Project

Zoekschema's voor sequentiealignering op pan-genoomgrafen

Code
01D04821
Looptijd
01-10-2021 → 31-10-2021
Financiering
Gewestelijke en gemeenschapsmiddelen: Bijzonder Onderzoeksfonds
Promotor
Mandaathouder
Onderzoeksdisciplines
  • Medical and health sciences
    • Analysis of next-generation sequence data
    • Development of bioinformatics software, tools and databases
  • Engineering and technology
    • Bio-informatics
Trefwoorden
Benaderende sequentiealignering bio-informatica pan-genomica aligneren van sequenties tegen grafen
 
Projectomschrijving

We zullen schaalbare, op grafen gebaseerde pan-genoomrepresentaties ontwikkelen, evenals algoritmen die efficiënte zoekfunctionaliteit mogelijk maken. Het eerste doel is de detectie van nietaaneengesloten overeenkomsten van sequenties tegen het pan-genoom. Daarnaast zullen we compatibiliteit met lange sequenties met veel fouten naast korte sequenties met weinig fouten realiseren. In het bijzonder zullen we representaties bestuderen op basis van de Burrows- Wheelertransformatie (BWT).