Biomonitoring van visfauna via eDNA methoden is potentieel complementair aan conventionele, vaak kostbare of tijdrovende vismethoden. eDNA metabarcoding, waarbij de samenstelling van volledige visgemeenschappen kan worden onderzocht, dient nu ontwikkeld te worden tot een praktisch toepasbare en gestandaardiseerde methodiek voor de integratie in bestaande of toekomstige monitoringsprogramma’s en geassocieerde regelgeving. Mogelijke uitdagingen bij het gebruik van deze techniek in lotisch water richten zich onder meer tot accurate kwantificering van abundanties, verschuivingen van eDNA patronen in tijd en ruimte, en finaal de beoordeling van het ecosysteem zelf. In deze studie toetsen we het potentieel van op eDNA-gebaseerde kwaliteitsscores voor Vlaamse waterlopen met de Europese Kaderrichtlijn Water als praktisch uitgangspunt. Hiervoor zullen we een grootschalige bemonsteringscampagne uitvoeren, waarbij we de resolutie van eDNA metabarcoding vergelijken met traditionele afvissingen. Dit moet ons inzichten verschaffen over de spatiotemporele patronen van eDNA binnen deze waterlopen. Experimentele validatie en kalibratie van absolute soortenabundanties binnen variabele visgemeenschappen, alsook een optimalisatie van de metabarcoding workflow, zal leiden tot een vertaling van de bekomen eDNA patronen in indices voor biotische integriteit. Dit alles moet finaal resulteren in een reeks praktische richtlijnen voor implementering van eDNA metabarcoding als ecosysteemmonitoringstool.