Een IUS-partnerprogramma is een langetermijnverbintenis die team effort en een diepgaand partnerschap veronderstelt tussen Vlaamse universiteiten en hogescholen, en een universiteit in één van de partnerlanden van VLIR-UOS. Deze universiteit wordt niet beschouwd als een geïsoleerde begunstigde, maar wel als een belangrijke betrokkene op het vlak van universitaire ontwikkelingssamenwerking op landenniveau.
Het IUS-partnerprogramma bestaat uit een samenhangend geheel van projecten rond een overkoepelend thema met daarbinnen een aantal afgebakende wetenschappelijke kerngebieden die bijdragen tot nationale prioriteiten rond ontwikkelingssamenwerking.