De meeste studies naar het menselijke darm microbioom richten zich voornamelijk op de ecologie van de dikke darm, met minder aandacht voor het microbiota van de dunne darm, deels als gevolg van moeilijkheden bij staalname. Desalniettemin spelen de microbiota van de dunne darm een cruciale rol bij het leveren van talrijke metabolische functies en draagt het bij aan de gezondheid. In dit project zal een in vitro Simulator van de Menselijke Microbiële Ecologie (SHIME) worden geoptimaliseerd en gevalideerd tegen in vivo stalen om de samenstelling en functionaliteit van het microbiota van de proximale dunne darm te recapituleren. In eerste instantie zullen de normale dynamieken als gevolg van dieet worden onderzocht. Vervolgens zullen factoren die bijdragen aan ziektegevoeligheid worden gesimuleerd in het SHIME-model om de microbiële dynamiek in specifieke ziektestaten vast te leggen. Over het algemeen zal dit project ons huidige begrip van de samenstelling, dynamiek en functionaliteit van het microbiota van de proximale dunne darm uitbreiden, zowel in gezonde als zieke toestand.