Project

Nanopore-sequencing van complete farmacogenen na CRISPR/Cas9-verrijking bij tamoxifen- en clopidogrel-patiënten, waardoor verbeterde haplotypering en voorspelling van de werkzaamheid met machine learning mogelijk is.

Looptijd
01-10-2021 → Lopend
Financiering
Gewestelijke en gemeenschapsmiddelen: Bijzonder Onderzoeksfonds
Mandaathouder
Onderzoeksdisciplines
  • Medical and health sciences
    • Pharmogenetics and -genomics
Trefwoorden
Farmacogenetica haplotypering nanopore sequencing machine learning
 
Projectomschrijving

Farmacogenetica (PGx) bestudeert hoe genen de individuele respons op medicamenteuze therapieën beïnvloeden. De huidige short read sequeneringstechnologieën (SR-MPS) bieden slechts beperkte haplotype-informatie. We willen dit verhelpen door nanopore sequencing van volledige PGx genen met behulp van een amplificatievrije CRISPR/Cas9 aanrijkingsmethode. We zullen de volledig gefaseerde genomische data en metadata van 2 cohorten gebruiken om een machine learning-model te trainen.