EPIAGE: Epigenetische patronen binnen een informatie-gebaseerd verouderingsmodel

We plannen de gegevens en inzichten die voortkomen uit de 3 volgende benaderingen toe te passen om verder onderzoek te doen naar veroudering en leeftijdsgebonden ziekten (met de focus op oncologie en auto-immuunziekten).

Benadering 1: De informatietheorie van veroudering is een theoretisch kader dat probeert het verouderingsproces te verklaren in termen van informatietheorie. Het is gebaseerd op het idee dat veroudering het gevolg is van de opeenhoping van stochastische fouten en verlies van informatie. Naarmate we ouder worden, ondergaat ons epigenoom, dat de verzameling van alle epigenetische markeringen in onze cellen is, significante veranderingen. Een van de belangrijkste epigenetische veranderingen die optreden tijdens veroudering is DNA-methylatie. Er is een wereldwijde afname van DNA-methylatie, maar een lokale toename, met name in regio's van het genoom die belangrijk zijn voor het reguleren van genexpressie. Door de compressibiliteit van een systeem te meten, kunnen we inzicht krijgen in de stochastische aard ervan. In een sterk geordend systeem kunnen methyleringsgebeurtenissen sterk lokaal gecorreleerd zijn op een specifieke en voorspelbare manier, waardoor het meer comprimeerbaar is. In een systeem met wanorde of willekeurigheid zijn de methyleringsgebeurtenissen niet gerangschikt in een specifiek patroon, waardoor het minder comprimeerbaar is. We willen onderzoeken of de compressibiliteit van epigenoom-brede informatie de informatietheorie van veroudering op epigenetisch niveau bevestigt.

Benadering 2: Epigenetische deconvolutie is een techniek die wordt gebruikt om de verschillende celpopulaties te scheiden en analyseren die aanwezig zijn in een gemengde monster van cellen, zoals perifeer bloed mononucleaire cellen (PBMC's) of circulerend vrij DNA (cfDNA). Deze techniek maakt gebruik van epigenetische ma