Instellingen beheren
MENU
Over deze site
In English
Home
Onderzoekers
Projecten
Organisaties
Publicaties
Infrastructuur
Contact
Research Explorer
Uw browser ondersteunt geen JavaScript of JavaScript is niet ingeschakeld. Zonder JavaScript kan sommige functionaliteit van deze webapplicatie uitgeschakeld zijn of foutmeldingen veroorzaken. Raadpleeg om JavaScript in te schakelen de handleiding van uw browser of contacteer uw systeembeheerder.
Onderzoeker
Bart Mesuere
Profiel
Projecten
Publicaties
Activiteiten
Prijzen & Erkenningen
59
Resultaten
2025
Direct construction of sparse suffix arrays with Libsais
Simon Van de Vyver
Tibo Vande Moortele
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
Pieter Verschaffelt
Preprint
2025
PathwayPilot : a user-friendly tool for visualizing and navigating metabolic pathways
Tibo Vande Moortele
Pieter Verschaffelt
Qingyao Huang
Nadezhda T. Doncheva
Tanja Holstein
Caroline Jachmann
Peter Dawyndt
Lennart Martens
Bart Mesuere
Tim Van Den Bossche
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2025
The Microbiologist’s Guide to Metaproteomics
Tim Van Den Bossche
Jean Armengaud
Dirk Benndorf
Jose Alfredo Blakeley-Ruiz
Madita Brauer
Kai Cheng
Marybeth Creskey
Daniel Figeys
Lucia Grenga
Timothy J Griffin
et al.
Preprint
2025
Unipept in 2024 : expanding metaproteomics analysis with support for missed cleavages and semitryptic and nontryptic peptides
Tibo Vande Moortele
Bram Devlaminck
Simon Van de Vyver
Tim Van Den Bossche
Lennart Martens
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
Pieter Verschaffelt
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2025
2024
Biodiversity analysis of metaproteomics samples with Unipept : a comprehensive tutorial
Tim Van Den Bossche
Pieter Verschaffelt
Tibo Vande Moortele
Peter Dawyndt
Lennart Martens
Bart Mesuere
Hoofdstuk in een boek
in
Protein bioinformatics
2024
Blink : an educational software debugger for Scratch
Niko Strijbol
Robbe De Proft
Klaas Goethals
Bart Mesuere
Peter Dawyndt
Christophe Scholliers
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SOFTWAREX
2024
Discovering and exploring cases of educational source code plagiarism with Dolos
Rien Maertens
Maarten Van Neyghem
Maxiem Geldhof
Charlotte Van Petegem
Niko Strijbol
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SOFTWAREX
2024
Dodona : improving programming education through automated assessment, learning analytics, and educational data mining
Charlotte Van Petegem
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
Bram De Wever
Proefschrift
2024
Educational software testing for textual and block-based programming languages
Niko Strijbol
Peter Dawyndt
Christophe Scholliers
Bart Mesuere
Proefschrift
2024
Reproducing predictive learning analytics in CS1 : toward generalizable and explainable models for enhancing student retention
Denis Zhidkikh
Ville Heilala
Charlotte Van Petegem
Peter Dawyndt
Miitta Järvinen
Sami Viitanen
Bram De Wever
Bart Mesuere
Vesa Lappalainen
Lauri Kettunen
et al.
