Research Explorer

Uw browser ondersteunt geen JavaScript of JavaScript is niet ingeschakeld. Zonder JavaScript kan sommige functionaliteit van deze webapplicatie uitgeschakeld zijn of foutmeldingen veroorzaken. Raadpleeg om JavaScript in te schakelen de handleiding van uw browser of contacteer uw systeembeheerder.

Project

Proteoom-gebaseerde epitopen voor sterk verbeterde ontwikkeling van antikanker en antibacteriële vaccins.

Outputs & impact

Publicaties & datasets ( 44 )

MHCquant2 refines immunopeptidomics tumor antigen discovery

Jonas ScheidSteffen LemkeNaomi Hoenisch-GravelAnna DenglerTimo SachsenbergArthur DeclercqRalf GabrielsJens BauerMarcel WackerLeon Bichmann et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in GENOME BIOLOGY

Comprehensive analysis of blood proteome response to necrotic enteritis in broiler chicken

Svitlana TretiakTeresa MaiaTom RijsselaereFilip Van ImmerseelRichard DucatelleFrancis ImpensGunther Antonissen

A1 Artikel in een tijdschrift in VETERINARY RESEARCH

Proteomic profiling of dysbiosis-challenged broilers reveals potential blood biomarkers for intestinal health

Svitlana TretiakTeresa MaiaRichard DucatelleMarc CherletTom RijsselaereFilip Van ImmerseelFrancis ImpensGunther Antonissen

A1 Artikel in een tijdschrift in VETERINARY RESEARCH

Target acquired : lock-on bacterial immunopeptides

Patrick WillemsLyudmila KovalchukeFrancis Impens

Redactioneel materiaal

Immunopeptidomics identified antigens for mRNA-lipid nanoparticle vaccines with alpha-galactosylceramide in multiple myeloma therapy

Arne van der VrekenFabien Henri TheryChenggong TuKevin MwangiSofie MeulewaeterLien De BeckEdith JanssensKim De VeirmanKarin VanderkerkenElke De Bruyne et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL FOR IMMUNOTHERAPY OF CANCER

Challenges and opportunities in mRNA vaccine development against bacteria

Ilke AernoutRein VerbekeFabien Henri TheryPatrick WillemsUri EliaStefaan De SmedtRino RappuoliDan PeerFrancis ImpensIne Lentacker

A1 Artikel in een tijdschrift in NATURE MICROBIOLOGY

Collisional cross-section prediction for multiconformational peptide ions with IM2Deep

Robbe DevreeseAlireza NameniArthur DeclercqEmmy TerrynRalf GabrielsFrancis ImpensKris GevaertLennart MartensRobbin Bouwmeester

A1 Artikel in een tijdschrift in ANALYTICAL CHEMISTRY

Blood proteome profiling for biomarker discovery in broilers with necrotic enteritis

Svitlana TretiakTeresa MaiaDelphi Van HaverAn StaesSimon DevosTom RijsselaereEvy GoossensFilip Van ImmerseelFrancis ImpensGunther Antonissen

A1 Artikel in een tijdschrift in SCIENTIFIC REPORTS

Preclinical toxicological assessment of an α-galactosylceramide-adjuvanted mRNA cancer vaccine in Wistar Han rats and domestic pigs

Sofie MeulewaeterMargo De VelderDiethard ReckelbusKevin MwangiThomas EhouarneIlke AernoutYanou EngelenFëllanza HalimiIsis Van herteryckLobke De Bels et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in MOLECULAR THERAPY METHODS & CLINICAL DEVELOPMENT

Maximizing immunopeptidomics-based bacterial epitope discovery by multiple search engines and rescoring

Patrick WillemsFabien Henri TheryLaura Van MoortelMargaux De MeyerAn StaesAdillah GulLyudmila KovalchukeArthur DeclercqRobbe DevreeseRobbin Bouwmeester et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

TIMS2Rescore : a data dependent acquisition-parallel accumulation and serial fragmentation-optimized data-driven rescoring pipeline based on MS2Rescore

Arthur DeclercqRobbe DevreeseJonas ScheidCaroline JachmannTim Van Den BosscheAnnica PreikschatDavid Gomez-ZepedaJeewan Babu RijalAurelie HirschlerJonathan R. Krieger et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

mRNA galsomes vaccine protects budgerigars against virulent Chlamydia psittaci challenge

Anne De MeystJoeri Van MieghemKoen ChiersKoen RaemdonckRein VerbekeIne LentackerDaisy Vanrompay

A1 Artikel in een tijdschrift in VACCINES

PTMVision : an interactive visualization webserver for post-translational modifications of proteins

Simon HacklCaroline JachmannMathias Witte PazTheresa Anisja HarbigLennart MartensKay Nieselt

