Research Explorer

Uw browser ondersteunt geen JavaScript of JavaScript is niet ingeschakeld. Zonder JavaScript kan sommige functionaliteit van deze webapplicatie uitgeschakeld zijn of foutmeldingen veroorzaken. Raadpleeg om JavaScript in te schakelen de handleiding van uw browser of contacteer uw systeembeheerder.

Project

Een computationeel raamwerk voor sensitieve en specifieke kwantitatieve metaproteomics

Output en outcomes

Publicaties

The European Bioinformatics Community for Mass Spectrometry (EuBIC‐MS) : an open community for bioinformatics training and research

Wout BittremieuxDavid BouyssiéViktoria DorferMarie Locard‐PauletYasset Perez‐RiverolVeit SchwämmleJulian UszkoreitTim Van Den Bossche

A1 Artikel in een tijdschrift in RAPID COMMUNICATIONS IN MASS SPECTROMETRY

Blood-borne extracellular vesicles of bacteria and intestinal cells in patients with psychotic disorders

Mette Elise TunsetHanne Haslene-HoxTim Van Den BosscheSusan MalekiArne VaalerDaniel Kondziella

A1 Artikel in een tijdschrift in NORDIC JOURNAL OF PSYCHIATRY

Proteomics standards initiative’s ProForma 2.0 : unifying the encoding of proteoforms and peptidoforms

Richard D. LeDucEric W. DeutschPierre-Alain BinzRyan T. FellersAnthony J. CesnikJoshua A. KleinTim Van Den BosscheRalf GabrielsArshika YalavarthiYasset Perez-RiverolJeremy CarverWout BittremieuxShin KawanoBenjamin PullmanNuno BandeiraNeil L. KelleherPaul M. ThomasJuan Antonio Vizcaíno et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

Sensitive and specific spectral library searching with CompOmics Spectral library Searching tool and Percolator

Genet Abay ShiferawRalf GabrielsRobbin BouwmeesterTim Van Den BosscheElien VandermarliereLennart MartensPieter-Jan Volders

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

Pout2Prot : an efficient tool to create protein (sub)groups from Percolator Output Files

Kay SchallertPieter VerschaffeltBart MesuereDirk BenndorfLennart MartensTim Van Den Bossche

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

Benchmark and improving methods in metaproteomics informatics

Tim Van Den BosscheLennart MartensBart MesuereThilo Muth

The Metaproteomics Initiative: a coordinated approach for propelling the functional characterization of microbiomes

Tim Van Den BosscheMagnus Ø. ArntzenDörte BecherDirk BenndorfVincent G. H. EijsinkCéline HenryPratik D. JagtapNico JehmlichCatherine JusteBenoit J. KunathBart MesuereThilo MuthPhillip B. PopeJana SeifertAlessandro TancaSergio UzzauPaul WilmesRobert L. HettichJean Armengaud et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in MICROBIOME

Critical Assessment of MetaProteome Investigation (CAMPI) : a multi-laboratory comparison of established workflows

Tim Van Den BosscheBenoit J. KunathKay SchallertStephanie S. SchäpePaul E. AbrahamJean ArmengaudMagnus Ø. ArntzenAriane BassignaniDirk BenndorfStephan FuchsRichard J. GiannoneTimothy J. GriffinLive H. HagenRashi HalderCéline HenryRobert L. HettichRobert HeyerPratik JagtapNico JehmlichMarlene JensenCatherine JusteManuel KleinerOlivier LangellaTheresa LehmannEmma LeithPatrick MayBart MesuereGuylaine MiotelloSamantha L. PetersOlivier PiblePedro T. QueirosUdo ReichlBernhard Y. RenardHenning SchiebenhoeferAlexander SczyrbaAlessandro TancaKathrin TrappeJean-Pierre TrezziSergio UzzauPieter VerschaffeltMartin von BergenPaul WilmesMaximilian WolfLennart MartensThilo Muth et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in NATURE COMMUNICATIONS

Pout2Prot : an efficient tool to create protein (sub)groups from Percolator output files

Tim Van Den BosscheKay SchallertPieter VerschaffeltBart MesuereDirk BenndorfLennart Martens

