Project

ThirdGenT linkt levenswetenschappen met derde-generatie sequenering van (epi)genomen, (epi)transcriptomen en translatomen: impact op kanker, zeldzame ziekten, microbiologie, cel- en gentechnologie, ontwikkelings- en computationele biologie

Acroniem
ThirdGenT
Code
I012224N
Looptijd
01-05-2024 → 30-04-2028
Financiering
Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek - Vlaanderen (FWO)
Promotor-woordvoerder
Onderzoeksdisciplines
  • Natural sciences
    • Analysis of next-generation sequence data
    • Bioinformatics of disease
    • Computational transcriptomics and epigenomics
  • Medical and health sciences
    • Molecular diagnostics
    • Genetics
Trefwoorden
long-read sequencing, HiFi reads, high accuracy complexe genomische gebieden, splicevarianten, isovormen DNA-methylering, epigenoom
 
Projectomschrijving

Derde-generatie of long-read sequencing (LRS) werd verkozen tot Methode van het Jaar 2022. Deze baanbrekende technologie heeft een revolutie teweeggebracht in het life science onderzoek, met een nauwkeurigheid, verwerkingscapaciteit, extreem lange reads en real-time data-analyse die drastisch zijn toegenomen terwijl de kosten laag bleven. LRS werd een ongekende technologie voor het sequencen van complexe genoomgebieden, structurele variaties, volledige genomen met hogere nauwkeurigheid en resolutie, transcriptomen met alternatieve splicinggebeurtenissen, fusietranscripten, nieuwe isovormen, translatomes, epigenetische modificaties, waaronder DNA-methylering. Het Revio-instrument (PacBio) wordt beschouwd als de beste LRS-oplossing voor (epi)genomen, (epi)transcriptomen en translatomomen. Omdat onderzoekers op bijna alle gebieden van de biowetenschappen baat hebben bij LRS, brengen we het ThirdGenT consortium samen. Dit zal LRS verbinden met UGent experten in sequencing toepassingen in de levenswetenschappen, in het bijzonder oncologie, zeldzame ziekten, microbiologie, stamcel- en gentechnologie, ontwikkelings- en computationele biologie, en zo de weg vrijmaken voor nieuwe onderzoekswegen. De Revio-apparatuur zal gehost worden door de Sequencing Core van de UGent, die over de vereiste kritische massa beschikt (infrastructuur, operationele capaciteit, expertise, personeel, technologie, sample volume en omzet). De hele academische en bedrijfsmatige onderzoeksgemeenschap zal voordeel halen uit deze innovatieve apparatuur, die de eerste zal zijn in Vlaanderen, en zo lokale, nationale en internationale samenwerkingen katalyseren.