-
Medical and health sciences
- Virology
Het HCRC ontvangt in dit project monsters van Emory University (geëxtraheerd DNA en RNA en plasma). Het HCRC zal totaal HIV DNA, intact proviraal DNA assay analyse en CA RNA analyse uitvoeren met behulp van een hogere orde multiplex platform (5 kleuren). HCRC zal single genome sequencing van plasmavirus (SGS) uitvoeren. Daarnaast zal het HCRC -unique modified identifier- nanopore sequencing uitvoeren om bijna volledige sequenties te verkrijgen op semi high throughput wijze. Het HCRC zal MIP-seq uitvoeren voor het evalueren van HIV-integratiesites en daaraan gekoppelde provirale sequenties, of reguliere ISLA wanneer dat nodig is. Tot slot zal het HCRC nieuwe bevindingen valideren door CRISPR-CAS gemedieerde knock-out van nieuwe targets die in dit project kruisgewijs gevalideerd zullen worden.