Critical assessment of metaproteome investigation (CAMPI) : a multi-lab comparison of established workflows

Tim Van Den BosscheBenoit J. KunathKay SchallertStephanie S. SchäpePaul E. AbrahamJean ArmengaudMagnus Ø. ArntzenAriane BassignaniDirk BenndorfStephan FuchsRichard J. GiannoneTimothy J. GriffinLive H. HagenRashi HalderCéline HenryRobert L. HettichRobert HeyerPratik JagtapNico JehmlichMarlene JensenCatherine JusteManuel KleinerOlivier LangellaTheresa LehmannEmma LeithPatrick MayBart MesuereGuylaine MiotelloSamantha L. PetersOlivier PiblePedro T. QueirosUdo ReichlBernhard Y. RenardHenning SchiebenhoeferAlexander SczyrbaAlessandro TancaKathrin TrappeJean-Pierre TrezziSergio UzzauPieter VerschaffeltMartin von BergenPaul WilmesMaximilian WolfLennart MartensThilo Muth et al.

A proteomics sample metadata representation for multiomics integration and big data analysis

Chengxin DaiAnja FüllgrabeJulianus PfeufferElizaveta M. SolovyevaJingwen DengPablo MorenoSelvakumar KamatchinathanDeepti Jaiswal KunduNancy GeorgeSilvie FexovaBjörn GrüningMelanie Christine FöllJohannes GrissMarc VaudelEnrique AudainMarie Locard-PauletMichael TurewiczMartin EisenacherJulian UszkoreitTim Van Den BosscheVeit SchwämmleHenry WebelStefan SchulzeDavid BouyssiéSavita JayaramVinay Kumar DuggineniPatroklos SamarasMathias WilhelmMeena ChoiMingxun WangOliver KohlbacherAlvis BrazmaIrene PapatheodorouNuno BandeiraEric W. DeutschJuan Antonio VizcaínoMingze BaiTimo SachsenbergLev I. LevitskyYasset Perez-Riverol et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in NATURE COMMUNICATIONS

Research culture : science from bench to society

Lorenzo CantiAnna ChrzanowskaMaria Giulia DoglioLia MartinaTim Van Den Bossche

A1 Artikel in een tijdschrift in BIOLOGY OPEN

Universal Spectrum Identifier for mass spectra

Eric W. DeutschYasset Perez-RiverolJeremy CarverShin KawanoLuis MendozaTim Van Den BosscheRalf GabrielsPierre-Alain BinzBenjamin PullmanZhi SunJim ShofstahlWout BittremieuxTytus D. MakJoshua KleinYunping ZhuHenry LamJuan Antonio VizcaínoNuno Bandeira et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in NATURE METHODS

Cov-MS : a community-based template assay for mass-spectrometry-based protein detection in SARS-CoV-2 patients

Bart Van PuyveldeKatleen Van UytfangheOlivier TytgatLaurence Van OudenhoveRalf GabrielsRobbin BouwmeesterSimon DaledTim Van Den BosschePathmanaban RamasamySigrid VerhelstLaura De ClerckLaura CorveleynSander WillemsNathan DebunneEvelien WynendaeleBart De SpiegeleerPéter JudákKris RoelsLaurie De WildePeter Van EenooTim ReynsMarc CherletEmmie DumontGriet DebyserRuben t’KindtKoen SandraSurya GuptaNicolas DrouinAmy HarmsThomas HankemeierDonald J. L. JonesPankaj GuptaDan LaneCatherine S. LaneSaid El OuadiJean-Baptiste VincendetNick MorriceStuart OehrleNikunj TannaSteve SilvesterSally HannamFlorian C. SiglochAndrea Bhangu-UhlmannJan ClaereboudtN. Leigh AndersonMorteza RazaviSven DegroeveLize CuypersChristophe StoveKatrien LagrouGeert A. MartensDieter DeforceLennart MartensJohannes P. C. VissersMaarten Dhaenens et al.

