Project

Opslag en verwerking van transcriptoomdata via de web tool CORNET

Looptijd
01-01-2010 → 31-12-2012
Financiering
Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek - Vlaanderen (FWO)
Promotor
Onderzoeksdisciplines
  • Natural sciences
    • Plant biology
Trefwoorden
transcriptoom data
 
Projectomschrijving

Om data mining en integratie in Arabidopsis gemakkelijk toegankelijk te maken voor een breed publiek
ontwikkelden we de tool CORNET. Publiek beschikbare microarray data werden verzameld in een relationele
databank en deze databank werd gekoppeld aan een webtool voor co-expressie analyse. De huidige databank
bevat alle microarray data afkomstig van experimenten uitgevoerd op de Affymetrix ATH1 array (Redman et
al. 2004), goed voor ongeveer 1200 experimenten (~3000 arrays). Naast de klassieke ATH1 array werd recent
ook een whole genome tiling array ontwikkeld die het volledige genoom overspant (Stolc et al. 2005). De
hoeveelheid data afkomstig van een experiment met deze tiling array is heel wat groter en vereist een
uitbreiding van de opslagcapaciteit. Bovendien opteren we voor de aankoop van een toegewijde
applicatieserver met voldoende capaciteit zowel op vlak van CPUs als op vlak van geheugen. Samengevat zijn
wij genoodzaakt de huidige computerinfrastructuur uit te breiden om in de toekomst de snel groeiende
hoeveelheden data afkomstig van tiling array experimenten te kunnen incorporeren in onze microarray
databank en deze data voor co-expressie analyse beschikbaar te stellen voor een breed publiek.