Project

Ontwikkeling van breed toepasbare deep mutational scanning toegepast op receptorsystemen

Code
bof/baf/4y/2024/01/745
Looptijd
01-01-2024 → 31-12-2025
Financiering
Gewestelijke en gemeenschapsmiddelen: Bijzonder Onderzoeksfonds
Onderzoeksdisciplines
  • Natural sciences
    • Proteins
    • Cell signalling
Trefwoorden
mutant structuur-functie DNA barcode receptor DNA sequenering
 
Projectomschrijving

Receptoren zijn cruciaal voor communicatie tussen cellen in ons lichaam. We ontwikkelen systemen voor studie van de effecten van duizenden verschllende mutaties in receptoren op hun functie. We gebruiken de HEK293 cellijn die genetisch werd gemodificeerd zodat één enkele mutant van een receptor tot expressie wordt gebracht per cel.  Elke mutant is gekoppeld aan een unieke DNA barcode. We genereren duizenden cellen die elk een verschillende mutant bevatten. De cellen bevatten een rapporteergen dat leidt tot een fluorescent signaal wanneer een actieve receptor wordt gestimuleerd door zijn ligand. Cellen met actieve en inactieve receptor mutanten worden zo gescheiden in fracties via fluorescence-activated cell sorting. De mutanten in de fracties worden geïdentificeerd en gekwantificeerd door extractie, amplificatie en Illumina sequencing van hun unieke DNA barcodes. Dit identificeert mutaties die mogelijk betrokken zijn bij ziekte en schept beter inzicht in de werking van de receptor.