A2
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF LEARNING ANALYTICS
2024
The Peptonizer2000: bringing confidence to metaproteomics
Tanja Holstein
Pieter Verschaffelt
Tim Van Den Bossche
Simon Van de Vyver
Lennart Martens
Bart Mesuere
Thilo Muth
Preprint
2024
2023
Building the Unipept Ecosystem : empowering high-throughput metaproteomics data analysis for characterizing complex microbial communities
Pieter Verschaffelt
Peter Dawyndt
Lennart Martens
Bart Mesuere
Proefschrift
2023
Dodona : learn to code with a virtual co-teacher that supports active learning
Charlotte Van Petegem
Rien Maertens
Niko Strijbol
Jorg Van Renterghem
Felix Van der Jeugt
Bram De Wever
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SOFTWAREX
2023
Dodona : learn to code with a virtual co-teacher that supports active learning
Charlotte Van Petegem
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
P1
Conferentie
2023
Dolos 2.0 : towards seamless source code plagiarism detection in online learning environments
Rien Maertens
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
C3
Conferentie
2023
Engaging schools to build a regional urban climate monitoring network
Steven Caluwaerts
Sara Top
Bart Mesuere
Thomas Vergauwen
C3
Conferentie
2023
TESTed : an educational testing framework with language-agnostic test suites for programming exercises
Niko Strijbol
Charlotte Van Petegem
Rien Maertens
Boris Sels
Christophe Scholliers
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SOFTWAREX
2023
Unipept Desktop 2.0 : construction of targeted reference protein databases for metaproteogenomics analyses
Pieter Verschaffelt
Alessandro Tanca
Marcello Abbondio
Tim Van Den Bossche
Tibo Vande Moortele
Peter Dawyndt
Lennart Martens
Bart Mesuere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2023
2022
Benchmark and improving methods in metaproteomics informatics
Tim Van Den Bossche
Lennart Martens
Bart Mesuere
Thilo Muth
Proefschrift
2022
Dolos : language‐agnostic plagiarism detection in source code
Rien Maertens
Charlotte Van Petegem
Niko Strijbol
Toon Baeyens
Arne Jacobs
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF COMPUTER ASSISTED LEARNING
2022
Engaging schools to explore meteorological observational gaps
Steven Caluwaerts
Sara Top
Bart Mesuere
Thomas Vergauwen
C3
Conferentie
2022
FragGeneScanRs : faster gene prediction for short reads
Felix Van der Jeugt
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC BIOINFORMATICS
2022
Pass/fail prediction in programming courses
Charlotte Van Petegem
Louise Deconinck
Dieter Mourisse
Rien Maertens
Niko Strijbol
Bart Dhoedt
Bram De Wever
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF EDUCATIONAL COMPUTING RESEARCH
2022
Pout2Prot : an efficient tool to create protein (sub)groups from Percolator Output Files
Kay Schallert
Pieter Verschaffelt
Bart Mesuere
Dirk Benndorf
Lennart Martens
Tim Van Den Bossche
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2022
Taming nondeterminism : programming language abstractions and tools for dealing with nondeterministic programs
Robbert Gurdeep Singh
Christophe Scholliers
Bart Mesuere
Proefschrift
2022
The unipept metagenomics analysis pipeline
Felix Van der Jeugt
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
Proefschrift
2022
UMGAP : the Unipept MetaGenomics analysis pipeline
Felix Van der Jeugt
Rien Maertens
Aranka Steyaert
Pieter Verschaffelt
Caroline De Tender
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BMC GENOMICS
2022
Unipept visualizations : an interactive visualization library for biological data
Pieter Verschaffelt
James Collier
Alexander Botzki
Lennart Martens
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2022
2021
Critical Assessment of MetaProteome Investigation (CAMPI) : a multi-laboratory comparison of established workflows
Tim Van Den Bossche
Benoit J. Kunath
Kay Schallert
Stephanie S. Schäpe
Paul E. Abraham
Jean Armengaud
Magnus Ø. Arntzen
Ariane Bassignani
Dirk Benndorf
Stephan Fuchs
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
NATURE COMMUNICATIONS
2021
Critical assessment of metaproteome investigation (CAMPI) : a multi-lab comparison of established workflows
Tim Van Den Bossche
Benoit J. Kunath
Kay Schallert
Stephanie S. Schäpe
Paul E. Abraham
Jean Armengaud
Magnus Ø. Arntzen
Ariane Bassignani
Dirk Benndorf
Stephan Fuchs
et al.
