Xiaowei Wang
Lennart Martens
Kris Gevaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2013
LNCipedia 2.0: a database for annotated human lncRNA transcript sequences and structures
Pieter-Jan Volders
Kenny Helsens
Xiaowei Wang
Lennart Martens
Kris Gevaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2013
LNCipedia : a database for annotated human lncRNA transcript sequences and structures
Pieter-Jan Volders
Kenny Helsens
Xiaowei Wang
Björn Menten
Lennart Martens
Kris Gevaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2013
LNCipedia: a database for annotated human lncRNA transcript sequences and structures
Pieter-Jan Volders
Kenny Helsens
Xiaowei Wang
Lennart Martens
Kris Gevaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2013
MYCN and ALKF1174L are sufficient to drive neuroblastoma development from neural crest progenitor cells
JH Schulte
S Lindner
A Bohrer
J Maurer
Katleen De Preter
Steve Lefever
L Heukamp
S Schulte
J Molenaar
R Versteeg
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOGENE
2013
MiR-128 is a novel PHF6 targeting regulatory non-coding RNA acting as a T-ALL oncogene
Evelien Mets
Joni Van der Meulen
Gert Van Peer
Michael Boice
Pieter Mestdagh
Tom Taghon
David Avran
Barbara De Moerloose
Yves Benoit
Bruce Poppe
et al.
C3
Conferentie
2013
Modulation of neuroblastoma disease pathogenesis by an extensive network of epigenetically regulated microRNAs
S Das
K Bryan
PG Buckley
O Piskareva
IM Bray
N Foley
J Ryan
J Lynch
L Creevey
J Fay
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOGENE
2013
Of flies, mice and men : a systematic approach to understanding the early life origins of chronic lung disease
Susanne Krauss-Etschmann
Andrew Bush
Saverio Bellusci
Guy Brusselle
Sven Erik K Dahlén
Stefan Dehmel
Oliver Eickelberg
Greg Gibson
Machteld N Hylkema
Petra Knaus
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
THORAX
2013
Reference loci for RT-qPCR analysis of differentiating human embryonic stem cells
Liesbeth Vossaert
Thomas O'Leary
Christophe Van Neste
Björn Heindryckx
Jo Vandesompele
Petra De Sutter
Dieter Deforce
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC MOLECULAR BIOLOGY
2013
Regulatory microRNA network identification in bovine blastocyst development
Karen Goossens
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Mario Van Poucke
Alex Van Zeveren
Ann Van Soom
Jo Vandesompele
Luc Peelman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
STEM CELLS AND DEVELOPMENT
2013
Selective inhibition of the p53–MDM2 interaction by nutlin drugs: a new therapeutic perspective for neuroblastoma
Tom Van Maerken
Ali Rihani
Alan Van Goethem
Anne De Paepe
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A2
Artikel in een tijdschrift
in
PROCEEDINGS OF THE BELGIAN ROYAL ACADEMIES OF MEDICINE
2013
Single-nucleotide polymorphisms and other mismatches reduce performance of quantitative PCR assays
Steve Lefever
Filip Pattyn
Jan Hellemans
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CLINICAL CHEMISTRY
2013
The MYCN driven murine and human neuroblastoma methylome and dynamic regulation of chromatin regulators as a guide for epigenetic therapy
Anneleen Beckers
Anneleen Decock
Belamy Cheung
Daniel Carter
Gert Van Peer
Sara De Brouwer
Genevieve Laureys
Jo Vandesompele
Johannes H Schulte
Glenn Marshall
et al.
C3
Conferentie
2013
The digital MIQE guidelines : minimum information for publication of quantitative digital PCR experiments
Jim F Huggett
Carole A Foy
Vladimir Benes
Kerry Emslie
Jeremy A Garson
Ross Haynes
Jan Hellemans
Mikael Kubista
Reinhold D Mueller
Tania Nolan
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CLINICAL CHEMISTRY
2013
The need for transparency and good practices in the qPCR literature
Stephen A Bustin
Vladimir Benes
Jeremy Garson
Jan Hellemans
Jim Huggett
Mikael Kubista
Reinhold Mueller
Tania Nolan
Michael W Pfaffl
Gregory Shipley
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE METHODS
2013
miR-137 functions as a tumor suppressor in neuroblastoma by downregulating KDM1A
Kristina Althoff
Anneleen Beckers
Andrea Odersky
Pieter Mestdagh
Johannes Köster
Isabella Bray
Kenneth Bryan
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Raymond Stallings
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER
2013
miRNAs distinguish children with myelodysplastic syndrome from healthy donors
Hetty Helsmoortel
Tim Lammens
Pieter Mestdagh
Nadine Van Roy
Anne Uyttebroeck
Alina Ferster
Yves Benoit
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Pieter Van Vlierberghe
et al.
C3
Conferentie
2013
miRNAs distinguish children with myelodysplastic syndrome from healthy donors
Hetty Helsmoortel
Tim Lammens
Pieter Mestdagh
Nadine Van Roy
Anne Uyttebroeck
Alina Ferster
Yves Benoit
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Pieter Van Vlierberghe
et al.
C3
Conferentie
2013
2012
ALK(F1174L) is a driving oncogene of neuroblastoma in transgenic mice
Johannes Schulte
Lukas Heukamp
Theresa Thor
Candy Kumps
Katleen De Preter
Bram De Wilde
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Alexander Schramm
Angelika Eggert
C3
Conferentie
2012
Accurate RT-qPCR gene expression analysis on cell culture lysates
Gert Van Peer
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2012
Cancer gene prioritization for targeted resequencing using fitSNP scores
Annelies Fieuw
Bram De Wilde
Franki Speleman
Jo Vandesompele
Katleen De Preter
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2012
Development of bioinformatics tools for high-throughput PCR applications
Steve Lefever
Jo Vandesompele
Proefschrift
2012
Dickkopf-3 is regulated by the MYCN-induced miR-17-92 cluster in neuroblastoma
Sara De Brouwer
Pieter Mestdagh
Irina Lambertz
Filip Pattyn
Anne De Paepe
Frank Westermann
Christina Schroeder
Johannes H Schulte
Alexander Schramm
Katleen De Preter
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER
2012
Exon-level expression analyses identify MYCN and NTRK1 as major determinants of alternative exon usage and robustly predict primary neuroblastoma outcome
A Schramm
B Schowe
K Fielitz
M Heilmann
M Martin
T Marschall
J Köster
Jo Vandesompele
Joëlle Vermeulen
Katleen De Preter
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BRITISH JOURNAL OF CANCER
2012
Genome-wide promoter methylation analysis in neuroblastoma identifies prognostic methylation biomarkers.
Anneleen Decock
Maté Ongenaert
Jasmien Hoebeeck
Katleen De Preter
Gert Van Peer
Wim Van Criekinge
Ruth Ladenstein
Johannes H Schulte
Rosa Noguera
Raymond L Stallings
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME BIOLOGY
2012
Genomic profiling of MYCN and ALKF1174L transgenic neuroblastoma mouse models provides insights into the dynamic process of tumor formation
Katleen De Preter
Anneleen Beckers
Candy Kumps
Pieter Mestdagh
Angelika Eggert
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Johannes H Schulte
C3
Conferentie
2012
Identification of a novel recurrent 1q42.2-1qter deletion in high risk MYCN single copy 11q deleted neuroblastomas
Annelies Fieuw
Candy Kumps
Alexander Schramm
Filip Pattyn
Björn Menten
Francesca Antonacci
Peter Sudmant
Johannes H Schulte
Nadine Van Roy
Sarah Vergult
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER
2012
Improved risk stratification and outcome prediction in children with average risk 1 precursor-B acute lymphoblastic leukemia using a 19-microRNA signature
Farzaneh Ghazavi
Tim Lammens
Stefan Suciu
Genevieve Laureys
Marleen Bakkus
Alina Ferster
Anne Uyttebroeck
Patrick Lutz
Hélène Cavé
Geneviève Plat
et al.
C3
Conferentie
2012
Improved risk-stratification and outcome prediction in children with average risk precursor-B acute lymphoblastic leukemia using a 19-microRNA signature
Farzaneh Ghazavi
Tim Lammens
Stefan Suciu
Genevieve Laureys
Marleen Bakkus
Alina Ferster
Anne Uyttebroeck
Patrick Lutz
Hélène Cavé
Geneviève Plat
et al.
