Project

Zoekschema's voor sequentiealignering op pan-genoomgrafen

Code
01D04821
Duration
01 October 2021 → 31 October 2021
Funding
Gewestelijke en gemeenschapsmiddelen: Bijzonder Onderzoeksfonds
Promotor
Research disciplines
  • Medical and health sciences
    • Analysis of next-generation sequence data
    • Development of bioinformatics software, tools and databases
  • Engineering and technology
    • Bio-informatics
Keywords
Approximate string matching bio-informatics pan-genomics sequence-to-graph alignment
 
Project description

We zullen schaalbare, op grafen gebaseerde pan-genoomrepresentaties ontwikkelen, evenals algoritmen die efficiënte zoekfunctionaliteit mogelijk maken. Het eerste doel is de detectie van nietaaneengesloten overeenkomsten van sequenties tegen het pan-genoom. Daarnaast zullen we compatibiliteit met lange sequenties met veel fouten naast korte sequenties met weinig fouten realiseren. In het bijzonder zullen we representaties bestuderen op basis van de Burrows- Wheelertransformatie (BWT).