Project

Computationele analyse van biologische data op grote schaal

Code
BOF/STA/202109/039
Looptijd
02-05-2022 → 01-05-2026
Financiering
Gewestelijke en gemeenschapsmiddelen: Bijzonder Onderzoeksfonds
Onderzoeksdisciplines
  • Natural sciences
    • Machine learning and decision making
    • Bio-informatics
    • Analysis of next-generation sequence data
Trefwoorden
biomedische beeldverwerking next-generation sequencing data bio-informatica softwaretoepassing
 
Projectomschrijving

Het doel van dit project is het ontwerp van efficiënte algoritmes voor het analyseren van biologische data op grote schaal, en het ontwikkelen van software-toepassingen om deze algoritmes op eenvoudige manier beschikbaar te maken voor onderzoekers en experts zonder informatica-achtergrond. Het onderzoek zal zich hoofdzakelijk toespitsen op de volgende toepassingen: (a) het gebruik van "long reads", zoals gegenereerd met behulp van de MinION sequencer, ter verbetering van metagenoom- en pangenoom-analyses die de taxonomie en functie van bacteriën nagaan, en (b) de analyse van 2D/3D (medische) beelddata bekomen via microscopie, hyperspectroscopie, of via CT/MRI scans. Voor beide gevallen wordt aan GUGC reeds data van het gewenste type gegenereerd. Voor het tweede deel van het project zullen we dan de eerder ontwikkelde prototypes uitbouwen tot robuuste software-toepassingen, die vrij beschikbaar zullen worden gesteld om de analyse van grote volumes aan data te vergemakkelijken.