De Wereldgezondheidsorganisatie rapporteert dat meer dan 70% van de gekarakteriseerde opkomende infectieuze agentia een zoönotische transmissie kent. Voor opkomende bacteriële pathogenen moet daarbij met een transmissie via eetwaren van dierlijke oorsprong rekening worden gehouden. Met de huidige analyse methodes en strategieën in de klinische- en voedingsmiddelenmicrobiologie worden deze echter niet opgepikt. Oorzaken hiervan zijn de introductie van cultuur-onafhankelijke methoden die vaak onvoldoende identificatiediepte en de onmogelijkheid hebben om lage aantallen pathogenen te detecteren, en daarnaast een steeds verder doorgedreven selectiviteit en specificiteit van cultuur-afhankelijke methoden. Daardoor wordt enkel nog gescreend naar gekende pathogenen, en worden (fenotypisch) afwijkende isolaten niet langer verder geïsoleerd of geïdentificeerd. In dit projectvoorstel wordt gefocust op de opkomende bacteriële zoonoses Campylobacter concisus, C. curvus, en C. rectus, Proteus mirabilis en Escherichia albertii omdat wetenschappelijke data hun hoogdringendheid verantwoordt in hun rol als veroorzaker van gastro-enteritis. Daarnaast blijkt bij patiënten met chronische maag-darm aandoeningen een dysbiose met een verhoogd voorkomen van Proteobacteria, waaronder bovengenoemde pathogenen. De besmettingsbronnen zijn echter onvoldoende bestudeerd, en Belgische en bij uitbreiding Europese data over de prevalentie op voeding is zeer beperkt of onbestaande. In dit projectvoorstel zal door een combinatie van een innovatieve cultuur-onafhankelijke benadering gecombineerd met verschillende cultuur-afhankelijke methodes het voorkomen van deze pathogenen en hun virulentie- en AB-resistentie potentieel worden bepaald en vergeleken met humaan circulerende stammen. Daarenboven zal de predictieve waarde in de tracering van opkomende pathogenen van een recent ontwikkelde genen-pool analyse worden geëvalueerd.