Microbiomen hebben een groot potentieel om bio-processen te verbeteren. In bodem en grondwater kunnen ze bijvoorbeeld organische verontreinigingen afbreken, een proces dat bioremediëring wordt genoemd. In Europa zijn er ongeveer 324.000 ernstig verontreinigde locaties, die een risico vormen voor mens en milieu. Conventionele saneringstechnologieën om ze te reinigen zijn vaak te duur en technisch gezien hebben microbiomen een groot potentieel om processen in de biogebaseerde industrie te verbeteren. Net als het microbioom in de darm, dat het lichaam ondersteunt bij de vertering van voedsel, kunnen microbiomen in milieucompartimenten zoals bodem en grondwater enzymen produceren die organische verontreinigingen veroorzaakt door menselijke activiteiten kunnen afbreken. In MIBIREM zullen we een instrumentarium ontwikkelen dat helpt om toepassingen voor microbiomen beter te ontwikkelen. Het instrumentarium bevat moleculaire methoden voor een beter begrip en monitoring, isolatie- en kweektechnieken, evenals kwaliteitscriteria voor depositie van hele microbiomen en last but not least methoden die worden toegepast om specifieke functies van microbiomen te verbeteren, zoals microbioomevolutie en verrijkingsculturen en microcosm testen. Het instrumentarium wordt ontwikkeld voor milieutoepassingen van microbiomen voor bioremediëring. Hiervoor zijn drie use-cases geselecteerd. In deze drie use-cases wordt de afbraak van organische verontreinigingen in bodem en grondwater door actieve microbiomen onderzocht en ontwikkeld. De drie groepen verontreinigingen zijn cyaniden, hexachloorcyclohexaan en petroleumkoolwaterstoffen. Het project begint met bemonstering van verontreinigde locaties om microbiomen die actief zijn bij afbraak te isoleren en om gegevens te verzamelen voor de ontwikkeling van een voorspellingstool die helpt bij het begeleiden van bioremediatie. Geïsoleerde microbiomen en afbrekende stammen zullen worden gedeponeerd en ook verbeterd via laboratoriumevolutie. Ten slotte zullen de prestaties van de geïsoleerde microbiomen worden getest op basis van de opgedane kennis over degraderende microbiomen in piloottests onder echte veldomstandigheden