C3
Conferentie
2012
Integrative genome analyses identify key somatic driver mutations of small-cell lung cancer
Martin Peifer
Lynnette Fernández-Cuesta
Martin L Sos
Julie George
Danila Seidel
Lawryn H Kasper
Dennis Plenker
Frauke Leenders
Ruping Sun
Thomas Zander
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE GENETICS
2012
LIN28B induces neuroblastoma and enhances MYCN levels via let-7 suppression
Jan J Molenaar
Raquel Domingo-Fernández
Marli E Ebus
Sven Lindner
Jan Koster
Ksenjia Drabek
Pieter Mestdagh
Peter van Sluis
Linda J Valentijn
Johan van Nes
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE GENETICS
2012
LNCipedia: a novel databse for annotated lncRNA sequences and structures
Pieter-Jan Volders
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2012
Large-scale and targeted genomic screen reveals focal lncRNA copy number alterations in cancer cells
Pieter-Jan Volders
Pieter Mestdagh
Björn Menten
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2012
Lncipedia: a novel database for annotated lncRNA sequences and structures
Pieter-Jan Volders
Kenny Helsens
Xiaowei Wang
Lennart Martens
Kris Gevaert
Jo Vandesompele
Pieter Mestdagh
C3
Conferentie
2012
Lysine-specific demethylase 1 restricts hematopoietic progenitor proliferation and is essential for terminal differentiation
A Sprüssel
JH Schulte
S Weber
M Necke
K Händschke
T Thor
KW Pajtler
A Schramm
K König
L Diehl
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
LEUKEMIA
2012
MYCN directly regulates long non-coding RNA expression in neuroblastoma
Pieter Mestdagh
Johannes Schulte
Filip Pattyn
Frank Westermann
Genevieve Laureys
Franki Speleman
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2012
Mapping the neuroblastoma epigenome
Maté Ongenaert
Anneleen Decock
Jo Vandesompele
Franki Speleman
C3
Conferentie
2012
Mapping the neuroblastoma epigenome: perspectives for improved prognostic biomarkers
Maté Ongenaert
Anneleen Decock
Genevieve Laureys
Jo Vandesompele
Franki Speleman
C3
Conferentie
2012
Mapping the neuroblastoma epigenome: perspectives for improved prognostic biomarkers
Maté Ongenaert
Anneleen Decock
Jo Vandesompele
Franki Speleman
C3
Conferentie
2012
Massively parallel sequencing for early molecular diagnosis in Leber congenital amaurosis
Frauke Coppieters
Bram De Wilde
Steve Lefever
Ellen De Meester
Nina De Rocker
Caroline Van Cauwenbergh
Filip Pattyn
Françoise Meire
Bart Leroy
Jan Hellemans
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENETICS IN MEDICINE
2012
Molecular diagnostics for congenital hearing loss including 15 deafness genes using a next generation sequencing platform
Sarah De Keulenaer
Jan Hellemans
Steve Lefever
Jean-Pierre Renard
Joachim De Schrijver
Hendrik Van de Voorde
Mohammad Amin Tabatabaiefar
Filip Van Nieuwerburgh
Daisy Flamez
Filip Pattyn
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC MEDICAL GENOMICS
2012
N-Cadherin in neuroblastoma disease : expression and clinical significance
Tim Lammens
Katrien Swerts
Lara Derycke
ANNEMIE DE CRAEMER
Sara De Brouwer
Katleen De Preter
Nadine Van Roy
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Jan Philippé
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2012
Oncogenic activation of FOXR1 by 11q23 intrachromosomal deletion-fusions in neuroblastoma
EE Santo
ME Ebus
J Koster
JH Schulte
A Lakeman
P van Sluis
J Vermeulen
D Gisselsson
I Øra
S Lindner
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOGENE
2012
Promoter methylation analysis identifies prognostic methylation biomarkers in neuroblastoma
Anneleen Decock
Maté Ongenaert
Jasmien Hoebeeck
Katleen De Preter
Gert Van Peer
Wim Van Criekinge
Ruth Ladenstein
Johannes H Schulte
Rosa Noguera
Raymond L Stallings
et al.
C3
Conferentie
2012
Semi-high-throughput epigenetic validation using MSP on a real-time qPCR platform
Anneleen Decock
Maté Ongenaert
Jo Vandesompele
Franki Speleman
C3
Conferentie
2012
Synthetic lethality between Rb, p53 and Dicer or miR-17-92 in retinal progenitors suppresses retinoblastoma formation
David Nittner
Irina Lambertz
Frederic Clermont
Pieter Mestdagh
Corinna Köhler
Søren Jensby Nielsen
Aart Jochemsen
Franki Speleman
Jo Vandesompele
Michael A Dyer
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE CELL BIOLOGY
2012
Targeted expression of mutated ALK induces neuroblastoma in transgenic mice
Lukas C Heukamp
Theresa Thor
Alexander Schramm
Katleen De Preter
Candy Kumps
Bram De Wilde
Andrea Odersky
Martin Peifer
Sven Lindner
Annika Spruessel
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENCE TRANSLATIONAL MEDICINE
2012
Whole-genome RT-qPCR microRNA expression profiling
Pieter Mestdagh
Stefaan Derveaux
Jo Vandesompele
Hoofdstuk in een boek
in
Functional genomics : methods and protocols
2012
miRNA expression profiling: from reference genes to global mean normalization
Barbara D'haene
Pieter Mestdagh
Jan Hellemans
Jo Vandesompele
Hoofdstuk in een boek
in
Next-generation microRNA expression profiling technology : methods and protocols
2012
microRNAs in colon cancer : a roadmap for discovery
Simona Rossi
Antonio Fabio Di Narzo
Pieter Mestdagh
Bart Jacobs
Fredrik T Bosman
Bengt Gustavsson
Bernard Majoie
Arnaud Roth
Jo Vandesompele
Isidore Rigoutsos
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FEBS LETTERS
2012
2011
EVI1-mediated down regulation of MIR449A is essential for the survival of EVI1 positive leukaemic cells
An De Weer
Joni Van der Meulen
Pieter Rondou
Tom Taghon
Torsten A Konrad
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
Tom Van Maerken
Nadine Van Roy
Marta Jeison
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BRITISH JOURNAL OF HAEMATOLOGY
2011
Ewings sarcoma and prostate cancer: different yet similar
Heinrich Kovar
Stephan Niedan
Sven Bilke
Raphaela Schwentner
Jozef Ban
Maximilian Kauer
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Paul Meltzer
C3
Conferentie
2011
Exploring the neuroblastoma methylome using MBD2-seq
Maté Ongenaert
Anneleen Decock
Jo Vandesompele
Franki Speleman
C3
Conferentie
2011
Functional analysis of the p53 pathway in neuroblastoma cells using the small-molecule MDM2 antagonist Nutlin-3
Tom Van Maerken
Ali Rihani
Daniel Dreidax
Sarah De Clercq
Nurten Yigit
Jean-Christophe Marine
Frank Westermann
Anne De Paepe
Jo Vandesompele
Franki Speleman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR CANCER THERAPEUTICS
2011
High ALK receptor tyrosine kinase expression supersedes ALK mutation as a determining factor of an unfavorable phenotype in primary neuroblastoma
Johannes H Schulte
Hagen S Bachmann
Bent Brockmeyer
Katleen De Preter
André Oberthür
Sandra Ackermann
Yvonne Kahlert
Kristian Pajtler
Jessica Theissen
Frank Westermann
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CLINICAL CANCER RESEARCH
2011
Hsa-mir-145 is the top EWS-FLI1-repressed microRNA involved in a positive feedback loop in Ewing's sarcoma
J Ban
G Jug
Pieter Mestdagh
R Schwentner
M Kauer
DNT Aryee
K-L Schaefer
F Nakatani
K Scotlandi
M Reiter
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOGENE
2011
Identification of a new rare recurrent 1q42.2-qter deletion in neuroblastoma
Annelies Fieuw
Candy Kumps
Alexander Schramm
Björn Menten
Johannes Schulte
Nadine Van Roy
Sarah Vergult
Rosa Noguera
Rogier Versteeg
R Stallings
et al.
C3
Conferentie
2011
Mapping the neuroblastoma epigenome
Maté Ongenaert
Anneleen Decock
Jo Vandesompele
Franki Speleman
C3
Conferentie
2011
Measurable impact of RNA quality on gene expression results from quantitative PCR
Joëlle Vermeulen
Katleen De Preter
Steve Lefever
Justine Nuytens
Fanny De Vloed
Stefaan Derveaux
Jan Hellemans
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2011
MicroRNA expression in induced sputum of smokers and patients with chronic obstructive pulmonary disease
Geert Van Pottelberge
Pieter Mestdagh
Ken Bracke
Olivier Thas
YANNICK VAN DURME
Guy Joos
Jo Vandesompele
Guy Brusselle
A1
Artikel in een tijdschrift
in
AMERICAN JOURNAL OF RESPIRATORY AND CRITICAL CARE MEDICINE
2011
MicroRNA miR-885-5p targets CDK2 and MCM5, activates p53 and inhibits proliferation and survival
EA Afanasyeva
Pieter Mestdagh
Candy Kumps
Jo Vandesompele
V Ehemann
J Theissen
Mark Zapatka
Benedikt Brors
L Savelyeva
V Sagulenko
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CELL DEATH AND DIFFERENTIATION
2011
Molecular portraits of non-coding RNAs in neuroblastoma
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Proefschrift
2011
Neuroblastoma epigenetics : from candidate gene approaches to genome-wide screenings
Anneleen Decock
Maté Ongenaert
Jo Vandesompele
Franki Speleman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
EPIGENETICS
2011
Neuroblastoma genetics and phenotype: a tale of heterogeneity
Franki Speleman
Katleen De Preter
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SEMINARS IN CANCER BIOLOGY
2011
New options for molecular therapy of neuroblastoma: from p53 to gene therapy
Tom Van Maerken
Franki Speleman
Jo Vandesompele
Proefschrift
2011
Pharmacological activation of p53 and gene therapy as emerging treatment options for neuroblastoma
Tom Van Maerken
Ali Rihani
Anne De Paepe
Jo Vandesompele
Franki Speleman
A2
Artikel in een tijdschrift
in
BELGIAN JOURNAL OF MEDICAL ONCOLOGY
2011
Pharmacological activation of the p53 pathway by nutlin-3 inhibits medulloblastoma cell proliferation in vitro and in vivo
Annette Künkele
Katleen De Preter
Jo Vandesompele
Theresa Thor
Kristian Pajtler
Wolfgang Hartmann
Lukas Heukamp
Alexander Schramm
Angelika Eggert
Johannes H Schulte
C3
Conferentie
2011
Practical tools to implement massive parallel pyrosequencing of PCR products in next generation molecular diagnostics
Kim De Leeneer
Joachim De Schrijver
Lieven Clement
Machteld Baetens
Steve Lefever
Sarah De Keulenaer
Wim Van Criekinge
Dieter Deforce
Filip Van Nieuwerburgh
Sofie Bekaert
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2011
Primer sequence disclosure : a clarification of the MIQE guidelines
Stephen A Bustin
Vladimir Benes
Jeremy A Garson
Jan Hellemans
Jim Huggett
Mikael Kubista
Reinhold Mueller
Tania Nolan
Michael W Pfaffl
Gregory L Shipley
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CLINICAL CHEMISTRY
2011
Regulatory networks governed by microRNAs in T-ALL oncogenesis and normal T-cell development
Joni Van der Meulen
Evelien Mets
Pieter Mestdagh
Peter Pipelers
Tom Taghon
David Camacho Trujillo
David Avran
Gert Van Peer
Nadine Van Roy
Olivier Thas
et al.
