Research Explorer

Uw browser ondersteunt geen JavaScript of JavaScript is niet ingeschakeld. Zonder JavaScript kan sommige functionaliteit van deze webapplicatie uitgeschakeld zijn of foutmeldingen veroorzaken. Raadpleeg om JavaScript in te schakelen de handleiding van uw browser of contacteer uw systeembeheerder.

Onderzoeker

Celine Everaert

42 Resultaten

2022

CiLiQuant : quantification of RNA junction reads based on their circular or linear transcript origin

Annelien MorlionEva HulstaertMarieke VrommanJasper AnckaertCeline EveraertJo VandesompelePieter Mestdagh

A2 Artikel in een tijdschrift in FRONTIERS IN BIOINFORMATICS

Complementarity of single-nucleus and single-cell RNA sequencing to study the transcriptional heterogeneity of neuroblastoma tumors

Noah BonineTinne ThonéBavo VannesteLiselot MusCeline EveraertBram De WildeFranki SpelemanCharlotte ScottKatleen De Preter

The adrenergic-specific long non-coding RNA NESPR controls survival of neuroblastoma cells

Louis DelhayeEric de Bony de LavergneDries RombautLim Fang QiBieke DecaestekerLisa DepestelAmber LouwagieEva D'haenePieter-Jan VoldersNurten YigitDelphine De SutterJasper AnckaertTan Tze KingSarah-Lee BekaertCeline EveraertBjörn MentenJo VandesompeleSteve LefeverFranki SpelemanTakaomi SandaSven EyckermanPieter Mestdagh

2021

Custom long non-coding RNA capture enhances detection sensitivity in different human sample types

Annelien MorlionCeline EveraertJustine NuytensEva HulstaertJo VandesompelePieter Mestdagh

A1 Artikel in een tijdschrift in RNA BIOLOGY

Messenger RNA capture sequencing of extracellular RNA from human biofluids using a comprehensive set of spike-in controls

Eva HulstaertAnneleen DecockAnnelien MorlionCeline EveraertKimberly VerniersJustine NuytensNele NijsGary P. SchrothScott KuerstenStephen M. GrossPieter MestdaghJo Vandesompele

A2 Artikel in een tijdschrift in STAR PROTOCOLS

2020

Development of extracellular RNA sequencing technologies and applications for cancer diagnosis and monitoring

Celine EveraertPieter MestdaghJo Vandesompele

Imaging-AMARETTO : an imaging genomics software tool to interrogate multiomics networks for relevance to radiography and histopathology imaging biomarkers of clinical outcomes

Olivier GevaertMohsen NabianShaimaa BakrCeline EveraertJayendra ShindeArtur ManukyanTed LiefeldThorin TaborJishu XuJoachim LupbergerBrian J. HaasThomas F. BaumertMikel HernaezMichael ReichFrancisco J. QuintanaErik J. UhlmannAnna M. KrichevskyJill P. MesirovVincent CareyNathalie Pochet

A2 Artikel in een tijdschrift in JCO CLINICAL CANCER INFORMATICS

Performance assessment of total RNA sequencing of human biofluids and extracellular vesicles

Celine EveraertHetty HelsmoortelAnneleen DecockEva HulstaertRuben Van PaemelKimberly VerniersJustine NuytensJasper AnckaertNele NijsJoeri TulkensBert DhondtAn HendrixPieter MestdaghJo Vandesompele

SPECS: a non-parametric method to identify tissue-specific molecular features for unbalanced sample groups

Celine EveraertPieter-Jan VoldersAnnelien MorlionOlivier ThasPieter Mestdagh

A1 Artikel in een tijdschrift in BMC Bioinformatics

Substantial performance differences among RNA purification kits and blood collection tubes in the Extracellular RNA Quality Control study-important considerations for liquid biopsies

