De structuur van een microbiële gemeenschap is diep verbonden met zijn functionaliteit en schommelingen in de omgevingsomstandigheden kan het ecosysteem functionaliteit beïnvloeden. Begrijpen hoe deze microbiële middelen te beheren biedt mogelijkheden voor onderzoek en praktische toepassingen. Het blijft echter uiterst moeilijk vast te stellen, in het kader van een complexe microbiële gemeenschap, die de belangrijkste spelers wiens metabole activiteit moet worden verbeterd om een ​​positief effect tot stand te brengen zijn. In dit opzicht kunnen synthetische microbiële ecologie helpen. In het kader van deze studie zullen we natuurlijk studeren geëvolueerd en functionele netwerken van gastrointestinale samenwerkende microorganismen, welke functies die cruciaal zijn voor de gezondheid op een stabiele manier (d.w.z. collaboromes) zijn uitgevoerd. Deze collaboromes zullen eerst worden gebruikt voor basis-ecologisch onderzoek om te begrijpen hoe deze micro-organismen zich kunnen aanpassen aan elkaar, wat is hun synergetisch effect op de host en hoe ze zich gedragen met betrekking tot de veranderende omgevingsfactoren. Vervolgens heeft de meest veelbelovende “collaborome / s” zal worden gebruikt om de effectiviteit ervan te bewijzen bij het aanvechten meer complexe microbiële gemeenschappen, het tegengaan van de negatieve effecten van een pathogeen invasie of gastro-intestinale chronische ontsteking. In dit project gebruiken wij in vitro testen (d.w.z. SHIME), in vivo (d.w.z. muizen) en de meest geavanceerde metagenomic en metabolomics technieken.