C3
Conferentie
2011
Selectieve inhibitie van de p53–MDM2 interactie door nutlin-3 als een nieuwe therapeutische strategie voor neuroblastoom
Tom Van Maerken
Ali Rihani
Anne De Paepe
Jo Vandesompele
Franki Speleman
A2
Artikel in een tijdschrift
in
TIJDSCHRIFT VAN DE BELGISCHE KINDERARTS = JOURNAL DU PEDIATRE BELGE
2011
Semi-high throughput epigenetic validation using MSP on a real-time qPCR platform
Anneleen Decock
Maté Ongenaert
Jo Vandesompele
Franki Speleman
C3
Conferentie
2011
Semi-high throughput epigenetic validation using MSP on a real-time qPCR platform
Anneleen Decock
Maté Ongenaert
Jo Vandesompele
Franki Speleman
C3
Conferentie
2011
The miR-17-92 microRNA cluster regulates multiple components of the TGF-β pathway in neuroblastoma
Pieter Mestdagh
Ana-Karin Bostrom
Francis Impens
Erik Fredlund
Gert Van Peer
Paquito De Antonelis
Kristoffer Von Stedingk
Bart Ghesquière
Stefanie Schulte
Michael Dews
et al.
C3
Conferentie
2011
The microRNA body map : dissecting microRNA function through integrative genomics
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Filip Pattyn
Dana Ridzon
Erik Fredlund
Annelies Fieuw
Maté Ongenaert
Joëlle Vermeulen
Anne De Paepe
Linda Wong
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2011
miRNA Expression profiling enables risk stratification in archived and fresh neuroblastoma tumor samples
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
Joëlle Vermeulen
Fjoralba Zeka
Alene Naranjo
Isabella Bray
Victoria Castel
Caifu Chen
Elzbieta Drozynska
Angelika Eggert
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CLINICAL CANCER RESEARCH
2011
2010
Accurate Outcome Prediction in Neuroblastoma across Independent Data Sets Using a Multigene Signature
Katleen De Preter
Joëlle Vermeulen
B Brors
O Delattre
A Eggert
M Fischer
I Janoueix-Lerosey
C Lavarino
JM Maris
J Mora
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CLINICAL CANCER RESEARCH
2010
Accurate and objective copy number profiling using real-time quantitative PCR
B D'haene
Jo Vandesompele
Jan Hellemans
A1
Artikel in een tijdschrift
in
METHODS
2010
Accurate prediction of neuroblastoma outcome based on miRNA expression profiles
Johannes Schulte
Benjamin Schowe
Pieter Mestdagh
Lars Kaderali
Prabhav Kalaghatgi
Stefanie Schlierf
Joëlle Vermeulen
Bent Brockmeyer
Kristian Pajtler
Theresa Thor
et al.
C3
Conferentie
2010
Accurate prediction of neuroblastoma outcome based on miRNA expression profiles
Johannes H Schulte
Benjamin Schowe
Pieter Mestdagh
Lars Kaderali
Prabhav Kalaghatgi
Stefanie Schlierf
Joëlle Vermeulen
Bent Brockmeyer
Kristian Pajtler
Theresa Thor
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER
2010
An integrated genomics approach unravels a role for micro-RNAs in EWS-FLI1 driven Ewings sarcoma pathogenesis
Heinrich Kovar
Pieter Mestdagh
Max Kauer
Jozef Ban
Sven Bilke
Raphaela Schwentner
Franki Speleman
Paul Meltzer
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2010
An integrative genomics screen uncovers ncRNA T-UCR functions in neuroblastoma tumours
Pieter Mestdagh
Erik Fredlund
Filip Pattyn
Ali Rihani
Tom Van Maerken
Joëlle Vermeulen
Candy Kumps
Björn Menten
Katleen De Preter
Alexander Schramm
et al.
C3
Conferentie
2010
An integrative genomics screen uncovers ncRNA T-UCR functions in neuroblastoma tumours
Pieter Mestdagh
E Fredlund
Filip Pattyn
Ali Rihani
Tom Van Maerken
Joëlle Vermeulen
Candy Kumps
Björn Menten
Katleen De Preter
A Schramm
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOGENE
2010
Analysing 454 amplicon resequencing experiments using the modular and database oriented Variant Identification Pipeline
Joachim De Schrijver
Kim De Leeneer
Steve Lefever
Nick Sabbe
Filip Pattyn
Filip Van Nieuwerburgh
Paul Coucke
Dieter Deforce
Jo Vandesompele
Sofie Bekaert
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC BIOINFORMATICS
2010
Chromosomal and microRNA expression patterns reveal biologically distinct subgroups of 11q- neuroblastoma
Patrick G Buckley
Leah Alcock
Kenneth Bryan
Isabella Bray
Johannes H Schulte
Alexander Schramm
Angelika Eggert
Pieter Mestdagh
Katleen De Preter
Jo Vandesompele
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CLINICAL CANCER RESEARCH
2010
Deep sequencing reveals differential expression of microRNAs in favorable versus unfavorable neuroblastoma
Johannes H Schulte
Tobias Marschall
Marcel Martin
Philipp Rosenstiel
Pieter Mestdagh
Stefanie Schlierf
Theresa Thor
Jo Vandesompele
Angelika Eggert
Stefan Schreiber
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2010
Deep sequencing reveals differential expression of microRNAs in favourable versus unfavourable neuroblastoma
Johannes Schulte
Tobias Marshall
Marcel Martin
Philipp Rosenstiel
Pieter Mestdagh
Stefanie Schlierf
Theresa Thor
Jo Vandesompele
Angelika Eggert
Stefan Schreiber
et al.
C3
Conferentie
2010
Different mucosal expression of Th17 related genes in the small and large bowel of IBD patients
Sarah Bogaert
Debby Laukens
Harald Peeters
Lode Melis
Kim Olievier
Nico Boon
Jo Vandesompele
Dirk Elewaut
Martine De Vos
C3
Conferentie
2010
Differential mucosal expression of Th17-related genes between the inflamed colon and ileum of patients with inflammatory bowel disease
Sara Bogaert
Debby Laukens
Harald Peeters
Lode Melis
Kim Olievier
Nico Boon
August Verbruggen
Jo Vandesompele
Dirk Elewaut
Martine De Vos
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC IMMUNOLOGY
2010
Exploring 3D pooled next-generation sequencing using SNP-Cub^3
Joachim De Schrijver
Bram De Wilde
Geert Trooskens
Jo Vandesompele
Wim Van Criekinge
C3
Conferentie
2010
High expression of the ALK receptor tyrosine kinase precedes mutation as a determining factor of unfavourable phenotype in primary neuroblastoma
Johannes Schulte
Hagen Bachmann
Bent Brockmeyer
Sandra Nowacki
Yvonne Kahlert
Andre Oberthur
Katleen De Preter
Kristian Pajtler
Jessica Theissen
Frank Westermann
et al.
