Project

Ophelderen van de rol van cis-regulatie en van ultra-geconserveerde niet-coderende elementen, geassocieerd met het choroideremie gen CHM

Looptijd
01-10-2018 → Lopend
Financiering
Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek - Vlaanderen (FWO)
Onderzoeksdisciplines
  • Natural sciences
    • Genetics
    • Systems biology
  • Medical and health sciences
    • Molecular and cell biology
    • Molecular and cell biology
Trefwoorden
choroideremie gen CHM
 
Projectomschrijving

Het menselijke genoom is verdeeld in functionele bouwstenen, de zogenaamde topologische associaties
domeinen (TAD's). Binnen TADs werken genen en niet-coderende cis-regulerende elementen (CRE's) fysiek vaker met elkaar in dan met elementen buiten het TAD. CRE's moeten dat zijn
intact voor een correcte tijd en weefselspecifieke genexpressie. Sommige TAD's bevatten ook
ultraconserved niet-coderende elementen (UCNE's), waarvan aangenomen wordt dat ze een rol spelen tijdens de ontwikkeling.
Ondanks het belang van CRE's en UCNE's voor ontwikkeling en ziekte, is er nog steeds weinig
kennis over hun locatie, doelgenen en functie. Hier richten we ons op het sluiten van de kennis
gat in de regulatie van het CHM-gen, dat betrokken is bij choroideremie, een monogeen
verblindende toestand die vatbaar is voor gentherapie. Het algemene doel is om CRE's en
UCNE's die betrokken zijn bij de regulatie van CHM in het netvlies en om hun rol in choroideremie te beoordelen
pathogenese, aangezien deze elementen potentiële doelen zijn voor niet-coderende defecten, die bijdragen aan
het missen van erfelijkheid bij deze ziekte. Concreet zullen we eerst de cis-regulator karakteriseren
landschap van het CHM-gebied in menselijke retinale cellen, gevolgd door de functionele karakterisering van
de geïdentificeerde CRE's en UCNE's die CRISPR / Cas9-gebaseerde genoombewerking gebruiken in zowel een cellulaire als een
Xenopus-model. Over het algemeen zal deze studie als basis dienen voor een beter begrip van de drijfveren van
CHM-regulatie en kan worden uitgebreid naar andere (retinale) ziektegenen.