-
Medical and health sciences
- Analysis of next-generation sequence data
- Computational transcriptomics and epigenomics
- Cancer biology
Somatische mutaties zijn kleine DNA fouten die zich opstapelen in het genoom van verouderende cellen. Soms leiden deze mutaties tot een groeivoordeel, vooral wanneer ze voorkomen in kankergenen (bv. TP53). Een accumulatie van deze mutaties zal uiteindelijk leiden tot kwaadaardige tumorvorming. Ze liggen ook aan de basis van kloonvorming in normale epitheliale weefsels en recent onderzoek heeft ruimtelijke competitie tussen deze klonen en ontwikkelende tumoren aangetoond, met belangrijke nieuwe inzichten in vroege tumorvorming. Deze competitie werd tot dusver niet in menselijke weefsels aangetoond.
Dit project vertrekt van de hypothese dat ruimtelijke competitie aan de basis ligt van klonale evolutie en tumorvorming in menselijke epitheliale weefsels. Het doel is om ruimtelijke interactie tussen mutante klonen en ontwikkelende tumoren te bepalen in normale en (pre)tumorale weefsels afkomstig van de huid en hoofd- en halsregio van lichaamsdonoren. Na een karakterisatie van het klonale landschap d.m.v. diep exoom sequenering zullen de klonale veranderingen in kaart worden gebracht gebruik makende van ruimtelijke transcriptoom en genoom platformen. Deze kaarten zullen vervolgens gebruikt worden om interacties tussen mutante klonen te bepalen en de verschillende vormen van ruimtelijke competitie te identificeren.
Naar verwachting zal het project leiden tot klinisch relevante diepere inzichten in de rol van (vroege) klonale interacties in het proces van menselijke tumorvorming.