C3
Conferentie
2010
How to do successful gene expression analysis using real-time PCR
Stefaan Derveaux
Jo Vandesompele
Jan Hellemans
A1
Artikel in een tijdschrift
in
METHODS
2010
Improved Molecular Diagnostics of Idiopathic Short Stature and Allied Disorders: Quantitative Polymerase Chain Reaction-Based Copy Number Profiling of SHOX and Pseudoautosomal Region 1
B D'haene
Jan Hellemans
Margarita Craen
Jean De Schepper
K Devriendt
JP Fryns
K Keymolen
Eveline Debals
A de Klein
EM de Jong
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF CLINICAL ENDOCRINOLOGY & METABOLISM
2010
MYCN/c-MYC-induced microRNAs repress coding gene networks associated with poor outcome in MYCN/c-MYC-activated tumors
Pieter Mestdagh
E Fredlund
Filip Pattyn
JH Schulte
D Muth
Joëlle Vermeulen
Candy Kumps
S Schlierf
Katleen De Preter
Nadine Van Roy
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOGENE
2010
Meta-analysis of neuroblastomas reveals a skewed ALK mutation spectrum in tumors with MYCN amplification
Sara De Brouwer
Katleen De Preter
Candy Kumps
Piotr Zabrocki
Michael Porcu
Ellen M Westerhout
Arjan Lakeman
Jo Vandesompele
Jasmien Hoebeeck
Tom Van Maerken
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CLINICAL CANCER RESEARCH
2010
MicroRNA expression profiling to identify and validate reference genes for relative quantification in colorectal cancer
KH Chang
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
MJ Kerin
N Miller
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC CANCER
2010
Monoallelic but not biallelic loss of Dicer1 promotes tumorigenesis in vivo
Irina Lambertz
David Nittner
Pieter Mestdagh
Geertrui Denecker
Jo Vandesompele
MA Dyer
Jean-Christophe Marine
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CELL DEATH AND DIFFERENTIATION
2010
Multiplex Amplicon Quantification (MAQ), a fast and efficient method for the simultaneous detection of copy number alterations in neuroblastoma
Candy Kumps
Nadine Van Roy
L Heyrman
D Goossens
J Del-Favero
R Noguera
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Katleen De Preter
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC GENOMICS
2010
Next generation sequencing: (r)evolutie in DNA sequenering en haar rol in de moderne geneeskunde
Jan Hellemans
Sofie Bekaert
Jo Vandesompele
Paul Coucke
Anne De Paepe
A2
Artikel in een tijdschrift
in
TIJDSCHRIFT VOOR GENEESKUNDE
2010
Pharmacologic activation of the P53 pathway by Nutlin-3 inhibits medulloblastoma cell proliferation in vitro
Annette Kuenkele
Katleen De Preter
Jo Vandesompele
Kristian Pajtler
Lukas Heukamp
Michael Grotzer
Alexander Schramm
Angelika Eggert
Johannes Schulte
C3
Conferentie
2010
Predicting outcomes for children with neuroblastoma
Joëlle Vermeulen
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
Genevieve Laureys
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
DISCOVERY MEDICINE
2010
Prognostic impact of gene expression-based classification for neuroblastoma
Andre Oberthuer
Barbara Hero
Frank Berthold
Dilafruz Juraeva
Andreas Faldum
Yvonne Kahlert
Shahab Asgharzadeh
Robert Seeger
Paola Scaruffi
Gian Paolo Tonini
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY
2010
The miR-17-92 MicroRNA Cluster regulates multiple components of the TGF-beta Pathway in neuroblastoma
Pieter Mestdagh
Anna-Karin Bostrom
Francis Impens
Erik Fredlund
Gert Van Peer
Pasqualino De Antonellis
Kristoffer von Stedingk
Bart Ghesquière
Stefanie Schulte
Michael Dews
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR CELL
2010
The miRNA body map: dissecting miRNA function through integrative genomics
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Filip Pattyn
Dana Ridzon
Erik Fredlund
Annelies Fieuw
Joëlle Vermeulen
Anne De Paepe
Linda Wong
Franki Speleman
et al.
C3
Conferentie
2010
methGraph: A genome visualization tool for PCR-based methylation assays
Steve Lefever
Jasmien Hoebeeck
Filip Pattyn
Gábor Tusnády
Anne De Paepe
Franki Speleman
Tamás Arányi
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
EPIGENETICS
2010
miR-9, a MYC/MYCN-activated microRNA, regulates E-cadherin and cancer metastasis
L Ma
J Young
H Prabhala
E Pan
Pieter Mestdagh
D Muth
J Teruya-Feldstein
F Reinhardt
TT Onder
S Valastyan
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE CELL BIOLOGY
2010
mir-17-92 is a master regulator of TGFβ-pathway activity in neuroblastoma
Pieter Mestdagh
Anna-Karin Böstrom
Francis Impens
Erik Fredlund
Kris Von Stedingk
Bart Ghesquière
Stefanie Schlierf
Johannes Schulte
Alexander Schramm
Kris Gevaert
et al.
C3
Conferentie
2010
2009
59-gene prognostic signature sub-stratifies high-risk neuroblastoma patients
Joëlle Vermeulen
Katleen De Preter
Genevieve Laureys
Franki Speleman
Jo Vandesompele
Redactioneel materiaal
2009
A novel and universal method for microRNA RT-qPCR data normalization
Pieter Mestdagh
Pieter Van Vlierberghe
An De Weer
Daniel Muth
Frank Westermann
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME BIOLOGY
2009
ALK Mutation Analysis in Patients of the German Neuroblastoma Study
B Brockmeyer
JH Schulte
A Oberthuer
Pieter Mestdagh
K Pajtler
J Theissen
H Bachmann
B Hero
Jo Vandesompele
F Berthold
et al.
C3
Conferentie
2009
Aberrant methylation of candidate tumor suppressor genes in neuroblastoma
Jasmien Hoebeeck
Evi Michels
Filip Pattyn
Valerie Combaret
Joelle Vermeulen
Nurten Yigit
Claire Hoyoux
Genevieve Laureys
Anne De Paepe
Franki Speleman
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCER LETTERS
2009
Amphiregulin and Epiregulin mRNA expression in primary tumors predicts outcome in metastatic colorectal cancer treated with Cetuximab
Bart Jacobs
Wendy De Roock
Hubert Piessevaux
Robin Van Oirbeek
Bart Biesmans
Jef De Schutter
Steffen Fieuws
Jo Vandesompele
Marc Peeters
Jean-Luc Van Laethem
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY
2009
An assessment of air as a source of DNA contamination encountered when performing PCR
N Witt
G Rodger
Jo Vandesompele
V Benes
A Zumla
GA Rook
JF Huggett
A2
Artikel in een tijdschrift
in
Journal of biomolecular techniques
2009
Antitumor Activity of the Selective MDM2 Antagonist Nutlin-3 Against Chemoresistant Neuroblastoma With Wild-Type p53
Tom Van Maerken
Liesbeth Ferdinande
Jasmien Taildeman
Irina Lambertz
Nurten Yigit
Liesbeth Vercruysse
Ali Rihani
Martin Michaelis
Jindrich Cinatl
Claude Cuvelier
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF THE NATIONAL CANCER INSTITUTE
2009
Chromosome 3p microsatellite allelotyping in neuroblastoma: a report on the technical hurdles
Jasmien Hoebeeck
Bram De Wilde
Evi Michels
Valerie Combaret
Nurten Yigit
Els De Smet
Nadine Van Roy
Eric Stanbridge
Ning Ru
Genevieve Laureys
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCER INVESTIGATION
2009
Comparison of miRNA profiles of microdissected Hodgkin/Reed-Sternberg cells and Hodgkin cell lines versus CD77+ B-cells reveals a distinct subset of differentially expressed miRNAs
Pieter Van Vlierberghe
An De Weer
Pieter Mestdagh
Tom Feys
Katleen De Preter
Anne De Paepe
Kathleen Lambein
Jo Vandesompele
Nadine Van Roy
Bruno Verhasselt
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BRITISH JOURNAL OF HAEMATOLOGY
2009
Correlation between porcine PPARGC1A mRNA expression and its downstream target genes in backfat and longissimus dorsi muscle
Tim Erkens
Jo Vandesompele
Alex Van Zeveren
Luc Peelman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF APPLIED GENETICS
2009
Downregulation of miR-449a is essential for the survival of EVI1 positive leukemic cells through modulation of NOTCH1 and BCL2
An De Weer
Pieter Mestdagh
Katleen De Preter
Joni Van der Meulen
Pieter Van Vlierberghe
Tom Van Maerken
Nadine Van Roy
Marta Jeison
Isaac Yaniv
Barbara Cauwelier
et al.
C3
Conferentie
2009
EFFECT OF ZAP-70 ON MIRNA EXPRESSION PROFILE IN CHRONIC LYMPHOCYTIC LEUKEMIA
Valerie Pede
Jan Philippé
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Bruno Verhasselt
C3
Conferentie
2009
Escape from p53-mediated tumor surveillance in neuroblastoma: switching off the p14(ARF)-MDM2-p53 axis
Tom Van Maerken
Jo Vandesompele
Ali Rihani
Anne De Paepe
Franki Speleman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
Cell Death & Differentiation
2009
External oligonucleotide standards enable cross laboratory comparison and exchange of real-time quantitative PCR data
Joëlle Vermeulen
Filip Pattyn
Katleen De Preter
Liesbeth Vercruysse
Stefaan Derveaux
Pieter Mestdagh
Steve Lefever
Jan Hellemans
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2009
Gebruik van genexpresieanalyse in de aanpak van neuroblastoom bij kinderen
Joëlle Vermeulen
Katleen De Preter
Pieter Mestdagh
Filip Pattyn
Anne De Paepe
Nadine Van Roy
Genevieve Laureys
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A4
Artikel in een tijdschrift
in
ONCO (NEDERLANDSE ED.)
2009
Gene expression of PPARGC1A and several downstream target genes in porcine backfat and longissimus dorsi muscle
Tim Erkens
Jo Vandesompele
Mario Van Poucke
Alex Van Zeveren
Luc Peelman
C3
Conferentie
2009
Genetic analysis of PRNP, SPRN and RPSA in relation to prion disease resistance in sheep
Mario Van Poucke
Evelyne Lampo
Alice Van den Broeke
Nicolas Wilemarck
Dominique Vander Donckt
Carolien Rogiers
Tim Erkens
Karen Goossens
Jo Vandesompele
Alex Van Zeveren
et al.
C3
Conferentie
2009
Improved outcome prediction of children with neuroblastoma using a multigene expression signature
Joëlle Vermeulen
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Proefschrift
2009
MICRORNA SIGNATURES IN GENETIC SUBTYPES OF T-CELL ACUTE LYMPHOBLASTIC LEUKEMIA
Joni Van der Meulen
Pieter Van Vlierberghe
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Bruce Poppe
Nadine Van Roy
Tom Taghon
Jean Plum
B. Cauwelier
DLD Selleslag
et al.
C3
Conferentie
2009
MODULATION OF MIR-449A EXPRESSION DECREASES CELL VIABILITY, INCREASES APOPTOSIS AND INDUCES DIFFERENTIATION IN EVI1 DEREGULATED LEUKEMIA CELLS
An De Weer
Bruce Poppe
Pieter Mestdagh
Katleen De Preter
Pieter Van Vlierberghe
Nadine Van Roy
M Jeison
B Cauwelier
Bruno Verhasselt
Jan Philippé
et al.
