-
Natural sciences
- Genome structure and regulation
-
Medical and health sciences
- Genetics
- Ophthalmology
- Analysis of next-generation sequence data
- Molecular diagnostics
De adulte neurale retina bij de mens bevat zeven celklassen en wordt begrensd door het retinaal pigmentepitheel (RPE) en choroïd. Cis-regulatorische elementen (CREs) in volwassen en zich ontwikkelende retina van de mens zijn in kaart gebracht met behulp van bulk en single-cell transcriptomics en epigenomics. Deze bronnen gaven inzicht in genregulatie en interpratie van niet-coderende genomische varianten bij erfelijke netvliesaandoeningen (IRD), die een oorzaak zijn van vroeg blindheid bij 2 miljoen mensen wereldwijd. De driedimensionale (3D) conformatie van het genoom, een belangrijke determinant van CRE-doelwitgen specificiteit, is niet gekend in netvlies bij de mens. Gezien de complexe multiomics signaturen veronderstellen we dat er regionale en celspecifieke 3D-topologieën bestaan in het netvlies. Het doel van deze studie is om het 3D-genoom in adult netvlies te onderzoeken om CREs te kunnen koppelen aan retinale doelwitgenen. Specifiek willen we: (1) regionale en (2) celklasse specifieke 3D-genoom kaarten maken van adult netvlies met innovatieve C-technologieën zoals Hi-C; (3) retinale 3D-landschappen functioneel annoteren en een geïntegreerde regulatorische database voor adult netvlies voorzien; (4) effecten van structurele varianten (SVs) in IRD bepalen met het retinale 3D genoom. Deze studie heeft het potentieel om de 3D-architectuur van het genoom in netvlies te ontrafelen en de rol van SVs als oorzaak van onopgeloste IRD en als doelwit voor therapie te begrijpen.