A2 Artikel in een tijdschrift in JACS AU

MegaGO : a fast yet powerful approach to assess functional gene ontology similarity across meta-omics data sets

Pieter VerschaffeltTim Van Den BosscheWassim GabrielMichał BurdukiewiczAlessio SoggiuLennart MartensBernhard Y. RenardHenning SchiebenhoeferBart Mesuere

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

Unipept Desktop : a faster, more powerful metaproteomics results analysis tool

Pieter VerschaffeltTim Van Den BosscheLennart MartensPeter DawyndtBart Mesuere

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

gNOMO : a multi-omics pipeline for integrated host and microbiome analysis of non-model organisms (vol 2, 10.1093/nargab/lqaa058, 2020)

Maria Munoz-BenaventFelix HartkopfTim Van Den BosscheVitor C. PiroCarlos Garcia-FerrisAmparo LatorreBernhard Y. RenardThilo Muth

gNOMO : a multi-omics pipeline for integrated host and microbiome analysis of non-model organisms

Maria Muñoz-BenaventFelix HartkopfTim Van Den BosscheVitor C PiroCarlos García-FerrisAmparo LatorreBernhard Y RenardThilo Muth

A2 Artikel in een tijdschrift in NAR GENOMICS AND BIOINFORMATICS

Proceedings of the EuBIC-MS 2020 Developers’ Meeting

Christopher AshwoodWout BittremieuxEric W. DeutschNadezhda T. DonchevaViktoria DorferRalf GabrielsVladimir GorshkovSurya GuptaAndrew R. JonesLukas KällDominik KopczynskiLydie LaneLudwig LautenbacherMarc LegeayMarie Locard-PauletBart MesuereYasset Perez-RiverolEugen NetzJulianus PfeufferTimo SachsenbergRenee SalzPatroklos SamarasHenning SchiebenhoeferTobias SchmidtVeit SchwämmleAlessio SoggiuJulian UszkoreitTim Van Den BosscheBart Van PuyveldeJoeri Van StrienPieter VerschaffeltHenry WebelSander Willems et al.

A2 Artikel in een tijdschrift in EUPA OPEN PROTEOMICS

Extracellular vesicles in patients in the acute phase of psychosis and after clinical improvement : an explorative study

Mette Elise TunsetHanne Haslene-HoxTim Van Den BosscheArne Einar VaalerEinar SulheimDaniel Kondziella

A1 Artikel in een tijdschrift in PEERJ

Connecting MetaProteomeAnalyzer and PeptideShaker to Unipept for seamless end-to-end metaproteomics data analysis

Tim Van Den BosschePieter VerschaffeltKay SchallertHarald BarsnesPeter DawyndtDirk BenndorfBernhard Y. RenardBart MesuereLennart MartensThilo Muth

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

Unipept CLI 2.0 : adding support for visualizations and functional annotations

Pieter VerschaffeltPhilippe Van ThienenTim Van Den BosscheFelix Van der JeugtCaroline De TenderLennart MartensPeter DawyndtBart Mesuere

A1 Artikel in een tijdschrift in BIOINFORMATICS

An unforgettable PhD conference : VIBes2020

Tim Van Den BosscheMaria Giulia DoglioAnna Chrzanowska

The age of data-driven proteomics : how machine learning enables novel workflows

Robbin BouwmeesterRalf GabrielsTim Van Den BosscheLennart MartensSven Degroeve

A1 Artikel in een tijdschrift in PROTEOMICS

Proteomics Standards Initiative extended FASTA format

Pierre-Alain BinzJim ShofstahlJuan Antonio VizcaínoHarald BarsnesRobert J ChalkleyGerben MenschaertEmanuele AlpiKarl ClauserJimmy K EngLydie LaneSean L SeymourLuis Francisco Hernández SánchezGerhard MayerMartin EisenacherYasset Perez-RiverolEugene A KappLuis MendozaPeter R BakerAndrew CollinsTim Van Den BosscheEric W Deutsch et al.

A1 Artikel in een tijdschrift in JOURNAL OF PROTEOME RESEARCH

Challenges and promise at the interface of metaproteomics and genomics : an overview of recent progress in metaproteogenomic data analysis

Henning SchiebenhoeferTim Van Den BosscheStephan FuchsBernhard Y RenardThilo MuthLennart Martens

A1 Artikel in een tijdschrift in EXPERT REVIEW OF PROTEOMICS