C3
Conferentie
2009
Meta-mining of Neuroblastoma and Neuroblast Gene Expression Profiles Reveals Candidate Therapeutic Compounds
Katleen De Preter
Sara De Brouwer
Tom Van Maerken
Filip Pattyn
A Schramm
A Eggert
Jo Vandesompele
Franki Speleman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CLINICAL CANCER RESEARCH
2009
Modeling neuroblastomagenesis from neural crest stem cells in vitro and in vivo
J Schulte
A Bohrer
E Mahlow
J Maurer
H Schorle
Katleen De Preter
Jo Vandesompele
Franki Speleman
S Schlierf
K Pajtler
et al.
C3
Conferentie
2009
Positive correlation between relative mRNA expression of PRNP and SPRN in cerebral and cerebellar cortex of sheep
Evelyne Lampo
Mario Van Poucke
Jo Vandesompele
Tim Erkens
Alex Van Zeveren
Luc Peelman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
Molecular and Cellular Probes
2009
Predicting outcomes for children with neuroblastoma using a multigene-expression signature: a retrospective SIOPEN/COG/GPOH study
Joëlle Vermeulen
Katleen De Preter
Arlene Naranjo
Liesbeth Vercruysse
Nadine Van Roy
Jan Hellemans
Katrien Swerts
Sophie Bravo
Paolo Scaruffi
Gian Paolo Tonini
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
LANCET ONCOLOGY
2009
Prognostic role and functional analyses of miRNA expression in neuroblastoma
S Schlierf
Pieter Mestdagh
T Thor
Katleen De Preter
M Baumann
A Eggert
Jo Vandesompele
A Schramm
JH Schulte
C3
Conferentie
2009
RDML : structured language and reporting guidelines for real-time quantitative PCR data
Steve Lefever
Jan Hellemans
Filip Pattyn
Daniel R Przybylski
Chris Taylor
René Geurts
Andreas Untergasser
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2009
RNA pre-amplification enables large-scale RT-qPCR gene-expression studies on limiting sample amounts
Joëlle Vermeulen
Stefaan Derveaux
Steve Lefever
Els De Smet
Katleen De Preter
Nurten Yigit
Anne De Paepe
Filip Pattyn
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A2
Artikel in een tijdschrift
in
BMC RESEARCH NOTES
2009
RTPrimerDB : the portal for real-time PCR primers and probes
Steve Lefever
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Filip Pattyn
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2009
Risk estimation of neuroblastoma patients by gene expression based classification
M Fischer
A Oberthuer
B Brors
F Westermann
J Theissen
S Asgharzadeh
R Seeger
P Scaruffi
GP Tonini
I Janoueix-Lerosey
et al.
C3
Conferentie
2009
Selection of reference genes for quantitative real-time PCR in equine in vivo and in vitro blastocysts
Katrien Smits
Karen Goossens
Ann Van Soom
Jan Govaere
Maarten Hoogewijs
Emilie Vanhaesebrouck
Cesare Galli
Silvia Colleoni
Jo Vandesompele
Luc Peelman
A2
Artikel in een tijdschrift
in
BMC RESEARCH NOTES
2009
Standardization of qPCR and RT-qPCR
SA Bustin
Jo Vandesompele
MW Pfaffl
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENETIC ENGINEERING & BIOTECHNOLOGY NEWS
2009
The MIQE Guidelines: Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments
SA Bustin
V Benes
JA Garson
Jan Hellemans
J Huggett
M Kubista
R Mueller
T Nolan
MW Pfaffl
GL Shipley
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CLINICAL CHEMISTRY
2009
The emerging molecular pathogenesis of neuroblastoma : implications for improved risk assessment and targeted therapy
Nadine Van Roy
Katleen De Preter
Jasmien Hoebeeck
Tom Van Maerken
Filip Pattyn
Pieter Mestdagh
Joëlle Vermeulen
Jo Vandesompele
Franki Speleman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME MEDICINE
2009
The miR-17-92 gene cluster is amplified and overexpressed in retinoblastoma
E Biewald
Pieter Mestdagh
H Stephan
Katleen De Preter
T Thor
M Baumann
D Lohmann
A Eggert
Franki Speleman
A Schramm
et al.
C3
Conferentie
2009
The miR-17-92 gene cluster is amplified and overexpressed in retinoblastoma
J Schulte
E Biewald
Pieter Mestdagh
H Stephan
Katleen De Preter
D Lohmann
Franki Speleman
A Schramm
Jo Vandesompele
A Eggert
C3
Conferentie
2009
Unreliable Real-Time PCR Analysis of Human Endogenous Retrovirus-W (HERV-W) RNA Expression and DNA Copy Number in Multiple Sclerosis
JA Garson
JF Huggett
SA Bustin
MW Pfaffl
V Benes
Jo Vandesompele
GL Shipley
A1
Artikel in een tijdschrift
in
AIDS RESEARCH AND HUMAN RETROVIRUSES
2009
Using real-time qPCR to evaluate RNAi-mediated gene silencing
Tom Van Maerken
Pieter Mestdagh
S De Clercq
Filip Pattyn
Nurten Yigit
Anne De Paepe
J C Marine
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A2
Artikel in een tijdschrift
in
BioTechniques Protocol Guide
2009
Widespread dysregulation of MiRNAs by MYCN amplification and chromosomal imbalances in neuroblastoma: association of miRNA expression with survival
I. Bray
K. Bryan
S. Prenter
P. G. Buckley
N. H. Foley
D. M. Murphy
L. Alcock
Pieter Mestdagh
Jo Vandesompele
Franki Speleman
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLoS One
2009
2008
A constitutional translocation t(1;17)(p36.2;q11.2) in a neuroblastoma patient disrupts the human NBPF1 and ACCN1 genes
Karl Vandepoele
Vanessa Andries
Nadine Van Roy
Katrien Staes
Jo Vandesompele
Genevieve Laureys
Els De Smet
Geert Berx
Franki Speleman
Frans Van Roy
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2008
A constitutional translocation t(1;17)(p36.2;q11.2) in a neuroblastoma patient disrupts the the human NBPF1 and ACCN1 genes
Frans Van Roy
Klaas Vandepoele
Nadine Van Roy
Vanessa Andries
Katrien Staes
Jo Vandesompele
Genevieve Laureys
Els De Smet
Geert Berx
Franki Speleman
C3
Conferentie
2008
Aberrant splicing of the PTPRD gene mimics microdeletions identified at this locus in neuroblastomas (vol 47, pg 197, 2008)
Prakash Nair
Katleen De Preter
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Raymond L Stallings
Correctie
2008
Aberrant splicing of the PTPRD gene mimics microdeletions identified-at locus this in neuroblastomas
Prakash Nair
Katleen De Preter
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Raymond L Stallings
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENES CHROMOSOMES & CANCER
2008
CADM1 is a strong neuroblastoma candidate gene that maps within a 3.72 Mb critical region of loss on 11q23
Evi Michels
Jasmien Hoebeeck
Katleen De Preter
Alexander Schramm
Bénédicte Brichard
Anne De Paepe
Angelika Eggert
Genevieve Laureys
Jo Vandesompele
Franki Speleman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC CANCER
2008
Distinct transcriptional MYCN/c-MYC activities are associated with spontaneous regression or malignant progression in neuroblastomas
F Westermann
D Muth
A Benner
T Bauer
KO Henrich
A Oberthuer
B Brors
T Beissbarth
Jo Vandesompele
Filip Pattyn
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME BIOLOGY
2008
Expression profiling of a new class of non-coding RNAs in human neuroblastoma
Pieter Mestdagh
Filip Pattyn
Katleen De Preter
Joëlle Vermeulen
Anne De Paepe
Franki Speleman
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2008
Gene sets enrichment analysis of chromosomal regions
Katleen De Preter
Roland Barriot
Franki Speleman
Jo Vandesompele
Yves Moreau
C3
Conferentie
2008
High resolution genome analysis for improved prognostic stratification and candidate gene selection in neuroblastoma
Evi Michels
Franki Speleman
Jo Vandesompele
Proefschrift
2008
High throughput stem-loop RT-PCR miRNA expression profiling using minute amounts of input RNA reveals new insights in neuroblastoma pathogenesis
Pieter Mestdagh
Joëlle Vermeulen
Katleen De Preter
Filip Pattyn
Genevieve Laureys
Rosa Noguera
Marta Piqueras
Franki Speleman
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2008
High-throughput stem-loop RT-PCR miRNA expression profiling using minute amounts of input RNA
Pieter Mestdagh
Tom Feys
Nathalie Bernard
Simone Guenther
Caifu Chen
Vladimir Benes
Franki Speleman
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2008
High-throughput stem-loop RT-qPCR miRNA expression profiling using minute amounts of input RNA
Pieter Mestdagh
Tom Feys
Nathalie Bernard
Simone Guenther
Caifu Chen
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2008
Identification of 2 putative critical segments of 17q gain in neuroblastoma through integrative genomics
Jo Vandesompele
Evi Michels
Katleen De Preter
Björn Menten
Alexander Schramm
Angelika Eggert
Peter F Ambros
Valérie Combaret
Nadine Francotte
Francesca Antonacci
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER
2008
Low-cost dedicated mini-arrays for high-throughput analysis of DNA copy-number alterations in neuroblastoma
Katleen De Preter
Björn Menten
Sara De Brouwer
Candy Kumps
Evi Michels
Nadine Van Roy
Jo Vandesompele
Franki Speleman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCER LETTERS
2008
MICRORNA PROFILING OF EVI1 DEREGULATED MYELOID LEUKEMIA