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

Intensity and retention time prediction improves the rescoring of protein‐nucleic acid cross‐links

Arslan SirajRobbin BouwmeesterArthur DeclercqLuisa WelpAleksandar ChernevAlexander WulfHenning UrlaubLennart MartensSven DegroeveOliver Kohlbacher et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in PROTEOMICS

The role of mRNA-galsomes and LNPs in enhancing HIV-specific T cell responses across various lymphoid organs

Sigrid D’haeseSabine den RooverRein VerbekeIlke AernoutSofie MeulewaterJoëlle CosynsJessy MeertSarah VanbellingenThessa LaeremansIne Lentacker et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in MOLECULAR THERAPY NUCLEIC ACIDS

Brain exposure to SARS-CoV-2 virions perturbs synaptic homeostasis

Emma PartiotAurélie HirschlerSophie ColombWilly LutzTine ClaeysFrançois DelalandeMaika S. DeffieuYonis BareJudith R. E. RoelsBarbara Gorda et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in NATURE MICROBIOLOGY

Immunopeptidomics mapping of Listeria monocytogenes T cell epitopes in mice

Adillah GulLecia L. PewePatrick WillemsRupert MayerFabien Henri TheryCaroline AsselmanIlke AernoutRein VerbekeDenzel EggermontLaura Van Moortel et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS

Neoantigen-targeted dendritic cell vaccination in lung cancer patients induces long-lived T cells exhibiting the full differentiation spectrum

Joline IngelsLaurenz De CockDieter StevensRupert MayerFabien Henri TheryGuillem Sanchez SanchezDavid VermijlenKarin WeeningSaskia De SmetNele Lootens et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in CELL REPORTS MEDICINE

Alpha-galactosylceramide improves the potency of mRNA LNP vaccines against cancer and intracellular bacteria

Sofie MeulewaeterIlke AernoutJoke DeprezYanou EngelenMargo De VelderLorenzo FranceschiniKarine BreckpotSerge Van CalenberghCaroline AsselmanKatie Boucher et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF CONTROLLED RELEASE

MS²Rescore 3.0 is a modular, flexible, and user-friendly platform to boost peptide identifications, as showcased with MS Amanda 3.0

Louise M. BuurArthur DeclercqMarina StroblRobbin BouwmeesterSven DegroeveLennart MartensViktoria DorferRalf Gabriels

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

Considerations on the design of lipid-based mRNA vaccines against cancer

Sofie MeulewaeterYao ZhangAbishek WadhwaKevin FoxIne LentackerKenneth W. HarderPieter R. CullisStefaan De SmedtMiffy H.Y. ChengRein Verbeke

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY

msqrob2PTM : differential abundance and differential usage analysis of MS-based proteomics data at the post-translational modification and peptidoform level

Nina DemeulemeesterMarie GébelinLucas Caldi GomesPaul LingorChristine CarapitoLennart MartensLieven Clement

A1 Artikel in een tijdschrift in MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS

PepGM : a probabilistic graphical model for taxonomic inference of viral proteome samples with associated confidence scores

Tanja HolsteinFranziska KistnerLennart MartensThilo Muth

A1 Artikel in een tijdschrift in BIOINFORMATICS

Ionmob : a Python package for prediction of peptide collisional cross-section values

David TeschnerDavid Gomez-ZepedaArthur DeclercqMateusz K ŁąckiSeymen AvciKonstantin BobUte DistlerThomas MichnaLennart MartensStefan Tenzer et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in BIOINFORMATICS

Updated MS²PIP web server supports cutting-edge proteomics applications

Arthur DeclercqRobbin BouwmeesterCristina ChivaEduard SabidoAurelie HirschlerChristine CarapitoLennart MartensSven DegroeveRalf Gabriels

A1 Artikel in een tijdschrift in NUCLEIC ACIDS RESEARCH

Nanobody-mediated SPECT/CT imaging reveals the spatiotemporal expression of programmed death-ligand 1 in response to a CD8+ T cell and iNKT cell activating mRNA vaccine

Thomas ErtveldtSofie MeulewaeterYannick De VlaeminckOscar OlarteKatrijn BroosSerge Van CalenberghStephanie BourgeoisJoke DeprezYves HeremansCleo Goyvaerts et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in THERANOSTICS

lesSDRF is more : maximizing the value of proteomics data through streamlined metadata annotation

Tine ClaeysTim Van Den BosscheYasset Perez-RiverolKris GevaertJuan Antonio VizcaínoLennart Martens

A1 Artikel in een tijdschrift in NATURE COMMUNICATIONS

Transport by circulating myeloid cells drives liposomal accumulation in inflamed synovium

