Project

3D-RET: ontrafelen van 3D genoom architectuur in humane retina met behulp van C-technologieën

Code
12D8523N
Looptijd
01-10-2022 → 30-09-2025
Financiering
Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek - Vlaanderen (FWO)
Mandaathouder
Onderzoeksdisciplines
  • Natural sciences
    • Genome structure and regulation
  • Medical and health sciences
    • Genetics
    • Ophthalmology
    • Analysis of next-generation sequence data
    • Molecular diagnostics
Trefwoorden
inherited retinal disease
 
Projectomschrijving

De adulte neurale retina bij de mens bevat zeven celklassen en wordt begrensd door het retinaal pigmentepitheel (RPE) en choroïd. Cis-regulatorische elementen (CREs) in volwassen en zich ontwikkelende retina van de mens zijn in kaart gebracht met behulp van bulk en single-cell transcriptomics en epigenomics. Deze bronnen gaven inzicht in genregulatie en interpratie van niet-coderende genomische varianten bij erfelijke netvliesaandoeningen (IRD), die een oorzaak zijn van vroeg blindheid bij 2 miljoen mensen wereldwijd. De driedimensionale (3D) conformatie van het genoom, een belangrijke determinant van CRE-doelwitgen specificiteit, is niet gekend in netvlies bij de mens. Gezien de complexe multiomics signaturen veronderstellen we dat er regionale en celspecifieke 3D-topologieën bestaan in het netvlies. Het doel van deze studie is om het 3D-genoom in adult netvlies te onderzoeken om CREs te kunnen koppelen aan retinale doelwitgenen. Specifiek willen we: (1) regionale en (2) celklasse specifieke 3D-genoom kaarten maken van adult netvlies met innovatieve C-technologieën zoals Hi-C; (3) retinale 3D-landschappen functioneel annoteren en een geïntegreerde regulatorische database voor adult netvlies voorzien; (4) effecten van structurele varianten (SVs) in IRD bepalen met het retinale 3D genoom. Deze studie heeft het potentieel om de 3D-architectuur van het genoom in netvlies te ontrafelen en de rol van SVs als oorzaak van onopgeloste IRD en als doelwit voor therapie te begrijpen.