An De Weer
Bruce Poppe
Pieter Mestdagh
Pieter Van Vlierberghe
Nadine Van Roy
Anne De Paepe
Bruno Verhasselt
Jo Vandesompele
Franki Speleman
C3
Conferentie
2008
MYCN regulates oncogenic and tumour suppressor miRNA networks in neuroblastoma
Pieter Mestdagh
Joëlle Vermeulen
Filip Pattyn
Liesbeth Vercruysse
Anne De Paepe
Genevieve Laureys
Franki Speleman
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2008
Positional gene enrichment analysis of gene sets for high-resolution identification of overrepresented chromosomal regions
Katleen De Preter
Roland Barriot
Franki Speleman
Jo Vandesompele
Yves Moreau
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2008
Positive correlation between relative mRNA expression of PRNP and SPRN in cerebral cortex of sheep
Evelyne Lampo
Mario Van Poucke
Jo Vandesompele
Tim Erkens
Alex Van Zeveren
Luc Peelman
C3
Conferentie
2008
Promoting coherent minimum reporting guidelines for biological and biomedical investigations: the MIBBI project
Chris F Taylor
Dawn Field
Susanna-Assunta Sansone
Jan Aerts
Rolf Apweiler
Michael Ashburner
Catherine A Ball
Pierre-Alain Binz
Molly Bogue
Tim Booth
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE BIOTECHNOLOGY
2008
Real-time qPCR as a tool for evaluating RNAi-mediated gene silencing
Tom Van Maerken
Pieter Mestdagh
Sarah De Clercq
Filip Pattyn
Nurten Yigit
Anne De Paepe
Jean-Christophe Marine
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A2
Artikel in een tijdschrift
in
Bioradiations
2008
Selection and validation of a set of reliable reference genes for quantitative sod gene expression analysis in C-elegans
David Hoogewijs
Koen Houthoofd
Filip Matthijssens
Jo Vandesompele
Jacques Vanfleteren
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC MOLECULAR BIOLOGY
2008
Standardization of real-time PCR gene expression data from independent biological replicates
Erik Willems
Luc Leyns
Jo Vandesompele
Redactioneel materiaal
2008
Unmasking of epigenetically silenced microRNAs in neuroblastoma
Jasmien Hoebeeck
Geert Declerck
Pieter Mestdagh
Filip Pattyn
Katleen De Preter
Joëlle Vermeulen
Nurten Yigit
Anne De Paepe
Franki Speleman
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2008
2007
Array CGH analysis of subnanogram quantities of DNA using whole genome amplification: opportunities for detection of copy number alterations in Hodgkin's lymphoma
Tom Feys
Bart Poppe
Bruno Verhasselt
Pascale De Paepe
Björn Menten
Jo Vandesompele
Nadine Van Roy
Anne De Paepe
Franki Speleman
C3
Conferentie
2007
ArrayCGH based classification of neuroblastoma into genomic subgroups
Sara De Brouwer
Evi Michels
Jo Vandesompele
Katleen De Preter
Jasmien Hoebeeck
Joëlle Vermeulen
Alexander Schramm
Jan J Molenaar
Björn Menten
Barbara Marques
et al.
C3
Conferentie
2007
ArrayCGH-based classification of neuroblastoma into genomic subgroups
Evi Michels
Jo Vandesompele
Katleen De Preter
Jasmien Hoebeeck
Joëlle Vermeulen
Alexander Schramm
Jan J Molenaar
Björn Menten
Barbara Marques
Raymond L Stallings
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENES CHROMOSOMES & CANCER
2007
Genome wide promoter methylation analysis in neuroblastoma with perspectives for integrated molecular profiling
Jasmien Hoebeeck
Maté Ongenaert
Evi Michels
Katleen De Preter
Joëlle Vermeulen
Nurten Yigit
Anne De Paepe
Wim Van Criekinge
Franki Speleman
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2007
Genomic classification according to numerical and segmental chromosome instabilities is of strong prognostic relevance in neuroblastoma
Gudrun Schleiermacher
Isabelle Janoueix-Lerosey
Evi Michels
Veronique Mosseri
Agnes Ribeiro
Delphine Lequin
Joëlle Vermeulen
Jo Vandesompele
Gaelle Pierron
Jerome Couturier
et al.
C3
Conferentie
2007
High resolution tiling-path BAC array deletion mapping suggests commonly involved 3p21-p22 tumor suppressor genes in neuroblastoma and more frequent tumors
Jasmien Hoebeeck
Evi Michels
Björn Menten
Nadine Van Roy
Angelika Eggert
Alexander Schramm
Katleen De Preter
Nurten Yigit
Els De Smet
Anne De Paepe
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER
2007
Identification and expression analysis of genes associated with bovine blastocyst formation
Karen Goossens
Ann Van Soom
Mario Van Poucke
Leen Vandaele
Jo Vandesompele
Alex Van Zeveren
Luc Peelman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC DEVELOPMENTAL BIOLOGY
2007
Integrative genomics in neuroblastoma research
Franki Speleman
Katleen De Preter
Evi Michels
Jasmien Hoebeeck
Filip Pattyn
Joëlle Vermeulen
Nadine Van Roy
Anne De Paepe
Genevieve Laureys
Jo Vandesompele
C3
Conferentie
2007
MicroRNA profiling of EVI1 deregulated myeloid leukemia
An De Weer
Bruce Poppe
Pieter Mestdagh
Nadine Van Roy
Anne De Paepe
Bruno Verhasselt
Jo Vandesompele
Franki Speleman
C3
Conferentie
2007
Molecular dissection of isolated disease features in mosaic neurofibromatosis type 1
Ophélia Maertens
Sofie De Schepper
Jo Vandesompele
Hilde Brems
Ine Heyns
Sandra Janssens
Franki Speleman
Eric Legius
Ludwine Messiaen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
AMERICAN JOURNAL OF HUMAN GENETICS
2007
New insights into the genetic basis of neuroblastoma
Franki Speleman
Katleen De Preter
Jasmien Hoebeeck
Nadine Van Roy
Jo Vandesompele
A4
Artikel in een tijdschrift
in
VERHANDELINGEN VAN DE KONINKLIJKE ACADEMIE VOOR GENEESKUNDE VAN BELGIË
2007
Rapid and easy prenatal diagnosis of sickle cell anemia using double-dye LNA probe technology
Hakim E. Housni
Jo Vandesompele
Pascal Vannuffel
Beatrice Gulbis
Jasmine Parma
Pascale Cochaux
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BRITISH JOURNAL OF HAEMATOLOGY
2007
Real-time PCR quality control for gene expression profiling on the LightCycler 480 System
Jasmien Hoebeeck
Filip Pattyn
Y NURTEN
E DE SMET
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A3
Artikel in een tijdschrift
in
Biochemica
2007
Real-time quantitative PCR as an alternative to Southern blot or fluorescence in situ hybridization for detection of gene copy number changes.
Jasmien Hoebeeck
Franki Speleman
Jo Vandesompele
Hoofdstuk in een boek
in
Methods in Molecular Biology
2007
Report of a female patient with mental retardation and tall stature due to a chromosomal rearrangement disrupting the OPHN1 gene on Xq12
Björn Menten
Karen Buysse
Stefan Vermeulen
VALERIE MEERSSCHAUT
Jo Vandesompele
BL NG
NP CARTER
Geert Mortier
Franki Speleman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
EUROPEAN JOURNAL OF MEDICAL GENETICS
2007
Translating expression profiling into a clinically feasible test to predict neuroblastoma outcome
A SCHRAMM
Jo Vandesompele
JH SCHULTE
S DREESMANN
L KADERALI
B BRORS
R EILS
Franki Speleman
A EGGERT
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CLINICAL CANCER RESEARCH
2007
qBase relative quantification framework and software for management and automated analysis of real-time quantitative PCR data
Jan Hellemans
Geert Mortier
Anne De Paepe
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME BIOLOGY
2007
2006
Comprehensive NF1 screening on cultured Schwann cells from neurofibromas: towards an extensive study of the somatic mutation spectrum in neurofibromatosis type 1
Ophélia Maertens
Hilde Brems
Jo Vandesompele
Thomas De Raedt
Ine Heyns
Thorsten Rosenbaum
Sofie De Schepper
Anne De Paepe
Geert Mortier
Sandra Janssens
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
Human Mutation
2006
Development of a new set of reference genes for normalization of real-time RT-PCR data of porcine backfat and Longissimus dorsi muscle, and evaluation with PPARGC1A
Tim Erkens
Mario Van Poucke
Jo Vandesompele
Karen Goossens
Alex Van Zeveren
Luc Peelman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC BIOTECHNOLOGY
2006
Differential prion protein mRNA expression in sheep blood
Mario Van Poucke
Jo Vandesompele
Adelheid De Ketelaere
Karen Goossens
Marc Mattheeuws
Alex Van Zeveren
Luc Peelman
C3
Conferentie
2006
EVII is consistently expressed as principal transcript in common and rare recurrent 3q26 rearrangements
Bruce Poppe
N DASTUGUE
Jo Vandesompele
Barbara Cauwelier
B DE SMET
Nurten Yigit
Anne De Paepe
J CERVERA
C RECHER
V DE MAS
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENES CHROMOSOMES & CANCER
2006
Emerging patterns of cryptic chromosomal imbalance in patients with idiopathic mental retardation and multiple congenital anomalies: a new series of 140 patients and review of published reports
Björn Menten
N MAAS
B THIENPONT
Karen Buysse
Jo Vandesompele
C MELOTTE
T DE RAVEL
S VAN VOOREN
I BALIKOVA
L BACKX
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF MEDICAL GENETICS
2006