Joke DeprezRein VerbekeSofie MeulewaeterIlke AernoutHeleen DewitteTine DecruyJulie CoudenysJulie Van DuyseGert Van IsterdaelDan Peer et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in NATURE NANOTECHNOLOGY

Single-cell profiling identifies a novel human polyclonal unconventional T cell lineage

Lore BillietLaurenz De CockGuillem Sanchez SanchezRupert MayerGlenn GoetgelukStijn De MunterMelissa PilleJoline IngelsHanne JansenKarin Weening et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF EXPERIMENTAL MEDICINE

Continuous freeze-drying of messenger RNA lipid nanoparticles enables storage at higher temperatures

Sofie MeulewaeterGust NuyttenMiffy H.Y. ChengStefaan De SmedtPieter R. CullisThomas De BeerIne LentackerRein Verbeke

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF CONTROLLED RELEASE

Quality control for the target decoy approach for peptide identification

Elke DebrieMilan MalfaitRalf GabrielsArthur DeclercqAdriaan StickerLennart MartensLieven Clement

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

Machine learning on large-scale proteomics data identifies tissue and cell-type specific proteins

Tine ClaeysMaxime MenuRobbin BouwmeesterKris GevaertLennart Martens

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

Cells responding to closely related cholesterol-dependent cytolysins release extracellular vesicles with a common proteomic content including membrane repair proteins

S AlvesJM PereiraRupert MayerADA GonçalvesFrancis ImpensD CabanesS Sousa

A1 Artikel in een tijdschrift in TOXINS

psm_utils : a high-level python API for parsing and handling peptide-spectrum matches and proteomics search results

Ralf GabrielsArthur DeclercqRobbin BouwmeesterSven DegroeveLennart Martens

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

Innate immune mechanisms of mRNA vaccines

Rein VerbekeMichael J. HoganKarin LoréNorbert Pardi

A1 Artikel in een tijdschrift in IMMUNITY

An interactive mass spectrometry atlas of histone posttranslational modifications in T-cell acute leukemia

Lien ProvezBart Van PuyveldeLaura CorveleynNina DemeulemeesterSigrid VerhelstBeatrice LintermansSimon DaledJuliette RoelsLieven ClementLennart Martens et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in SCIENTIFIC DATA

Immunopeptidomics-based design of mRNA vaccine formulations against Listeria monocytogenes

Rupert MayerRein VerbekeCaroline AsselmanIlke AernoutAdillah GulDenzel EggermontKatie BoucherFabien Henri TheryTeresa MaiaHans Demol et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in NATURE COMMUNICATIONS

Sensitive and specific spectral library searching with CompOmics Spectral library Searching tool and Percolator

Genet Abay ShiferawRalf GabrielsRobbin BouwmeesterTim Van Den BosscheElien VandermarliereLennart MartensPieter-Jan Volders

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

Moyamoya disease emerging as an immune-related angiopathy

Caroline AsselmanDimitri HemelsoetDenzel EggermontBart DermautFrancis Impens

A1 Artikel in een tijdschrift in TRENDS IN MOLECULAR MEDICINE

MS2Rescore : data-driven rescoring dramatically boosts immunopeptide identification rates

Arthur DeclercqRobbin BouwmeesterAurélie HirschlerChristine CarapitoSven DegroeveLennart MartensRalf Gabriels

A1 Artikel in een tijdschrift in MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS

Small-scale manufacturing of neoantigen-encoding messenger RNA for early-phase clinical trials

Joline IngelsLaurenz De CockRupert MayerPam DevrekerKarin WeeningKelly HeynsNele LootensSaskia De SmetMarieke BrusseelStijn De Munter et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in CYTOTHERAPY

Nanoparticle mediated targeting of toll-like receptors to treat colorectal cancer

Ragna HaegebaertMaxime KempersWim CeelenIne LentackerKatrien Remaut

A1 Artikel in een tijdschrift in EUROPEAN JOURNAL OF PHARMACEUTICS AND BIOPHARMACEUTICS

DeepLC can predict retention times for peptides that carry as-yet unseen modifications

Robbin BouwmeesterRalf GabrielsNiels HulstaertLennart MartensSven Degroeve

A1 Artikel in een tijdschrift in NATURE METHODS

Strategies for controlling the innate immune activity of conventional and self-amplifying mRNA therapeutics : getting the message across

An-Katrien MinnaertHelena VanlucheneRein VerbekeIne LentackerStefaan De SmedtKoen RaemdonckNiek SandersKatrien Remaut

A1 Artikel in een tijdschrift in ADVANCED DRUG DELIVERY REVIEWS

Activiteiten ( 0 )

Resultaten

Impactnarratieven ( 0 )

Octrooien ( 0 )