De duurzaamheid van de productie van herkauwers is een belangrijk aandachtspunt voor de samenleving vanwege de gevolgen ervan voor het milieu, de economie en de voedselzekerheid. Bij productiesystemen van herkauwers spelen microbiomen geassocieerd met de gastheer een sleutelrol in de gezondheid, het welzijn en de milieu-efficiëntie. Ondanks de reeds beschikbare informatie missen we de inzichten om de oorzaken en mechanismen van microbiële invloeden precies te koppelen aan fenotypes van herkauwers. Dit komt omdat de onderlinge interactie en communicatie tussen het dier en zijn verschillende microbiomen nooit op een diepe, geïntegreerde manier bestudeerd werd. Het doel van dit project is om de rol van microbiomen die met herkauwers geassocieerd worden en hun interactie met de gastheer in het vroege leven en tijdens fundamentele levensfasen toe te lichten. HoloRuminant zal een holistische multi-omics-benadering gebruiken om de verwerving en evolutie van microbiomen  van verschillende lichaamslocaties te karakteriseren en hun erfelijkheid en invloed op de weerstand van de gastheer tegen ziekten en de milieu-efficiëntie van de productie in kaart te brengen. Specifiek zullen we: de functie van microbiomen bepalen door informatie op meerdere niveaus voor microben, gastheer en hun interactie te combineren; de rol van microbiomen bepalen tijdens uitdagende levensfases zoals perinataal, tijdens het spenen en na blootstelling aan ziekteverwekkers; en het effect evalueren van microbiomen van herkauwers op kritische fenotypes in het kader van een duurzame productie, en van gezondheid en welzijn. Dit zal de identificatie mogelijk maken van nieuwe microbiële merkers voor het volgen, voorspellen en selecteren van belangrijke fenotypes. Door actoren uit de waardeketen van de veehouderij erbij te betrekken, evalueren we de sociaaleconomische impact en aanvaardbaarheid van de voorgestelde innovaties bij de belanghebbenden en bij het publiek. HoloRuminant zal zeer innovatieve, gestandaardiseerde methodologieën bieden die ons begrip van de holobiont van herkauwers in belangrijke mate zullen vergroten. Deze kennis en de gecreëerde tools zullen het mogelijk maken om op microbiomen gebaseerde diagnostieken en oplossingen te gebruiken om de duurzaamheid van de productie van herkauwers te verbeteren.