Project

NXT-EYE: geïntegreerde genomica en transcriptomica voor genidentificatie in erfelijke netvliesaandoeningen

Acroniem
NXT-EYE
Looptijd
01-09-2013 → 31-08-2018
Financiering
Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek - Vlaanderen (FWO)
Onderzoeksdisciplines
  • Natural sciences
    • Genetics
    • Systems biology
  • Medical and health sciences
    • Laboratory medicine
    • Medical systems biology
    • Molecular and cell biology
    • Laboratory medicine
    • Medical systems biology
    • Molecular and cell biology
    • Laboratory medicine
    • Medical systems biology
    • Molecular and cell biology
Trefwoorden
splitstechnologieën mechanismen ziektegenen
 
Projectomschrijving

Erfelijke retinadegeneratie (RD) is verantwoordelijk voor 5% van de blindheid. Genetische studies hebben onderliggende moleculaire defecten in ~ 50% van de personen met RD, waarvan de meeste in het coderende gedeelte van het genoom onthuld. De komst van de next-generation sequencing (NGS) heeft een revolutie teweeggebracht in de genetische landschap. De enorme hoeveelheid gegevens die door NGS belemmert ziekte genidentificatie, die krachtige prioritering strategieën. Bovendien is er een groeiend aantal aanwijzingen dat een belangrijk deel van gendefecten buiten de coderende gebieden bevinden. Deze worden gemist door genomische benaderingen zoals exome sequencing. Om dit te ondervangen, ons project heeft tot doel: (i) Integreer genomics en transcriptomics NGS-gebaseerde benaderingen, om zowel coderende en niet-coderende veranderingen te ontdekken. (Ii) Het ontwikkelen van een uitgebreide filtering strategie voor NGS gegevensanalyse in RD, gebaseerd op retinaspecific data - zoals retinale expressie sets van coderende en niet-coderende RNA's en cis-regulerende kaartgegevens van het netvlies transcriptiefactoren CRX en OTX2 - gecombineerd met generieke gegevens op basis van homozygosity mapping. Deze geïntegreerde benadering wordt toegepast op 50 consanguine families met Leber congenitale amaurosis (LCA) en autosomaal recessieve retinitis pigmentosa (ARRP), de zwaarste en meest voorkomende RD resp. We verwachten dat dit project de grenzen van ontdekking van genen voren zal duwen RD en zal leiden tot de identificatie van coderende en onconventionele coderende mutaties in ten minste enkele nieuwe RD genen voor LCA of ARRP.