Breedspectrum antibiotica zijn succesvol voor de behandeling van acute bacteriële infecties, maar hebben een zeer nadelig effect op de microbioomdiversiteit en de talrijke symbiotische interacties tussen microbioom en het menselijk lichaam. In een huidige paradigma shift focust de behandeling van bacteriële infecties daarom meer en meer op conservatie van het microbioom door de ontwikkeling van microbioom-vriendelijke antibacteriële middelen. De hoge specificiteit van lysines – bacteriofaag-gecodeerde peptidoglycaandegraderende enzymen met bewezen klinisch potentieel – is uitermate geschikt om aan deze vraag te voldoen. In dit project zal ik een pijplijn ontwikkelen voor de ontdekking, engineering en toediening van lysines in de darmomgeving met als doel kolonisatie door pathogenen te elimineren. Een generische aanpak zal in detail uitgewerkt worden voor lysines die specifiek actief zijn tegen vancomycine-resistente enterococcen (VRE). VRE zijn darmcommensalen die levensbedreigend kunnen worden wanneer ze een invasieve, moeilijk behandelbare infectie veroorzaken. Preventieve VRE dekolonisatie in hoog-risico patiënten is daarom een effectieve aanpak om het risico op infectie te onderdrukken.