Preprint
2021
Engaging schools to explore meteorological observational gaps
Steven Caluwaerts
Sara Top
Thomas Vergauwen
Guy Wauters
Koen De Ridder
Rafiq Hamdi
Bart Mesuere
Bert Van Schaeybroeck
Hendrik Wouters
Piet Termonia
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BULLETIN OF THE AMERICAN METEOROLOGICAL SOCIETY
2021
Het VLINDER-project
Steven Caluwaerts
Thomas Vergauwen
Sara Top
Herwig Dejonghe
Bart Mesuere
Piet Termonia
Guy Wauters
Hoofdstuk in een boek
in
Jaarboek De Aardrijkskunde 2020
2021
MegaGO : a fast yet powerful approach to assess functional gene ontology similarity across meta-omics data sets
Pieter Verschaffelt
Tim Van Den Bossche
Wassim Gabriel
Michał Burdukiewicz
Alessio Soggiu
Lennart Martens
Bernhard Y. Renard
Henning Schiebenhoefer
Bart Mesuere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2021
Pout2Prot : an efficient tool to create protein (sub)groups from Percolator output files
Tim Van Den Bossche
Kay Schallert
Pieter Verschaffelt
Bart Mesuere
Dirk Benndorf
Lennart Martens
Preprint
2021
The Metaproteomics Initiative: a coordinated approach for propelling the functional characterization of microbiomes
Tim Van Den Bossche
Magnus Ø. Arntzen
Dörte Becher
Dirk Benndorf
Vincent G. H. Eijsink
Céline Henry
Pratik D. Jagtap
Nico Jehmlich
Catherine Juste
Benoit J. Kunath
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MICROBIOME
2021
Unipept Desktop : a faster, more powerful metaproteomics results analysis tool
Pieter Verschaffelt
Tim Van Den Bossche
Lennart Martens
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2021
2020
Connecting MetaProteomeAnalyzer and PeptideShaker to Unipept for seamless end-to-end metaproteomics data analysis
Tim Van Den Bossche
Pieter Verschaffelt
Kay Schallert
Harald Barsnes
Peter Dawyndt
Dirk Benndorf
Bernhard Y. Renard
Bart Mesuere
Lennart Martens
Thilo Muth
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2020
Proceedings of the EuBIC-MS 2020 Developers’ Meeting
Christopher Ashwood
Wout Bittremieux
Eric W. Deutsch
Nadezhda T. Doncheva
Viktoria Dorfer
Ralf Gabriels
Vladimir Gorshkov
Surya Gupta
Andrew R. Jones
Lukas Käll
et al.
A2
Artikel in een tijdschrift
in
EUPA OPEN PROTEOMICS
2020
Survey of metaproteomics software tools for functional microbiome analysis
Ray Sajulga
Caleb Easterly
Michael Riffle
Bart Mesuere
Thilo Muth
Subina Mehta
Praveen Kumar
James Johnson
Bjoern Andreas Gruening
Henning Schiebenhoefer
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PLOS ONE
2020
Unipept CLI 2.0 : adding support for visualizations and functional annotations
Pieter Verschaffelt
Philippe Van Thienen
Tim Van Den Bossche
Felix Van der Jeugt
Caroline De Tender
Lennart Martens
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2020
2019
A method for comprehensive proteomic analysis of human faecal samples to investigate gut dysbiosis in patients with cystic fibrosis
Griet Debyser
Maarten Aerts
Pieter Van Hecke
Bart Mesuere
Gwen Duytschaever
Peter Dawyndt
Kris De Boeck
Peter Vandamme
Bart Devreese
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ADVANCES IN EXPERIMENTAL MEDICINE AND BIOLOGY
2019
Het is tijd voor één aanmeldsysteem voor alle Vlaamse scholen
Wouter Rogiest
Bart Mesuere
Artikel in een magazine
2019
Peat substrate amended with chitin modulates the N-cycle, siderophore and chitinase responses in the lettuce rhizobiome
Caroline De Tender
Bart Mesuere
Felix Van der Jeugt
A Haegeman
Tom Ruttink
B Vandecasteele
Peter Dawyndt
J Debode
EE Kuramae
A1
Artikel in een tijdschrift
in
SCIENTIFIC REPORTS
2019
Unipept 4.0 : functional analysis of metaproteome data
Robbert Gurdeep Singh
Alessandro Tanca
Antonio Palomba
Felix Van der Jeugt
Pieter Verschaffelt
Sergio Uzzau
Lennart Martens
Peter Dawyndt
Bart Mesuere
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2019
metaQuantome : an integrated, quantitative metaproteomics approach reveals connections between taxonomy and protein function in complex microbiomes
Caleb W Easterly
Ray Sajulga
Subina Mehta
James Johnson
Praveen Kumar
Shane Hubler
Bart Mesuere
Joel Rudney
Timothy J Griffin
Pratik D Jagtap
A1
Artikel in een tijdschrift
in
MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS
2019
2018
Disseminating metaproteomic informatics capabilities and knowledge using the Galaxy-P framework
Clemens Blank
Caleb Easterly
Bjoern Gruening
James Johnson
Carolin A Kolmeder
Praveen Kumar
Damon May
Subina Mehta
Bart Mesuere
Zachary Brown
et al.