Anneleen DecockJasper AnckaertCeline EveraertJustine NuytensScott KuerstenAn HendrixJo VandesompelePieter MestdaghBert DhondtRuben Van PaemelKimberly VerniersGary SchrothCarolina FierroNurten YigitKathleen SchoofsAnnelien MorlionJill DeleuEva HulstaertFrancisco Avila CobosNele NijsEveline Vanden EyndeHetty HelsmoortelOlivier De WeverAnnouck Philippron

2019

Combined analysis of metabolomes, proteomes, and transcriptomes of hepatitis C virus-infected cells and liver to identify pathways associated with disease development

Joachim LupbergerTom CroonenborghsArmando Andres Roca SuarezNicolaas Van RenneFrank JühlingMarine A OudotAlessia VirzìSimonetta BandieraCarole JameyGergö MeszarosDaniel BrumaruAtish MukherjiSarah C DurandLaura HeydmannEloi R VerrierHussein El SaghireNourdine HamdaneRalf BartenschlagerShaunt FereshetianEvelyn RambergerRileen SinhaMohsen NabianCeline EveraertMarko JovanovicPhilipp MertinsSteven A CarrKazuaki ChayamaNassim Dali-YoucefRomeo RicciNabeel M BardeesyNaoto FujiwaraOlivier GevaertMirjam B ZeiselYujin HoshidaNathalie PochetThomas F Baumert

A1 Artikel in een tijdschrift in GASTROENTEROLOGY

Dramatic differences in RNA purification kit performance in the extracellular RNA quality control study : important considerations for liquid biopsies

Annelien MorlionJasper AnckaertFrancisco Avila CobosAnneleen DecockOlivier De WeverBert DhondtCeline EveraertCarolina FierroHetty HelsmoortelAn HendrixEva HulstaertScott KuerstenPieter MestdaghNele NijsJustine NuytensAnnouck PhilippronGary SchrothEveline Vanden EyndeJo VandesompeleRuben Van PaemelKimberly VerniersNurten Yigit

Dramatic differences in RNA purification kit performance in the extracellular RNA quality control study : important considerations for liquid biopsies

Annelien MorlionJasper AnckaertFrancisco Avila CobosAnneleen DecockOlivier De WeverBert DhondtCeline EveraertCarolina FierroHetty HelsmoortelAn HendrixEva HulstaertScott KuerstenPieter MestdaghNele NijsJustine NuytensAnnouck PhilippronGary SchrothEveline Vanden EyndeJo VandesompeleRuben Van PaemelKimberly VerniersNurten Yigit

Evaluating the impact of RNA purification kit and blood collection tube in the extracellular RNA quality control study : important considerations for liquid biopsies

Annelien MorlionJasper AnckaertFrancisco Avila CobosAnneleen DecockJill DeleuOlivier De WeverBert DhondtCeline EveraertCarolina FierroHetty HelsmoortelAn HendrixEva HulstaertScott KuerstenPieter MestdaghNele NijsJustine NuytensAnnouck PhilippronKathleen SchoofsGary SchrothEveline Vanden EyndeJo VandesompeleRuben Van PaemelKimberly VerniersNurten Yigit

Integrative analysis identifies lincRNAs up- and downstream of neuroblastoma driver genes

Dries RombautHua-Sheng ChiuBieke DecaestekerCeline EveraertNurten YigitAgathe PelthierIsabelle JanoueixChristophe BartenhagenMatthias FischerStephen RobertsNicky D'HaeneKatleen De PreterFranki SpelemanGeertrui DeneckerPavel SumazinJo VandesompeleSteve LefeverPieter Mestdagh

A1 Artikel in een tijdschrift in SCIENTIFIC REPORTS

Long noncoding RNA expression profiling in cancer : challenges and opportunities

Lucia LorenziFrancisco Avila CobosAnneleen DecockCeline EveraertHetty HelsmoortelSteve LefeverKaren VerboomPieter-Jan VoldersFranki SpelemanJo VandesompelePieter Mestdagh

A1 Artikel in een tijdschrift in GENES CHROMOSOMES & CANCER

Performance assessment of total RNA sequencing of human biofluids and extracellular vesicles

