De Wereldgezondheidsorganisatie rapporteert dat meer dan 70% van de gekarakteriseerde opkomende infectieuze agentia een zoönotische transmissie kent. Voor opkomende bacteriële pathogenen moet daarbij met een transmissie via eetwaren van dierlijke oorsprong rekening worden gehouden. Met de huidige analyse methodes en strategieën in de klinische- en voedingsmiddelenmicrobiologie worden deze echter niet opgepikt. Oorzaken hiervan zijn de introductie van cultuur-onafhankelijke methoden die vaak onvoldoende identificatiediepte en de onmogelijkheid hebben om lage aantallen pathogenen te detecteren, en daarnaast een steeds verder doorgedreven selectiviteit en specificiteit van cultuur-afhankelijke methoden. Daardoor wordt enkel nog gescreend naar gekende pathogenen, en worden (fenotypisch) afwijkende isolaten niet langer verder geïsoleerd of geïdentificeerd.

In dit projectvoorstel wordt onderzoek gevoerd naar verschillende opkomende bacteriële zoonoses om hun gevaar als veroorzaker van gastro-enteritis te evalueren. Er zal door een combinatie van een innovatieve cultuur-onafhankelijke benadering gecombineerd met verschillende cultuur-afhankelijke methodes het voorkomen van deze pathogenen en hun virulentie- en AB-resistentie potentieel worden bepaald en vergeleken met humaan circulerende stammen. Daarenboven zal de predictieve waarde in de tracering van opkomende pathogenen van een recent ontwikkelde genen-pool analyse worden geëvalueerd.