Vaccinatie is de afgelopen decennia zeer succesvol gebleken met de uitroeiing van pokken en bijna-uitroeiing van polio. Momenteel is vaccinatie beschikbaar voor meer dan 29 ziekten en worden zo ongeveer 3 miljoen sterfgevallen per jaar voorkomen. Echter, voor sommige ziekten, zoals kanker en tuberculose, zijn nog geen doeltreffende vaccins beschikbaar. Een groot probleem bij de ontwikkeling van vaccins voor deze ziekten is de grote afhankelijkheid van T-cel immuniteit. Dit vereist de identificatie van doeltreffende MHC gepresenteerde epitopen die een krachtige immuunrespons uitlokken in het lichaam. De identificatie van dergelijke MHC-gebonden epitopen wordt nagestreefd in immunopeptidomics, waarbij de gebonden epitopen worden geïsoleerd en geanalyseerd. Maar terwijl nieuwe massa spectrometrie-gebaseerde protocollen worden ontworpen om de gevoeligheid van de experimentele identificatie van deze epitopen te verhogen, o.a. in het lab van mijn co-promotor Prof. Impens, hinken bio-informatica tools die efficiënt de resulterende fragmentatie spectra kunnen identificeren achterop. Daarom zal ik nieuwe bio informatica tools ontwikkelen die gespecialiseerd zijn voor dergelijke immunopeptidomics data. Zo wordt een meer omvattend beeld verkregen van de beschikbare epitopen om de huidige beperkingen bij het zoeken naar curatieve en profylactische vaccins voor kanker en intracellulaire bacteriën te overkomen.