Humaan Immunodeficiëntievirus (HIV) infecteert en vernietigt CD4+ T-cellen van ons immuunsysteem wat kan leiden tot AIDS. Huidige therapieën stoppen HIV replicatie, maar kunnen patiënten niet volledig genezen door de vorming van het HIV-1 reservoir waar het virus zich verbergt onder een latente vorm. Wanneer therapie onderbroken wordt, kan binnen enkele weken een terugval van infectie optreden. De nood aan een definitieve behandeling is dringend en zou wereldwijd 38 miljoen HIV-1 positieve mensen kunnen genezen. Het doel van dit project is om op basis van HIV-1 DNA (‘helix’) het HIV-1 reservoir te detecteren en sorteren vanuit een achtergrond van niet-geïnfecteerde cellen (‘hooiberg'). Deze methode combineert in-situ whole genome amplification met fluorescentie in-situ hybridisatie gericht op HIV-DNA, waarna HIV-1 geïnfecteerde cellen gesorteerd worden. Deze techniek zal ontworpen worden om tegelijk analyses van de provirale sequentie en integratie plaats uit te voeren op de enkele gesorteerde cellen. Deze methode kan gebruikt worden in klinische studies waarbij verschillende lagen van informatie in één methode verkregen worden in plaats van meerdere dure en arbeidsintensieve methodes. Kortom, we stellen een nieuwe, innovatieve methode voor die intacte provirussen isoleert en gebruikt kan worden in HIV-1 cure studies om de grootte van het reservoir te meten en kwalitatieve informatie geeft over het provirale landschap.