Celine EveraertHetty HelsmoortelAnneleen DecockEva HulstaertRuben Van PaemelKimberly VerniersJustine NuytensJasper AnckaertNele NijsJoeri TulkensBert DhondtAn HendrixPieter MestdaghJo Vandesompele

A1 Artikel in een tijdschrift in SCIENTIFIC REPORTS

SMARTer single cell total RNA sequencing

Karen VerboomCeline EveraertNathalie BolducKenneth LivakNurten YigitDries RombautJasper AnckaertMorten VenøJørgen KjemsFranki SpelemanPieter MestdaghJo Vandesompele

SMARTer single cell total RNA-sequencing

Karen VerboomCeline EveraertNathalie BolducKenneth LivakNurten YigitDries RombautJasper AnckaertSimon LeeMorten VenøJørgen KjemsFranki SpelemanPieter MestdaghJo Vandesompele

A1 Artikel in een tijdschrift in NUCLEIC ACIDS RESEARCH

TFutils : data structures for transcription factor bioinformatics

Benjamin J StubbsShweta GopaulakrishnanKimberly GlassNathalie PochetCeline EveraertBenjamin RabyVincent Carey

A2 Artikel in een tijdschrift in F1000RESEARCH

The long noncoding RNA lncNB1 promotes tumorigenesis by interacting with ribosomal protein RPL35

Pei Y LiuAndrew E TeeGiorgio MilazzoKatherine M HannanJesper MaagSujanna MondalBernard AtmadibrataNenad BartonicekHui PengNicholas HoChelsea MayohRoberto CiaccioYuting SunMichelle J HendersonJixuan GaoCeline EveraertAmy J HulmeMatthew WongQing LanBelamy B CheungLeming ShiJenny Y WangThorsten SimonMatthias FischerXu D ZhangGlenn M MarshallMurray D NorrisMichelle HaberJo VandesompeleJinyan LiPieter MestdaghRoss D HannanMarcel E DingerGiovanni PeriniTao Liu

A1 Artikel in een tijdschrift in NATURE COMMUNICATIONS

2018

Detecting long non-coding RNA biomarkers in prostate cancer liquid biopsies : hype or hope?

Hetty HelsmoortelCeline EveraertNicolaas LumenPiet OstJo Vandesompele

A2 Artikel in een tijdschrift in NON-CODING RNA RESEARCH

Differential gene expression analysis tools exhibit substandard performance for long non-coding RNA-sequencing data

Alemu Takele AssefaKatrijn De PaepeCeline EveraertPieter MestdaghOlivier ThasJo Vandesompele

A1 Artikel in een tijdschrift in GENOME BIOLOGY

Longitudinal evaluation of murine serum microRNAs as biomarkers for neuroblastoma burden and therapeutic TP53 reactivation

Alan Van GoethemNurten YigitCeline EveraertMyrthala Moreno-SmithSanjeev A VasudevanFjoralba ZekaFleur DemunckEveline BarbieriFranki SpelemanPieter MestdaghJason ShohetJo VandesompeleTom Van Maerken

The extracellular RNA quality control (exRNAQC) study : controlling pre-analytical variables of RNA sequencing in blood-based precision medicine

Francisco Avila CobosAnneleen DecockKatleen De PreterOlivier De WeverBram De WildeBert DhondtCeline EveraertCarolina FierroHetty HelsmoortelAn HendrixEva HulstaertPieter MestdaghNele NijsAnnouck PhilippronThomas PiofczykJo VandesompeleRuben Van PaemelKimberly VerniersNurten Yigit

The neuroblastoma-specific lncRNA NESPR activates PHOX2B expression and is essential for neuroblastoma cell survival

Dries RombautTiago França BrazaoLouis DelhayeEva D'haeneGiorgio MilazzoRoberto CiaccioNurten YigitCeline EveraertMatthias FischerThorsten SimonJohan Van NesRogier VersteegBjörn MentenGiovanni PerriniJo VandesompeleSven EyckermanSteve LefeverPieter Mestdagh

