Borst- en ovariumkanker zijn vaak voorkomende vormen van kanker, vooral in de Westerse wereld. Kanker is het resultaat van genetische defecten die zich over tijd opstapelen en
belangrijke cellulaire mechanismen verstoren, waardoor ongecontroleerde celgroei ontstaat. Erfelijkheid kan een significante rol spelen in de vatbaarheid van een persoon voor
borst- en ovariumkanker. BRCA1 en BRCA2 zijn, naast andere, genen die goed gekend zijn in het kader van erfelijke borst- en ovariumkanker. Mutaties die de functie van het
genproduct verstoren hebben een negatief effect op homologe recombinatie, een belangrijke signaalweg voor het herstellen van dubbelstrengige DNA-schade. Hierdoor destabiliseert het genoom en ontstaan er meer genetische fouten. Mutaties in BRCA1 of BRCA2 komen voor op zowel germinaal als somatisch niveau.
Tegenwoordig gebeurt het ontdekken van genetische veranderingen voornamelijk met behulp van massieve parallelle sequeneringsmethoden. Deze maken het mogelijk een grote
hoeveelheid aan data te genereren tegen een aanvaardbare kost en binnen afzienbare tijd.
In ons labo werd een efficiënte en flexibele werkwijze bedacht waarmee het mogelijk werd om verschillende genen op gerichte wijze simultaan te sequeneren voor een groot aantal
patiënten (paper I). Ondanks het grote succes van MPS worden PCR-gebaseerde technieken nog steeds gebruikt en er komen steeds nieuwe toepassingen bij. In paper II hebben we
een vergelijking gemaakt tussen kwantitatieve PCR en de recentere digitale PCR op basis van hoe goed ze alternatief geëxpresseerde transcripten van BRCA1 konden kwantificeren.
Beide technieken presteerden vergelijkbaar, als ook MPS, wat aantoont dat deze technieken compatibel zijn aan elkaar.
De werkwijze uit paper I werd gedurende enkele jaren gebruikt voor variant screening in BRCA1 en BRCA2 op germinaal vlak. Via een gelijkaardige aanpak, aangevuld met andere
moleculaire technieken, hebben we de status van BRCA1 en BRCA2 onderzocht in een cohorte van BRCA1- en BRCA2-geassocieerde tumoren (paper III). We concludeerden dat verlies van BRCA1 of BRCA2 niet zo eenvoudig is als voorgesteld door de hypothese van Knudson, maar dat BRCA1 of BRCA2 functionaliteit zeer heterogeen is in deze tumoren. We verwachten dat deze bevindingen een impact kunnen hebben op de klinische behandeling van patiënten met BRCA1/2-deficiëntie of homologe recombinatie deficiëntie in het
algemeen.
Voor alle BRCA1-geassocieerde borsttumoren van deze cohorte werd genoomwijde miRNA profilering gedaan. Differentiële expressie analyse toonde subtype-specifieke profielen aan die goed overeenkwamen met eerder gepubliceerde, publieke data van andere onderzoeksgroepen. We vonden ook vijftien kandidaat miRNAs die mogelijks geassocieerd
zijn met BRCA1-status (paper IV). Op dit moment werd nog geen enkele van deze miRNAs functioneel gevalideerd. We proberen eerst een positieve controle cellijn te construeren
met miRNAs die gekend zijn om een impact te hebben op BRCA1 functionaliteit (miR-146a en miR-182). In paper V leggen we uit dat de relatie tussen deze miRNAs en BRCA1 niet zo eenduidig is als sommige publicaties aangeven.