A2
Artikel in een tijdschrift
in
PROTEOMES
2018
High-throughput metaproteomics data analysis with Unipept : a tutorial
Bart Mesuere
Felix Van der Jeugt
Toon Willems
Tom Naessens
Bart Devreese
Lennart Martens
Peter Dawyndt
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOMICS
2018
Hoe het algoritme achter het aanmeldsysteem voor het onderwijs verbeterd kan worden
Bart Mesuere
Nieuwsartikel
2018
2016
Faecal proteomics : a tool to investigate dysbiosis and inflammation in patients with cystic fibrosis
Griet Debyser
Bart Mesuere
Lieven Clement
Jens Van de Weygaert
Pieter Van Hecke
Gwen Duytschaever
Maarten Aerts
Peter Dawyndt
Kris De Boeck
Peter Vandamme
et al.
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF CYSTIC FIBROSIS
2016
The unique peptidome : taxon-specific tryptic peptides as biomarkers for targeted metaproteomics
Bart Mesuere
Felix Van der Jeugt
Bart Devreese
Peter Vandamme
Peter Dawyndt
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PROTEOMICS
2016
Unipept web services for metaproteomics analysis
Bart Mesuere
Toon Willems
Felix Van der Jeugt
Bart Devreese
Peter Vandamme
Peter Dawyndt
A1
Artikel in een tijdschrift
in
BIOINFORMATICS
2016
Unipept: computational exploration of metaproteome data
Bart Mesuere
Peter Dawyndt
Proefschrift
2016
2015
A cross-sectional and longitudinal metaproteomics approach reveals intestinal dysbiosis, and the presence of markers of chronic inflammation and mucus-related proteins in faecal samples of patients with cystic fibrosis
Griet Debyser
Bart Mesuere
Jens Van de Weygaert
Lieven Clement
Maarten Aerts
Gwen Duytschaever
Peter Dawyndt
K De Boeck
Peter Vandamme
Bart Devreese
C3
Conferentie
2015
The Unipept metaproteomics analysis pipeline
Bart Mesuere
Griet Debyser
Maarten Aerts
Bart Devreese
Peter Vandamme
Peter Dawyndt
A1
Artikel in een tijdschrift
in
PROTEOMICS
2015
2012
A shotgun metaproteomics approach to study the microbiome of cystic fibrosis (CF) patients
Griet Debyser
Bart Mesuere
Peter Dawyndt
Peter Vandamme
Bart Devreese
C3
Conferentie
2012
A shotgun metaproteomics approach to study the microbiome of cystic fibrosis (CF) patients
Griet Debyser
Bart Mesuere
Peter Dawyndt
Peter Vandamme
Bart Devreese
C3
Conferentie
2012
Application of MALDI-TOF mass spectrometry for the detection of enterotoxins produced by pathogenic strains of the Bacillus cereus group
Varvara Tsilia
Bart Devreese
Ilse de Baenst
Bart Mesuere
Andreja Rajkovic
Mieke Uyttendaele
Tom Van de Wiele
Marc Heyndrickx
A1
Artikel in een tijdschrift
in
ANALYTICAL AND BIOANALYTICAL CHEMISTRY
2012
Unipept: tryptic peptide-based biodiversity analysis of metaproteome samples
Bart Mesuere
Bart Devreese
Griet Debyser
Maarten Aerts
Peter Vandamme
Peter Dawyndt
A1
Artikel in een tijdschrift
in
JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH
2012
2010
Screening for taxon-specific peptides using dynamic index structures
Bart Mesuere
Griet Debyser
Peter Vandamme
Bart Devreese
Peter Dawyndt
C3
Conferentie
2010