Zipper plot : visualizing transcriptional activity of genomic regions

Francisco Avila CobosJasper AnckaertPieter-Jan VoldersCeline EveraertDries RombautJo VandesompeleKatleen De PreterPieter Mestdagh

2017

Benchmarking of RNA-sequencing analysis workflows using whole-transcriptome RT-qPCR expression data

Celine EveraertManuel LuypaertJesper LV MaagQuek Xiu ChengMarcel E DingerJan HellemansPieter Mestdagh

A1 Artikel in een tijdschrift in SCIENTIFIC REPORTS

PAN-cancer identification of ncRNAs with a high therapeutic and diagnostic potential

Celine EveraertJo VandesompelePieter Mestdagh

Pancreatic cancer : hope to improve prognosis through thorough analysis of DNA and RNA biomarkers for detection and therapy monitoring in liquid biopsies

Greet WiemeFrederik BerrevoetAude VanlanderMarc De ManKaren GeboesJo Van DorpeAnne HoorensMalaïka Van der LindenJurgen Van LimmenAnn De BruyneCeline EveraertAnneleen DecockJo VandesompeleBjörn MentenKathleen Claes

The transcriptome of lung tumor-infiltrating dendritic cells reveals a tumor-supporting phenotype and a microRNA signature with negative impact on clinical outcome

Lotte PyfferoenElisabeth BrabantsCeline EveraertNancy De CabooterKelly HeynsKim DeswarteManon VanheerswynghelsSofie De PrijckGlenn WaegemansMelissa DullaersHamida HammadOlivier De WeverPieter MestdaghJo VandesompeleBart LambrechtKarim Vermaelen

A1 Artikel in een tijdschrift in ONCOIMMUNOLOGY

Zipper plot : visualizing transcriptional activity of genomic regions

Francisco Avila CobosJasper AnckaertPieter-Jan VoldersCeline EveraertDries RombautJo VandesompeleKatleen De PreterPieter Mestdagh

A1 Artikel in een tijdschrift in BMC BIOINFORMATICS

2016

Benchmarking of RNA-sequencing analysis workflows using whole-transcriptome RT-qPCR expression data

Celine EveraertAriane De GanckJAN HELLEMANSJo VandesompelePieter Mestdagh

Decoding cancer transcriptomes using public RNA sequencing data

Celine EveraertJo VandesompelePieter Mestdagh

Decoding cancer transcriptomes using public RNA sequencing data

Celine EveraertJo VandesompelePieter Mestdagh

Decoding cancer transcriptomes using public RNA sequencing data

Celine EveraertJo VandesompelePieter Mestdagh

Depletion of tRNA-halves enables effective small RNA sequencing of low-input murine serum samples

Alan Van GoethemNurten YigitCeline EveraertMyrthala Moreno-SmithLiselot MusEveline BarbieriFranki SpelemanPieter MestdaghJason ShohetTom Van MaerkenJo Vandesompele

A1 Artikel in een tijdschrift in SCIENTIFIC REPORTS

Dissecting the NOTCH1 driven transcriptional landscape in T-cell acute lymphoblastic leukemia at single cell level

Karen VerboomKaat DurinckCeline EveraertRobrecht CannoodtPieter Van VlierbergheJo VandesompeleFranki Speleman

Identification of non-invasive biomarkers for treatment response in neuroblastoma by circulating miRNA profiling

Alan Van GoethemNurten YigitMythala Moreno-SmithCeline EveraertOlivier DelattrePieter MestdaghSaurabh AgarwalEveline BarbieriIsabelle Janoueix-LeroseyJason ShohetFranki SpelemanTom Van MaerkenJo Vandesompele

PAN-cancer identification of ncRNAs with a high therapeutic and diagnostic potential

Celine EveraertJo VandesompelePieter Mestdagh

PAN-cancer identification of ncRNAs with a high therapeutic and diagnostic potential

Celine EveraertJo VandesompelePieter Mestdagh

PAN-cancer therapeutic target identification by omics data integration

Celine EveraertJo VandesompelePieter Mestdagh