Expression profiling suggests underexpression of the GABA(A) receptor subunit delta in the fragile X knockout mouse model
I GANTOIS
Jo Vandesompele
Franki Speleman
E REYNIERS
R D'HOOGE
LA SEVERIJNEN
R WILLEMSEN
F TASSONE
RF KOOY
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NEUROBIOLOGY OF DISEASE
2006
Genome wide measurement of DNA copy number changes in neuroblastoma: dissecting amplicons and mapping losses, gains and breakpoints
Evi Michels
Jo Vandesompele
Jasmien Hoebeeck
Björn Menten
Katleen De Preter
Genevieve Laureys
Nadine Van Roy
Franki Speleman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CYTOGENETIC AND GENOME RESEARCH
2006
High throughput analyses for assessment of DNA copy number and methylation status for chromosome 3p genes in high-risk neuroblastoma
Jasmien Hoebeeck
Franki Speleman
Jo Vandesompele
Proefschrift
2006
Human fetal neuroblast and neuroblastoma transcriptome analysis confirms neuroblast origin and highlights neuroblastoma candidate genes
Katleen De Preter
Jo Vandesompele
Pierre Heimann
Nurten Yigit
Siv Beckman
Alexander Schramm
Angelika Eggert
Raymond L Stallings
Yves Benoit
Marleen Renard
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME BIOLOGY
2006
Identification of MYCN transcriptional target genes in neuroblastoma
Filip Pattyn
Franki Speleman
Jo Vandesompele
Proefschrift
2006
MethBLAST and methPrimerDB: web-tools for PCR based methylation analysis
Filip Pattyn
Jasmien Hoebeeck
Piet Robbrecht
Evi Michels
Anne De Paepe
G BOTTU
D COORNAERT
R HERZOG
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC BIOINFORMATICS
2006
Murine m cells express annexin V specifically
Phebe Verbrugghe
Wim Waelput
Birger Dieriks
Anouk Waeytens
Jo Vandesompele
Claude Cuvelier
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PATHOLOGY
2006
PPARGC1A mRNA expression in backfat and longissimus dorsi muscle in the pig
Tim Erkens
Mario Van Poucke
Jo Vandesompele
Karen Goossens
Alex Van Zeveren
Luc Peelman
C3
Conferentie
2006
PRNP polymorphisms in sheep with differential PRNP mRNA expression in blood
Mario Van Poucke
Jo Vandesompele
Adelheid De Ketelaere
Karen Goossens
Alex Van Zeveren
Luc Peelman
C1
Conferentie
2006
Potential application of ELAVL4 real-time quantitative reverse transcription-PCR for detection of disseminated neuroblastoma cells
Katrien Swerts
Barbara De Moerloose
Catharina Dhooge
Jo Vandesompele
C HOYOUX
K BEISKE
Yves Benoit
Genevieve Laureys
Jan Philippé
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CLINICAL CHEMISTRY
2006
RTPrimerDB : the real-time PCR primer and probe database, major update 2006
Filip Pattyn
Piet Robbrecht
Anne De Paepe
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2006
Real-time quantitative allele discrimination assay using 3 ' locked nucleic acid primers for detection of low-percentage mosaic mutations
Ophélia Maertens
E LEGIUS
Franki Speleman
L MESSIAEN
Jo Vandesompele
Redactioneel materiaal
2006
Small-molecule MDM2 antagonists as a new therapy concept for neuroblastoma
Tom Van Maerken
Franki Speleman
J VERMEULEN
Irina Lambertz
Sarah De Clercq
Els De Smet
Nurten Yigit
V COPPENS
Jan Philippé
Anne De Paepe
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCER RESEARCH
2006
The potential (radio-)biological impact of launch vibration
Philippe Baert
Tim Van Cleynenbreugel
Jo Vandesompele
Sofie De Schynkel
Jos Vander Sloten
Patric Van Oostveldt
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ACTA ASTRONAUTICA
2006
The von Hippel-Lindau tumor suppressor gene expression level has prognostic value in neuroblastoma
Jasmien Hoebeeck
Jo Vandesompele
Helén Nisson
Katleen De Preter
Nadine Van Roy
Els De Smet
Nurten Yigit
Anne De Paepe
Genevieve Laureys
Sven Påhlman
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER
2006
Translocation-excision-deletion-amplification mechanism leading to nonsyntenic coamplification of MYC and ATBF1
Nadine Van Roy
Jo Vandesompele
Björn Menten
H NILSSON
Els De Smet
M ROCCHI
Anne De Paepe
S PAHLMAN
Franki Speleman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENES CHROMOSOMES & CANCER
2006
2005
A dual fluorescent multiprobe assay for prion protein genotyping in sheep
Mario Van Poucke
Jo Vandesompele
Marc Mattheeuws
Alex Van Zeveren
Luc Peelman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC INFECTIOUS DISEASES
2005
A dual fluorescent multiprobe assay for prion protein genotyping in sheep
Mario Van Poucke
Jo Vandesompele
Marc Mattheeuws
Alex Van Zeveren
Luc Peelman
C3
Conferentie
2005
A new recurrent inversion, inv(7)(p15q34), leads to transcriptional activation of HOXA10 and HOXA11 in a subset of T-cell acute lymphoblastic leukemias
Franki Speleman
Barbara Cauwelier
N DASTUGUE
J COOLS
Bruno Verhasselt
Bruce Poppe
Nadine Van Roy
Jo Vandesompele
C GRAUX
A UYTTEBROECK
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
LEUKEMIA
2005
Differential polyadenylation of ribosomal RNA during post-transcriptional processing in Leishmania
S DECUYPERE
Jo Vandesompele
V YARDLEY
S DE DONCKER
T LAURENT
S RIJAL
A LLANOS-CUENTAS
F CHAPPUIS
J AREVALO
JC DUJARDIN
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PARASITOLOGY
2005
Identification of an unbalanced X-autosome translocation by array CGH in a boy with a syndromic form of chondrodysplasia punctata brachytelephalangic type
Björn Menten
Karen Buysse
Jo Vandesompele
Els De Smet
Anne De Paepe
Franki Speleman
Geert Mortier
A1
Artikel in een tijdschrift
in
EUROPEAN JOURNAL OF MEDICAL GENETICS
2005
Impact of RNA quality on reference gene expression stability
Claudina Perez Novo
Cindy Claeys
Franki Speleman
Paul Van Cauwenberge
Claus Bachert
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOTECHNIQUES
2005
No evidence for correlation of DDX1 gene amplification with improved survival probability in patients with MYCN-amplified neuroblastomas
Katleen De Preter
Franki Speleman
Valérie Combaret
John Lunec
Julien Board
Andy Pearson
Anne De Paepe
Nadine Van Roy
Genevieve Laureys
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY
2005
Positional and functional mapping of a neuroblastoma differentiation gene on chromosome 11
Katleen De Preter
Jo Vandesompele
Björn Menten
Philippa Carr
Heike Fiegler
Anders Edsjö
Nigel P Carter
Nurten Yigit
Wim Waelput
Nadine Van Roy
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC GENOMICS
2005
Rapid detection of VHL exon deletions using real-time quantitative PCR
Jasmien Hoebeeck
R VAN DER LUIJT
Bruce Poppe
Els De Smet
Nurten Yigit
Kathleen Claes
R ZEWALD
GJ DE JONG
Anne De Paepe
Franki Speleman
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
LABORATORY INVESTIGATION
2005
Selection of reference genes for quantitative real-time PCR in bovine preimplantation embryos
Karen Goossens
Mario Van Poucke
Ann Van Soom
Jo Vandesompele
Alex Van Zeveren
Luc Peelman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC DEVELOPMENTAL BIOLOGY
2005
Unequivocal delineation of clinicogenetic subgroups and development of a new model for improved outcome prediction in neuroblastoma
Jo Vandesompele
M BAUDIS
Katleen De Preter
Nadine Van Roy
P AMBROS
N BOWN
C BRINKSCHMIDT
H CHRISTIANSEN
V COMBARET
M LASTOWSKA
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF CLINICAL ONCOLOGY
2005
arrayCGHbase: an analysis platform for comparative genomic hybridization microarrays
Björn Menten
Filip Pattyn
Katleen De Preter
Piet Robbrecht
Evi Michels
Karen Buysse
Geert Mortier
Anne De Paepe
Steven van Vooren
Joris Vermeesch
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC BIOINFORMATICS
2005
2004
Combined subtractive cDNA cloning and array CGH: an efficient approach for identification of overexpressed genes in DNA amplicons
Katleen De Preter
Filip Pattyn
Geert Berx
Kristin Strumane
Björn Menten
Frans Van Roy
Anne De Paepe
Franki Speleman
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC GENOMICS
2004
Expression analyses identify MLL as a prominent target of 11q23 amplification and support an etiologic role for MLL gain of function in myeloid malignancies
Bruce Poppe
Jo Vandesompele
C SCHOCH
C LINDVALL
K MROZEK
CD BLOOMFIELD
HB BEVERLOO
L MICHAUX
N DASTUGUE
C HERENS
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BLOOD
2004
Gene-expression profiling reveals distinct expression patterns for classic versus variant Merkel cell phenotypes and new classifier genes to distinguish Merkel cell from small-cell lung carcinoma
M VAN GELE
GM BOYLE
AL COOK
Jo Vandesompele
Tom Boonefaes
Pieter Rottiers
Nadine Van Roy
Anne De Paepe
PG PARSONS
JH LEONARD
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOGENE
2004
Loss-of-function mutations in LEMD3 result in osteopoikilosis, Buschke-Ollendorff syndrome and melorheostosis
Jan Hellemans
O PREOBRAZHENSKA
Andy Willaert
P DEBEER
PETER VERDONK
