De onderzoeksactiviteiten van de groep van Prof. Van Immerseel richten zich op gastheer-microbiota-interacties bij verschillende diersoorten, met de nadruk op pluimvee. De algemene onderzoeksstrategie is om de interacties tussen de bacteriën en de gastheer te bestuderen en de gegenereerde nieuwe inzichten te gebruiken om preventiestrategieën te ontwikkelen om darmziekten te verminderen. Er zijn verschillende doelstellingen in de groep van Prof. Van Immerseel, namelijk: A) het begrijpen van de moleculaire mechanismen die door pathogenen worden gebruikt om het darmkanaal en de interne organen te koloniseren en ziekten te veroorzaken, met een hoofdfocus op Salmonella Enteritidis en Clostridium perfringens bij pluimvee, en Enterococcus cecorum bij vleeskuikens; B) het begrijpen van microbiota-gastheerinteracties die de gezondheid van de darmen bevorderen en het ontwikkelen van diagnostische en controlemaatregelen (vaccins, nutritionele interventies) tegen darmziekten, gebaseerd op kennis van de pathogenese van ziekten en gastheer-microbiota-interacties.