Project

Systematische identificatie van genetische interacties in planten met behulp van een combinatorische CRISPR screen pijplijn

Looptijd
01-11-2020 → Lopend
Financiering
Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek - Vlaanderen (FWO)
Mandaathouder
Onderzoeksdisciplines
  • Natural sciences
    • Coding tools and techniques, testing and debugging
    • Plant biochemistry
    • Plant cell and molecular biology
    • Genomics
  • Agricultural and food sciences
    • Crop science
 
Projectomschrijving

Genetische interacties komen voor wanneer het effect van een gen aangepast is door één of meerdere andere genen. Redundantie is een type interactie en interfereert met het onderzoek naar genfuncties, omdat mutaties in individuele genen niet altijd leiden tot een duidelijk fenotype. Veel studies hebben systematisch genetische interactors geïdentificeerd in schimmels en zoogdieren, maar slechts enkele experimenten werden uitgevoerd in planten. Dit komt door het tekort aan efficiënte screens in planten, zoals CRISPR screens, die het vinden van interacties mogelijk maakt. In een CRISPR screen wordt een populatie gemuteerd door het uitschakelen van specifieke doelwitgenen en wordt dan gekeken voor een specifiek fenotype. In dit project zal ik tools en technieken ontwikkelen voor de optimalisatie van de CRISPR screening pijplijn om genetische interacties in planten te onderzoeken. Om dit te doen, zal ik een bioinformatica tool maken dat simultaan guides en primers voor genotypering kan ontwerpen. Daarna zal ik een CRISPR screen uitvoeren op 50 leden van de MAP3K gen familie met een verschillend aantal guides per vector om een optimale screen grootte te bepalen. Met deze dataset zal ik tests ontwikkelen voor genetische interacties. In de laatste fase zullen genen met voorspelde interacties in B. Napus gescreened worden in Arabidopsis. Uiteindelijk zal ik een pijplijn gecreëerd hebben dat wetenschappers in staat stelt snel genetische interacties te vinden in hun planten systeem.