Project

Zoekschema's voor sequentiealignering op pan-genoomgrafen

Code

01D04821

Looptijd

01-10-2021 → 31-10-2021

Financiering

Gewestelijke en gemeenschapsmiddelen: Bijzonder Onderzoeksfonds

Promotor

Jan Fostier

Mandaathouder

Lore Depuydt

Onderzoeksdisciplines

Medical and health sciences
- Analysis of next-generation sequence data
- Development of bioinformatics software, tools and databases
Engineering and technology
- Bio-informatics

Trefwoorden

Benaderende sequentiealignering bio-informatica pan-genomica aligneren van sequenties tegen grafen

Projectomschrijving

We zullen schaalbare, op grafen gebaseerde pan-genoomrepresentaties ontwikkelen, evenals algoritmen die efficiënte zoekfunctionaliteit mogelijk maken. Het eerste doel is de detectie van nietaaneengesloten overeenkomsten van sequenties tegen het pan-genoom. Daarnaast zullen we compatibiliteit met lange sequenties met veel fouten naast korte sequenties met weinig fouten realiseren. In het bijzonder zullen we representaties bestuderen op basis van de Burrows- Wheelertransformatie (BWT).