Project

Identificatie van Dickeya in pootgoed

Looptijd
01-01-2012 → 31-12-2013
Financiering
Federale middelen: divers
Promotor
Onderzoeksdisciplines
  • Natural sciences
    • Microbiology
    • Systems biology
  • Medical and health sciences
    • Laboratory medicine
    • Microbiology
    • Laboratory medicine
    • Laboratory medicine
    • Microbiology
Trefwoorden
Dickeya
 
Projectomschrijving

Dickeya is een ernstig fytosanitair risico voor de teelt van aardappelpootgoed. De Dickeya varianten die zich op pootgoed voordoen moeten accuraat geïdentificeerd kunnen worden, i.h.b. de nieuwe agressieve variant die tentatief Dickeya Solani wordt genoemd. Er worden sequenties van virulentiegenen geanalyseerd, i.c. genen die tussenkomen tijdens de initiële kolonisatie van de aardappelplant (de nieuwe Dickeya variant lijkt zich specifiek in deze processen te onderscheiden), en van genen voor celwand-degraderende enzymes. Met deze MLSA gegevens worden DNA-verwantschapsbomen uitgezet en deze worden vergeleken met de MLSA gebaseerd op een set huishoudgenen. Hieruit zal de bruikbaarheid blijken van bepaalde genen voor identificatie van de Dickeya varianten, i.h.b. van Dickeya solani, waaruit verder ook DNA-barcodes en specifieke kwantitatieve PCRs kunnen voortkomen. Bijkomende taxonomische onderbouwing zal gegeven worden door genomische vingerafdrukken uit PCR-melting profile, een 'AFLP light', totale DNA:DNA hybridisaties en MALDI-TOF MS van representatieve stammen. Uit de combinatie van deze nieuwe gegevens verwachten we af te leiden of DIckeya solani enkel een meer agressieve vorm is, dan wel substantieel afwijkt van de gekende Dickeya species en varianten. In functie van een uiteindelijke afweging voor Q-status wordt de schadelijkheid van representatieve stammen uit de verschillende clusters vergeleken in gecontroleerde pathogeniciteitstesten in aardappel en andere cultuurgewassen en )-planten.