Project

De rol van het long non-coding RNA LINDA in het behoud van stamcel integriteit

Code
1287825N
Looptijd
01-11-2024 → 31-10-2027
Financiering
Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek - Vlaanderen (FWO)
Mandaathouder
Onderzoeksdisciplines
  • Natural sciences
    • Plant genetics
Trefwoorden
reactie op DNA-schade bij planten lange niet-coderende RNA's
 
Projectomschrijving

De genomische integriteit van elk organisme ligt continu onder vuur van verscheidene intrinsieke en extrinsieke stresses. Om deze integriteit te behouden wordt het vernuftige DNA damage response (DDR) netwerk snel geactiveerd bij DNA schade. Nieuwe spelers in de finetuning van de DDR zijn de long noncoding RNAs (lncRNAs), welke recentelijk meer en meer in de aandacht komen, hoofdzakelijk in mensen, omwille van hun oncogeen karakter. Hun rol in de plant DDR is echter weinig begrepen. In het model A. thaliana identificeerde ik onlangs het lncRNA LINDA, dat SOG1-afhankelijk sterk geïnduceerd wordt door DNA-beschadigende behandelingen. LINDA-deficiente planten zijn niet in staat te herstellen van de instorting van het wortelmeristeem geïnduceerd door DNA schade. Het is echter niet duidelijk hoe LINDA de integriteit van het wortelmeristeem onderhoudt. Mijn doel is dan ook het ontrafelen van deze moleculaire functie. Hiertoe zal ik (1) het belang van de cis-regulerende elementen en secundaire structuren van LINDA in de accumulatie en functionaliteit onderzoeken door middel van uitgebreide complementatie-analyse, (2) de impact van LINDA op verscheidene DDR responses onderzoeken door middel van advanced live cell imaging, (3) de cis- en trans-gereguleerde LINDA target genen identificeren en karakteriseren door middel van single-cell RNA sequencing en interactomics studies.