Project

qPCR systeem voor kwaliteitscontrole van NGS staalvoorbereiding, meting van genexpressie, hybridisatiecurve, en smeltcurve analyse

Code
BOF/BAS/2022/008
Looptijd
15-12-2022 → 14-12-2024
Financiering
Gewestelijke en gemeenschapsmiddelen: Bijzonder Onderzoeksfonds
Onderzoeksdisciplines
  • Natural sciences
    • Animal genetics
    • Animal immunology
  • Medical and health sciences
    • Immunogenetics
    • Clinical genetics and molecular diagnostics
    • Microbiome
    • Immunogenetics
    • Clinical genetics and molecular diagnostics
    • Microbiome
    • Developmental biology
    • Epigenetics
    • Genetics
    • Transcription and translation
    • Biomarker discovery
    • Immunogenetics
    • Clinical genetics and molecular diagnostics
    • Microbiome
    • Epigenetics
    • Genetics
    • Transcription and translation
  • Agricultural and food sciences
    • Veterinary embryology
    • Veterinary genetics
    • Veterinary microbiology
    • Veterinary oncology
    • Veterinary reproduction and obstetrics
Trefwoorden
next-generation sequencing genexpressie analyse smeltcurve analyse hybridisatie curve analyse qPCR
 
Projectomschrijving

In het UGent NXTGNT NGS sequencing-laboratorium heeft het Roche LightCycler 480 II qPCR-systeem vele UGent-onderzoekers van verschillende faculteiten gediend, en heeft het bijgedragen aan honderden publicaties. Ook tientallen externe universiteiten, instellingen en commerciële partners hebben van het systeem geprofiteerd. De meeste van deze onderzoekers gebruikten het systeem indirect door NGS-staalvoorbereiding uit te voeren in het NXTGNT-lab, waarbij een kwantificatie van de sequentieerbare fragmenten wordt uitgevoerd. Bovendien wordt het systeem door verschillende groepen gebruikt om genexpressieanalyse, CRISPR-Cas9-splitsingsefficiëntie en smeltcurve-analyse met hoge resolutie uit te voeren.

Het bestaande systeem is sinds 2009 bijna dagelijks in gebruik en moet worden vervangen. Door slijtage zijn de metingen onbetrouwbaar geworden. De frequente en kostelijke herstellingen aan een toestel dat volledig is afgeschreven, zijn niet meer te verantwoorden.