Project

Modelleren van intercellulaire signalisatieprocessen tijdens cellulaire differentiatie op basis van transcriptoom data van individuele cellen.

Looptijd
01-10-2017 → 30-09-2021
Financiering
Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek - Vlaanderen (FWO)
Promotor
Mandaathouder
Onderzoeksdisciplines
Niet beschikbaar
 
Projectomschrijving

Communicatie tussen cellen staat centraal in de normale werking van meercellige organismen. Beide
tijdens ontwikkeling en homeostase is het duidelijk dat cellen enige signalen van andere cellen nodig hebben
hun omgeving voor hun normale functioneren. Cellulaire differentiatie is een van de processen die
worden sterk beïnvloed door extracellulaire factoren: de micro-omgeving van een cel kan uniek zijn
instructies die een cel naar een bepaald differentiatiepad sturen. Het doel van dit project is om
bereken computermodel de cel-cel communicatienetwerken en hun intracellulaire effecten, tijdens
een differentiatieproces. Terwijl onpartijdige methoden al zijn ontwikkeld om het te voorspellen
intracellulaire netwerken die ten grondslag liggen aan cellulaire differentiatie, voorspellende regulerende netwerken tussen
interagerende cellen zijn grotendeels onontgonnen gebleven. In dit project zal ik een computationeel ontwikkelen
methode die transcriptomics-gegevens gebruikt om te voorspellen welke externe signalen tussen twee worden verzonden
cellen en hoe ze de cellulaire differentiatie beïnvloeden. De methode wordt toegepast op een model
systeem van lever macrofaag differentiatie, waarvoor op dit moment bulk transcriptomics gegevens zijn
beschikbare (in-house) en single-cell transcriptomics-gegevens zullen worden gegenereerd door andere wetenschappers van de
samenwerkende onderzoeksgroep van Prof. Martin Guilliams. Voorspellingen gemaakt door het model zullen beurtelings gebeuren
worden gevalideerd in deze onderzoeksgroep en zullen leiden tot een beter fundamenteel begrip van
macrofaag differentiatie.