Nico Boon leidt de Microbial Community Engineering (MiCE) groep binnen het Center for Microbial Ecology and Technology (CMET) aan de Universiteit Gent. Zijn onderzoek richt zich op toegepaste microbiële ecologie van beheerde en ontworpen ecosystemen. Hij ontwikkelt moleculaire methoden zoals Next Generation Sequencing, Fluorescent in situ Hybridisatie, Real-Time PCR, en Flow Cytometry voor de beschrijving van micro-organismen. Zijn werk omvat het onderzoeken van microbiële processen in de drinkwater productie, koolstof- en stikstofcyclus, nieuwe bioaugmentatiestrategieën voor xenobiotica, en de bioprecipitatie en toepassing van katalytische deeltjes. Recent richt zijn onderzoek zich op nieuwe microbiële ecologische theorieën om de structuur en functionaliteit van microbiële gemeenschappen te koppelen. Dit leidt tot Microbial Resource Management (MRM), een strategie om de prestaties van microbiële gemeenschappen te optimaliseren.