Project

Het in kaart brengen van functionele componenten van de diverse levenscycli in diatomeeën.

Code
1228423N
Looptijd
01-10-2022 → 30-09-2025
Financiering
Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek - Vlaanderen (FWO)
Mandaathouder
Onderzoeksdisciplines
  • Natural sciences
    • Bioinformatics data integration and network biology
    • Microbiology not elsewhere classified
    • Cell growth and development
    • Molecular and cell biology not elsewhere classified
    • Transcriptomics
Trefwoorden
Eencellige transcriptomics
 
Projectomschrijving

Diatomeeën, de meest productieve groep van eukaryote algen, vertonen een opmerkelijke levenscyclus waarin een constante verkleining van de celgrootte wordt tegengegaan met seksuele voortplanting, meer bepaald door de vorming van een auxospore. Doorheen 190 miljoen jaar evolutie is een enorme diversiteit aan seksuele celtypes en voortplantingsstrategieën ontstaan binnen de diatomeeën. Toch zijn de genetische programma’s die de levenscyclus controleren amper bekend. Bovendien zijn observaties van seks in natuurlijke stalen notoir zeldzaam. Tijdens dit project wil ik een fylumwijde genexpressieatlas ontwikkelen die alle stadia van seksuele ontwikkeling in zeven verschillende soorten omvat. Vervolgens ga ik vergelijkende genomics gebruiken om seksuele genen te identificeren die kenmerkend zijn voor een fylogenetische clade of geconserveerd zijn in alle diatomeeën. Verder zal ik single-cell RNA sequenering ontwikkelen om celtypes te onderscheiden op basis van hun transcriptionele vingerafdruk. Om deze genen te karakteriseren zal gebruik gemaakt worden van fluorescente reporterlijnen. Tenslotte wil ik geconserveerde biomerkers inzetten om wereldwijde metatranscriptomen te monitoren en de omstandigheden te bepalen die seks bevorderen. Tijdens de zoektocht naar nieuwe inzichten in levenscyclusregulatie van eencellige eukaryoten zal dit project een belangrijke bijdrage leveren aan toekomstig onderzoek, in de vorm van nieuwe technieken en celtype-specifieke genen.