T COSTA
K JANSSENS
Björn Menten
Nadine Van Roy
Stefan Vermeulen
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE GENETICS
2004
Neuroblastoma cells with overexpressed MYCN retain their capacity to undergo neuronal differentiation
A EDSJO
H NILSSON
Jo Vandesompele
J KARLSSON
Filip Pattyn
LA CULP
Franki Speleman
S PAHLMAN
A1
Artikel in een tijdschrift
in
LABORATORY INVESTIGATION
2004
No evidence for involvement of SDHD in neuroblastoma pathogenesis
Katleen De Preter
Jo Vandesompele
Jasmien Hoebeeck
Caroline Vandenbroecke
Joél Smet
Annick Nuyts
Genevieve Laureys
Valérie Combaret
Nadine Van Roy
Frank Roels
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC CANCER
2004
The human FOXL2 mutation database
DIANE BEYSEN
Jo Vandesompele
L MESSIAEN
Anne De Paepe
Elfride De Baere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
HUMAN MUTATION
2004
2003
Application of laser capture microdissection in genetic analysis of neuroblastoma and neuroblastoma precursor cells
Katleen De Preter
Jo Vandesompele
Pierre Heimann
Mark M Kockx
Mireille Van Gele
Jasmien Hoebeeck
Els De Smet
Martine Demarche
Genevieve Laureys
Nadine Van Roy
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCER LETTERS
2003
Evidence for involvement of a tumor suppressor gene on 1p in malignant peripheral nerve sheath tumors
Nadine Van Roy
M VAN GELE
Jo Vandesompele
Ludwine Messiaen
Simon Van Belle
R SCIOT
K MORTELE
J GYSELINCK
E MICHIELS
Ramses Forsyth
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCER GENETICS AND CYTOGENETICS
2003
Expression profiling reveals involvement of the GABA(A) receptor subunit delta in the fragile X syndrome
I GANTOIS
Jo Vandesompele
Franki Speleman
R D'HOOGE
L SEVERIJNEN
R WILLEMSEN
F TASSONE
R KOOY
C3
Conferentie
2003
ID2 expression in neuroblastoma does not correlate to MYCN levels and lacks prognostic value
Jo Vandesompele
Anders Edsjö
Katleen De Preter
Håkan Axelson
Franki Speleman
Sven Påhlman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOGENE
2003
More than 125 FOXL2 mutations and variants in BPES and POF patients in the human FOXL2 allelic variant database
DIANE BEYSEN
Jo Vandesompele
Filip Pattyn
Anne De Paepe
Ludwine Messiaen
Elfride De Baere
C3
Conferentie
2003
Quantitative real time polymerase chain reaction for measurement of human interleukin-5 receptor alpha spliced isoforms mRNA
Claudina Perez Novo
Jo Vandesompele
Gabriële Holtappels
Franki Speleman
Philippe Gevaert
Paul Van Cauwenberge
Claus Bachert
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC BIOTECHNOLOGY
2003
RTPrimerDB : the Real-Time PCR primer and probe database
Filip Pattyn
Franki Speleman
Anne De Paepe
Jo Vandesompele
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2003
Regulation of peroxisomal genes by DHEA and vitamin D
M DEPRETER
Jo Vandesompele
S FERDINANDUSSE
Franki Speleman
Frank Roels
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PEROXISOMAL DISORDERS AND REGULATION OF GENES
2003
2002
A brief commentary on "Chromosomal aberrations in neuroblastoma cell lines identified by cross species color banding and chromosome painting".
Jo Vandesompele
Franki Speleman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCER GENETICS AND CYTOGENETICS
2002
Accurate normalization of real-time quantitative RT-PCR data by geometric averaging of multiple internal control genes
Jo Vandesompele
Katleen De Preter
Filip Pattyn
Bruce Poppe
Nadine Van Roy
Anne De Paepe
Franki Speleman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENOME BIOLOGY
2002
Delineation of the heterogeneous pattern of genomic changes and identifacation of differentially expressed genes in neuroblastoma
Jo Vandesompele
Proefschrift
2002
Elimination of primer-dimer artifacts and genomic coamplification using a two-step SYBR green I real time RT-PCR.
Jo Vandesompele
Anne De Paepe
Franki Speleman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ANALYTICAL BIOCHEMISTRY
2002
Localization of the 17q breakpoint of a constitutional 1;17 translocation in a patient with neuroblastoma within a 25-kb segment located between the ACCN1 and TLK2 genes and near the distal breakpoints of two microdeletions in neurofibromatosis type I patients.
Nadine Van Roy
Jo Vandesompele
Geert Berx
K STAES
Mireille Van Gele
Els De Smet
Anne De Paepe
Genevieve Laureys
P VAN DER DRIFT
R VERSTEEG
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENES CHROMOSOMES & CANCER
2002
Modulation of the peroxisomal gene expression pattern by dehydroepiandrosterone and vitamin D : therapeutic implications
Marianne Depreter
Jo Vandesompele
Marc Espeel
Franki Speleman
Frank Roels
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF ENDOCRINOLOGY
2002
Pathological splice mutations outside the invariant AG/GT splice sites of BRCA1 exon 5 increase alternative transcript levels in the 5 ' end of the BRCA1 gene.
Kathleen Claes
Jo Vandesompele
Bruce Poppe
K DAHAN
I COENE
Anne De Paepe
Ludwine Messiaen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ONCOGENE
2002
Quantification of MYCN, DDX1, and NAG gene copy number in neuroblastoma using a real-time quantitative PCR assay.
Katleen De Preter
Franki Speleman
V COMBARET
J LUNEC
Genevieve Laureys
B EUSSEN
N FRANCOTTE
J BOARD
A PEARSON
Anne De Paepe
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MODERN PATHOLOGY
2002
Quantification of NF1 transcripts reveals novel highly expressed splice variants.
Ina Vandenbroucke
Jo Vandesompele
Anne De Paepe
Ludwine Messiaen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
FEBS LETTERS
2002
Quantification of soluble and membrane anchored isoforms of IL-5R alpha using real-time PCR
CP NOVO
Jo Vandesompele
I VANDENBROUCKE
G HOLTAPPELS
Philippe Gevaert
Paul Van Cauwenberge
Claus Bachert
C3
Conferentie
2002
2001
Combined M-FISH and CGH analysis allows comprehensive description of genetic alterations in neuroblastoma cell lines.
Nadine Van Roy
Heidi Van Limbergen
Jo Vandesompele
Mireille Van Gele
Bruce Poppe
H SALWEN
Genevieve Laureys
N MANOEL
Anne De Paepe
Franki Speleman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENES CHROMOSOMES & CANCER
2001
Comparative genomic hybridization (CGH) analysis of stage 4 neuroblastoma reveals high frequency of 11Q deletion in tumors lacking MYCN amplification.
D PLANTAZ
Jo Vandesompele
Nadine Van Roy
M LASTOWSKA
N BOWN
V COMBARET
MC FAVROT
O DELATTRE
J MICHON
J BENARD
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
INTERNATIONAL JOURNAL OF CANCER
2001
Multicentre analysis of patterns of DNA gains and losses in 204 neuroblastoma tumors: How many genetic subgroups are there?
Jo Vandesompele
Franki Speleman
Nadine Van Roy
Genevieve Laureys
C BRINKSCHMIDT
H CHRISTIANSEN
F LAMPERT
M LASTOWSKA
N BOWN
A PEARSON
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MEDICAL AND PEDIATRIC ONCOLOGY
2001
Quantification of splice variants using real-time PCR
Ina Vandenbroucke
Jo Vandesompele
Anne De Paepe
Ludwine Messiaen
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NUCLEIC ACIDS RESEARCH
2001
2000
Chromosome 2 short arm translocations revealed by M-FISH analysis of neuroblastoma cell lines.
Nadine Van Roy
Heidi Van Limbergen
Jo Vandesompele
Mireille Van Gele
Bruce Poppe
Genevieve Laureys
Anne De Paepe
Franki Speleman
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MEDICAL AND PEDIATRIC ONCOLOGY
2000
Structure and mutation analysis of the gene encoding DNA fragmentation factor 40 (caspase-activated nuclease), a candidate neuroblastoma tumour suppressor gene.
H JUDSON
Nadine Van Roy
L STRAIN
Jo Vandesompele
Mireille Van Gele
Franki Speleman
DT BONTHRON
A1
Artikel in een tijdschrift
in
HUMAN GENETICS
2000
1999
Neuroblastoma: from molecular cytogenetics to gene expression profiling
Jo Vandesompele
Nadine Van Roy
Geert Berx
D PLANTAZ
Anne De Paepe
Genevieve Laureys
Frans Van Roy
Franki Speleman
C3
Conferentie
1999
1998
Characteristic pattern of chromosomal gains and losses in Merkel cell carcinoma detected by comparative genomic hybridization
Mireille Van Gele
Franki Speleman
Jo Vandesompele
Nadine Van Roy
JH Leonard
A1
Artikel in een tijdschrift
in
CANCER RESEARCH
1998
Genetic heterogeneity of neuroblastoma studied by comparative genomic hybridization.
Jo Vandesompele
Nadine Van Roy
Mireille Van Gele
Genevieve Laureys
P AMBROS
P HEIMANN
C DEVALCK
E SCHUURING
P BROCK
J OTTEN
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENES CHROMOSOMES & CANCER
1998
Molecular analysis of lp36 breakpoints in two Merkel cell carcinomas.
Mireille Van Gele
Nadine Van Roy
SG RONAN
Ludwine Messiaen
Jo Vandesompele
Marie Geerts
M NAEYAERT
E BLENNOW
I BAR-AM
TK DAS GUPTA
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
GENES CHROMOSOMES & CANCER
1998