Project

Integratie van moleculaire en cellulaire fenotypes: optimalisatie van RNA-seq en high content microscopy voor het CRISParray platform

Acroniem
CRISParray
Code
F2022/IOF-ConcepTT/086
Looptijd
01-05-2023 → 30-04-2024
Financiering
Gewestelijke en gemeenschapsmiddelen: Industrieel Onderzoeksfonds
Onderzoeksdisciplines
  • Medical and health sciences
    • Cytoskeleton
    • Intracellular compartments and transport
    • Transcription and translation
Trefwoorden
geneesmiddelenonderzoek doelwitgen identificatie cellulaire en moleculaire fenotypering
 
Projectomschrijving

Een reden voor het mislukken van de ontwikkeling van geneesmiddelen is het gebrek aan gegevens omtrent het doelwitgen. Wij hebben een screeningstechnologie ontwikkeld, CRISParray, die perturbatie van doelwitgenen met CRISPR-technologie mogelijk maakt, gevolgd door RNA-sequenering. Dankzij de configuratie van ons platform bevinden we ons in een unieke positie om extra uitlezingen te integreren. Eerdere studies hebben de complementariteit aangetoond tussen miscroscopische analyses en RNA-sequenering. Hier willen we microscopische analyse via de CellPaint-technologie integreren als een extra uitlezing van het CRISPRarray-platform. We zullen proof-of-concept data genereren die de compatibiliteit van CellPaint met de huidige implementatie van CRISPRarray aantonen en de reactieomstandigheden optimaliseren om de workflow-efficiëntie af te stemmen. We zullen software ontwikkelen om RNA-sequenering en CellPaint te combineren en doelwitgen karakterisering verder te ondersteunen.