Tot op heden richt veel humaan darmmicrobioom onderzoek zich op het colon en wordt minder aandacht besteed aan het ileum. Nochtans speelt het ileum microbioom een belangrijke rol in het immuunsysteem en wordt ze gelinkt aan ziekte. Het tekort aan kennis wordt in de hand gewerkt door moeilijkheden en ethische beperkingen in staalnamen. Dit project richt zich op het ontwikkelen van een in vitro ileum microbioom om een antwoord te bieden op deze beperkingen en het daaruit volgende kennis-hiaat. In de SHIME, Simulator of the Human Intestinal Microbial Ecosystem, wordt het ileum microbioom geïmiteerd via het aanpassen van voedingsmedium, gastro-intestinale secreties en kolonisatie routes, waarbij een validatie de relevantie ten opzichte van in vivo nagaat. Vervolgens, wordt de invloed van koolhydraat inname frequentie, hoeveelheid en samenstelling op de microbioom dynamiek beschouwd. Tenslotte wordt het model gebruikt om de ileale kolonisatie potentie in Crohn’s ileitis patiënten na te gaan en zo een Crohn’s ileitis model te bekomen.