Eencellig omics onderzoek wordt momenteel voornamelijk gedomineerd door RNA-gebaseerde sequeneringsmethoden. Dankzij recente technologische ontwikkelingen is eencellige proteeomanalyse door middel van massaspectrometrie (ECP) nu mogelijk als een alternative strategie. Deze technologie heeft veel potentieel voor toepassingen waar de veranderingen op het eiwitniveau onderliggend aan cellulaire heterogeniteit nauwkeurig in kaart gebracht en begrepen moeten worden zoals in de studie van niet-genetische therapieresistentie. Echter, er zijn verdere ontwikkelingen nodig om ECP mogelijk te maken in een biomedische context. Als onderdeel van dit projectvoorstel zal ik gangbare ECP methodes verbeteren door een nieuwe multiplexing strategie te implementeren in data-onafhankelijke acquisitiemodus, waardoor zowel throughput en datakwaliteit verbeterd zullen worden. Verder zal ik ook bijdragen aan de ontwikkeling van ECP-specifieke normalisatiestrategieën om de correcte analyse en vergelijking van cellen van verschillende subtypes en groottes mogelijk te maken. Tot slot zal ik de toepasbaarheid van de hier ontwikkelde aanpak aantonen door het toe te passen om minimale residuële ziekte te onderzoeken die veroorzaakt is door (heterogene) therapieresistente cellen in een patiënt-afgeleide xenotransplantaatmodel van melanoma.