Project

Identificatie van het gen regulerende netwerken vasculaire ontwikkeling in planten - een vergelijkende benadering op single-cell resolutie

Code
3E006821
Looptijd
01-10-2021 → 30-09-2024
Financiering
Fonds voor Wetenschappelijk Onderzoek - Vlaanderen (FWO)
Mandaathouder
Onderzoeksdisciplines
  • Natural sciences
    • Single-cell data analysis
    • Evolutionary biology not elsewhere classified
    • Transcriptomics
    • Systems biology not elsewhere classified
Trefwoorden
gen regulerende netwerken single cell technologie vasculaire ontwikkeling
 
Projectomschrijving

Tijdens de kolonisatie van het land ontwikkelden planten het wortel vasculair systeem, wat bestaat uit gespecialiseerde structuren die instaan voor de verankering en het transport van voedingsstoffen en water. Dit soort innovaties gaan vaak gepaard met veranderingen in de regulatie van genen die orgaan ontwikkeling controleren. Hierbij controleren regulatoren de expressie van andere genen, wat kan worden voorgesteld in een netwerk. Alhoewel deze gen netwerken reeds werden bestudeerd voor de wortel in Arabidopsis, is over de regulatie in verschillende celtypes en de evolutie van deze netwerken in het plantenrijk weinig gekend. Wij zullen in dit project gebruik maken van nieuwe technologieën (scRNA- en scATAC-Seq) om celtype specifieke netwerken te bestuderen in vijf planten, die zowel niet-vasculaire, vroeg vasculaire als vasculaire soorten omvatten. Door de verschillen in celtype specifieke netwerken te bestuderen in deze verschillende planten, zullen we (niet-)geconserveerde netwerk structuren kunnen aflijnen, die morfologische evolutie kunnen verklaren. Tevens zal de vergelijking van deze planten met verschillende types van vasculaire eigenschappen toelaten om belangrijke geconserveerde en nieuwe regulatoren te identificeren, betrokken bij de transitie van niet-vasculaire naar vasculaire soorten. Tot slot zal de omvangrijke dataset die zal worden opgebouwd een belangrijke hulpbron zijn voor andere onderzoekers om gen expressie en regulatie bestuderen in specifieke celtypes